Three-dimensional integral equation theory for predicting protein-ligand binding affinities

预测蛋白质-配体结合亲和力的三维积分方程理论

• 批准号: 137795400
• 负责人: Professor Dr.-Ing. Stefan M. Kast
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl Theoretische Physikalische Chemie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2008-12-31 至 2013-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/137795400?language=en
• 关键词: Three; dimensional; integral; equation; theory

Die computergestützte Vorhersage der Bindungsaffinität zwischen einem Rezeptorprotein und einem kleinen Ligandenmolekül spielt eine wichtige Rolle während der frühen Phasen der Medikamentenentwicklung. Gegenwärtig verfügbare Modelle zur Berechnung von Affinitäten erfüllen die Anforderungen der pharmazeutischen Forschung nicht hinreichend. Während empirische Methoden üblicherweise geringe Ansprüche an den Rechenaufwand stellen, aber nicht robust und genau genug sind, versprechen simulationsbasierte Ansätze weit höhere Genauigkeit. Ihre hohen technischen Anforderungen unterbinden jedoch noch ihren routinemäßigen Einsatz zur Evaluierung von Ligandenbibliotheken. Demgegenüber stellt Integralgleichungstheorie in der Form des dreidimensionalen reference interaction site model (3D RISM) eine physikbasierte Alternative dar, die für die Modellierung der molekularen Erkennung eine neue Perspektive bietet. Das Projekt zielt auf die Entwicklung und Validierung neuer Konzepte und numerischer Methoden ab, um auf der Basis von 3D-RISM-Berechnungen mit geringem Aufwand und hoher Genauigkeit Bindungsaffinitäten zu berechnen.

Die computergestützte Vorhersage der Bindungstrom inität zwischen einem Rezeptorprotein und einem kleinen Ligandenmolekül spielt eine wichtige Rolle während der frühen Phasen der Medikamentenentwicklung. Gegenwärtig verfügbare Modelle zur Berechnung von Affinitäten erfüllen die Anforderungen der pharmazeutischen Forschung nicht hinreichend. Während empirische Methoden üblicherweise geringe Ansprüche an den Rechenaufwand stellen，aber nicht robust und genau profg sind，versprechen simulationsbasierte Ansätze weit höhere Genauigkeit.他们的技术水平也很高，因此他们需要对Ligandenbibliotheken进行评估。在三维参考相互作用位点模型（3D RISM）中的积分理论是一种基于物理的替代方法，用于新的分子识别模型。该项目基于3D-RISM-Berechnungen，采用新的概念和数值方法进行了设计和验证。

项目成果

Prediction of tautomer ratios by embedded-cluster integral equation theory

• DOI: 10.1007/s10822-010-9340-x
• 发表时间: 2010-04-01
• 期刊: JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN
• 影响因子: 3.5
• 作者: Kast, Stefan M.;Heil, Jochen;Schmidt, K. Friedemann
• 通讯作者: Schmidt, K. Friedemann

Designing molecular complexes using free-energy derivatives from liquid-state integral equation theory

使用液态积分方程理论的自由能导数设计分子配合物

• DOI: 10.1088/0953-8984/28/34/344004
• 发表时间: 2016
• 期刊: Journal of Physics: Condensed Matter
• 作者: Mrugalla

Acidity in DMSO from the embedded cluster integral equation quantum solvation model

来自嵌入簇积分方程量子溶剂化模型的 DMSO 中的酸度

• DOI: 10.1007/s00894-014-2161-4
• 发表时间: 2014
• 期刊: Journal of Molecular Modeling
• 影响因子: 2.2
• 作者: Tomazic;Egbers
• 通讯作者: Egbers