Repräsentation von Proteinstrukturen und Proteinsequenz/-struktur-Zuordnung

蛋白质结构的表示和蛋白质序列/结构分配

• 批准号: 13676190
• 负责人: Professor Dr. Markus Porto
• 金额: --
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2008-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/13676190?language=en
• 关键词: Repr; sentation; von; Proteinstrukturen; und

Das Forschungsvorhaben aus dem Bereich der Biophysik/Physik der weichen Materie ist ein Programm zur theoretischen Untersuchung von Proteinstrukturen und Proteinsequenz/-struktur Zuordnung. Das Vorhaben hat starke Bezüge zur Bioinformatik und zur Molekular- und Evolutionsbiologie und gliedert sich in zwei ineinandergreifende Teile. Im ersten Teil soll die kürzlich von mir etablierte vektorielle Repräsentation von Proteinstrukturen untersucht werden. Diese Repräsentation erlaubt die kompakte äquivalente Darstellung von globulären Proteinstrukturen als reelwertigen Vektor, in starker Vereinfachung zur Repräsentation in Form von dreidimensionalen Koordinaten oder Kontaktmatrizen. Die vektorielle Natur dieser Darstellung sollte das Alignment von Proteinstrukturen (eines der zentralen Probleme in der Bioinformatik) stark vereinfachen. Hierzu sind die Eigenschaften dieser vektoriellen Darstellung genauer zu untersuchen, geeignete Maße für Ähnlichkeit zweier vektorieller Darstellungen zu definieren (insbesondere unter geeigneter Berücksichtigung von Einfügungen und Löschungen) und entsprechende Verfahren zu entwickeln, zu implementieren und mit Standardverfahren zu vergleichen. Seite 1 von 8 Im zweiten Teil soll unter Benutzung dieser vektoriellen Repräsentation von Proteinstrukturen der Zusammenhang zwischen Proteinsequenz und Proteinstruktur untersucht werden. Auf Grund der vektoriellen Natur der kompakten Strukturrepräsentation sollte es möglich sein, diese in guter Näherung aus der Proteinsequenz vorherzusagen. Hierzu ist die Beziehung zwischen einer gegebenen Proteinsequenz und der vektoriellen Repräsentation der resultierenden Proteinstruktur zu untersuchen, insbesondere unter dem Aspekt der Evolution von Proteinsequenzen, und Methoden für eine approximative Vorhersage zu entwickeln und zu implementieren. Eine Kombination der Ergebnisse beider Teilprojekte, also die approximative Vorhersage der vektoriellen Strukturrepräsentation aus einer Proteinsequenz und das nachfolgende Alignment solcher vorhergesagten vektoriellen Strukturrepräsentationen, sollte ein besseres Alignment von Proteinsequenzen erlauben als dies zur Zeit mit Standardverfahren möglich ist.

生物物理学报/物理材料学报/生物物理学报/生物材料学报/生物材料学报/生物材料学报/生物材料学报/生物材料学报/生物材料学报《生物信息学》、《分子与进化生物学》、《生物信息学》、《生物信息学》、《生物信息学》、《生物信息学》、《生物信息学》等。我是说，我将会死于<s:1> <s:1> rzlich von tablierte vektorielle Repräsentation von proteinkturen untersucht werden。Diese Repräsentation erlaubt die kompakte äquivalente Darstellung von globulären proteinkturen als reelwertigen vetor, in starker Vereinfachung zur Repräsentation in Form von deidedimensionalen Koordinaten der Kontaktmatrizen。《生物信息学中的问题》（eines der zentralen problem in der bioinformatics）。德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国德国Seite 1·冯·8 Im zweiten菩提树soll后unt Benutzung这位vektoriellen Reprasentation冯Proteinstrukturen der Zusammenhang来Proteinsequenz Proteinstruktur untersucht了。Auf grd der vektoriellen nature der kompakten Strukturrepräsentation sollte es möglich sein, diese in guter Näherung aus der Proteinsequenz vorherzusagen。Hierzu ist die Beziehung zwischen einer gegebenen Proteinsequenz und der vektoriellen Repräsentation der resultierenden proteininstrumktur zu untersuchen, insbesondere unterdem Aspekt der Evolution von Proteinsequenzen, und Methoden freine approximate Vorhersage zu entwickeln and zu implementieren。e . combination der Ergebnisse beider Teilprojekte，也die approximative Vorhersage der vektoriellen Strukturrepräsentation aus einer Proteinsequenz和das nachfolgende Alignment solcher vorhergesagten vektoriellen Strukturrepräsentationen， sollte ein besseres Alignment von Proteinsequenzen erlauben als dies zur Zeit mit Standardverfahren möglich ist。