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III-CTX: Large-Scale Analysis of Collections of Phylogenetic Trees

III-CTX: Large-Scale Analysis of Collections of Phylogenetic Trees
III-CTX:系统发育树集合的大规模分析
批准号:
0713618
负责人:
Tiffani Williams
金额:
$0.0万
依托单位国家:
美国
项目类别:
Continuing Grant
财政年份:
2007
资助国家:
美国
项目状态:
已结题
起止时间:
2007-08-15 至 2011-07-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
系统发育分析的目的是建立一个描述生物体(或分类群)之间亲缘关系的进化树。推断出一个系统发育树,代表了一个很好的假设的真相是一个困难的问题。系统发生树学试图在指数大小的树空间中搜索非常小的一部分,以获得真正进化树的良好近似。拟议的研究项目的总体目标是开发信息丰富的方法,用于分析在系统发育搜索过程中遇到的大量树木。对搜索行为的更好理解可以推动更好的系统发育学的设计,最终导致更准确的系统发育树重建。具体的研究目标包括:(一)开发一个搜索历史存储库,其中包含所有的树检查的系统发育启发式;(二)设计算法,利用信息模式的搜索历史存储库;和(三)开发可视化工具,提供信息视图的数据驻留在存储库中。 为该研究项目开发的新数据分析和可视化技术将补充现有的NSF资助的努力,以建立诸如“生命之树”的所有已知生物的进化史。此外,拟议的工作将为不同的学生群体提供指导和跨学科培训。
英文摘要
Given a collection of organisms (or taxa), the objective of a phylogenetic analysis is to produce an evolutionary tree describing the genealogical relationships between the taxa. Inferring a phylogenetic tree that represents a good hypothesis of the truth is a difficult problem. Phylogenetic heuristics attempt to search a very small fraction of the exponentially-sized tree space for good approximations of the true evolutionary tree. The overall goal of the proposed research project is to develop information-rich methods for analyzing the large collection of trees encountered during a phylogenetic search. A better understanding of search behavior can drive the design of better heuristics, which ultimately lead to more accurate reconstructions of phylogenetic trees. Specific research objectives include: (i) developing a search history repository that contains all of the trees examined by a phylogenetic heuristic; (ii) designing algorithms for exploiting informative patterns in a search history repository; and (iii) developing visualization tools that provide informative views of the data residing in the repository. The novel data analysis and visualization techniques developed for this research project will complement existing NSF-funded efforts to build phylogenies such as "The Tree of Life", the evolutionary history of all known organisms. Moreover, the proposed work will provide mentoring and interdisciplinary training to a diverse group of students.
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会议论文
Collaborative Research: A Data-Driven Employer-Academia Partnership for Continual Computing Curricular Change
Collaborative research: Automated and community-driven synthesis of the tree of life
III: Small: Collaborative: Novel Techniques for Understanding Convergence in Large-Scale Markov Chain Monte Carlo Phylogenetic Analyses
国内基金
海外基金
硒掺杂V2CTx的全MXene基柔性水系锌离子混合电容器的性能提升机制研究
  • 批准号:
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2024
  • 负责人:
  • 依托单位:
基于Mo2CTx可见光表面等离激元的热载流子动力学定量研究
  • 批准号:
    12304047
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    30万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    见超超
  • 依托单位:
V2CTx MXene载流子传输层改性及应用于紫外光电探测器研究
  • 批准号:
    52362018
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
  • 资助金额:
    32.00万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    罗光灿
  • 依托单位:
CTX通过M2型巨细胞重塑成纤维细胞亚群介导卵巢功能损伤的机制研究
  • 批准号:
    82301834
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    30万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    廖秋月
  • 依托单位: