Determining Molecular Structures over the Web via SnB

通过 SnB 在网络上确定分子结构

基本信息

  • 批准号:
    9721373
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 30.38万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 财政年份:
    1998
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    1998-09-15 至 2002-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

9721373MillerThis proposal will design and implement an efficient Web server that will provide a critical resource for the determination of molecular crystal structures. Crystallographers will utilize this Web site to run a computationally-intensive direct-methods program (SnB) in an effort to solve difficult molecular structures. The new version of the SnB program includes a Java-based graphical user interface (GUI) and a computational engine that is significantly more efficient than the one included with the previous version of the program. As the Shake-and Bake project, upon which SnB is based, is quite active, and as new application domains for SnB continue to materialize, significant advances will also be made to the SnB program. Such advances include the handling of multiple data sets, the application to derivative data, compatibility with other input and output formats, optimizations for efficiency, advances in the pre- and post-processing of data, and so forth. The SnB program is computationally intensive, and few laboratories have the facilities necessary to run it on important/difficult structures of significant size. This Web site will satisfy the needs of a significant population by providing a state-of-the-art program coupled to a reasonable computational platform, The site is powered by a multiprocessor machine that provides security, which is important in this setting due to the proprietary nature of many data sets. In addition, a flexible queuing system will be developed and employed that will prioritize job submissions.SnB has proven to be critical to the crystallographic and medical communities. For example, it has been used to determine the structure of vancomycin; an antibiotic typically regarded as "the last line of defense against bacteria." This structure determination allows for the possibility of designing a new form of the drug that will circumvent the resistance problem and preserve the last-resort utility of vancomycin.
9721373米勒本提案将设计并实现一个高效的Web服务器,该服务器将为确定分子晶体结构提供关键资源。晶体学家将利用这个网站来运行一个计算密集型的直接方法程序(SnB),以努力解决困难的分子结构。新版本的SnB程序包括一个基于java的图形用户界面(GUI)和一个计算引擎,该引擎比前一个版本的程序包含的计算引擎要高效得多。由于瑞士央行所基于的Shake-and - Bake项目非常活跃,而且随着瑞士央行新应用领域的不断涌现,瑞士央行计划也将取得重大进展。这些进步包括对多个数据集的处理、对派生数据的应用、与其他输入和输出格式的兼容性、效率的优化、数据预处理和后处理的进步等等。SnB程序是计算密集型的,很少有实验室有必要的设施在重要/困难的结构上运行它。该网站将通过提供与合理的计算平台相结合的最先进的程序来满足大量用户的需求。该网站由提供安全性的多处理器机器提供动力,由于许多数据集的专有性质,这在此设置中很重要。此外,将开发和采用灵活的排队系统,优先考虑提交的工作。事实证明,SnB对晶体学和医学界至关重要。例如,它已被用来确定万古霉素的结构;一种抗生素,通常被认为是“对抗细菌的最后一道防线”。这种结构的确定使得设计一种新的药物形式成为可能,这种药物将绕过耐药性问题,并保留万古霉素的最后效用。

项目成果

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知道了