Distribution, metabolic capacities and phage-host interactions of the Roseobacter group in marine sediments (A02)

海洋沉积物中玫瑰杆菌群的分布、代谢能力和噬菌体-宿主相互作用（A02）

• 批准号: 165623979
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Chemie und Biologie des Meeres (ICBM)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: CRC/Transregios
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2009-12-31 至 2020-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/165623979?language=en
• 关键词: Distribution; metabolic; capacities; phage; host

This project will study so far unknown benthic roseobacters from various metagenomic data sets and define them as new benthic clusters with specific functional profiles. Further, isolates from cruises to the Pacific in 2017 will be genome sequenced to identify specific features for life in benthic habitats. Another aspect addresses the role of phages for benthic roseobacters. Phage-induction experiments will be performed to determine characteristic parameters for phage-host interactions. We will also search for roseophage-specific signatures in the metagenomes from Pacific sediments and quantify their distribution in original sediment samples by qPCR using phage-specific primers.

这个项目将从各种元基因组数据集中研究到目前为止未知的海底玫瑰杆菌，并将它们定义为具有特定功能谱的新的海底类群。此外，将对2017年前往太平洋的邮轮分离株进行基因组测序，以确定海底栖息地生命的具体特征。另一个方面涉及噬菌体对底栖玫瑰杆菌的作用。将进行噬菌体诱导实验，以确定噬菌体与宿主相互作用的特征参数。我们还将在太平洋沉积物的后生基因组中寻找玫瑰噬菌体特异的特征，并使用噬菌体特异的引物通过qPCR定量它们在原始沉积物样本中的分布。