Some Algorithmic Issues in Computational Biology

计算生物学中的一些算法问题

• 批准号: 0311321
• 负责人: S. Rao Kosaraju
• 金额: $ 8.07万
• 依托单位: Johns Hopkins University
• 依托单位国家: 美国
• 项目类别: Standard Grant
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2003-08-15 至 2005-07-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://www.nsf.gov/awardsearch/showAward?AWD_ID=0311321&HistoricalAwards=false
• 关键词: Some; Algorithmic; Issues; Computational; Biology

Algorithmic issues concerning several problems in Computational Biologywill be investigated. Problems on Gene Networks, DNA SequenceAssembly and DNA Sequence Analysis will be emphasized. A Gene Network triesto explain the observed lethality of a cell due to pairwise deletion of genesin its genome. In the DNA Sequence Assembly area, we propose development ofalgorithms for a better utilization of mate pairs data. The proposedproblems in the DNA Sequence Analysis deal with the construction ofspace efficient dynamic data structures for performing fast approximatematch queries.

将研究涉及计算生物学中几个问题的算法问题。将重点讨论基因网络、DNA 序列组装和 DNA 序列分析方面的问题。基因网络试图解释由于基因组中基因的成对删除而观察到的细胞致死性。在 DNA 序列组装领域，我们建议开发算法以更好地利用配偶对数据。 DNA 序列分析中提出的问题涉及构建空间有效的动态数据结构以执行快速近似匹配查询。