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The evolution of actin nucleation - understanding the history of the players

肌动蛋白成核的演变——了解玩家的历史

基本信息

批准号：
170388943
负责人：
Professor Dr. Jörg Schultz
金额：
--
依托单位：
Lehrstuhl für Bioinformatik
依托单位国家：
德国
项目类别：
Priority Programmes
财政年份：
2010
资助国家：
德国
起止时间：
2009-12-31 至 2016-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/170388943?language=en
关键词：
evolution actin nucleation understanding history

项目摘要

The understanding of actin nucleation has made a great leap with the identification of new proteins involved. Whereas the experimental characterisation is taking a great step forward, understanding the evolution of actin nucleation lacks behind. In this project, we will analyse the evolutionary history of the players involved in actin nucleation and their interplay over the whole eukaryotic tree of life. First, we will build up an automatic pipeline for their identification to get an overview of expansions and contractions in different taxa. Following, we will dig into the detailed history to understand the evolutionary forces driving these changes. Finally, we will integrate these results with proteomic data, to understand the evolution the actin nucleation protein interaction network. As a special project, we will analyse the WH2 domain, one of the arguably most important domains in actin nucleation which still refuses a reliable detection. As part of the SPP, we will develop a web resource for the evolution of actin nucleation. In the final step, members of the SPP will be able to add their own data and analyse them under an evolutionary perspective. Although this web service can stand alone, it would win by a tight integration with the ‘virtual institute of actin nucleation’.

随着新蛋白质的发现，人们对肌动蛋白成核的认识有了很大的飞跃。虽然实验表征向前迈进了一大步，但对肌动蛋白成核的演变的了解还很落后。在这个项目中，我们将分析参与肌动蛋白成核的参与者的进化史，以及它们对整个真核生命树的相互作用。首先，我们将建立一条用于识别它们的自动管道，以获得不同分类群中的扩张和收缩的概述。接下来，我们将深入挖掘详细的历史，以了解推动这些变化的进化力量。最后，我们将把这些结果与蛋白质组数据结合起来，了解肌动蛋白核蛋白相互作用网络的进化。作为一个特别的项目，我们将分析WH2结构域，这是肌动蛋白成核中最重要的结构域之一，仍然拒绝可靠的检测。作为SPP的一部分，我们将开发一个肌动蛋白成核进化的网络资源。在最后一步，SPP的成员将能够添加他们自己的数据，并从进化的角度对其进行分析。尽管这项网络服务可以独立运行，但它将通过与“肌动蛋白成核虚拟研究所”的紧密结合而胜出。