Rechencluster
Rechencluster
批准号:
261833929
负责人:
金额:
$0.0万
依托单位:
依托单位国家:
德国
项目类别:
Major Research Instrumentation
财政年份:
2014
资助国家:
德国
项目状态:
未结题
起止时间:
2013-12-31 至 --
关键词:
中文摘要
中国科学院<s:2>计算机物理研究所(stellenhoch - und Höchstleistungsrechner)。分子动力学模拟,混合动力学模拟,分子动力学模拟,量子力学模拟。Welche problem behandelt werden können, hängt wesentlich von der verf<s:1> gbarkeit von Rechenzeit ab. Dabei sind - die project(大数据模型项目).数据模型建模与建模超级计算机Höchstleistungsrechenzentren。einterseits sind die simulerten Systeme häufig night besonders groß, stattdessen m<s:1> ssen jedoch Tausende von Einzelsimulationen durchgefhrt werden。weterinterinstersticentviele Algorithmen die Berechnung augpu,是einendeutlichen leistungsgewinne带来的。schlielich beteilight sich das ICP, ßgeblich auch and der Entwicklung, Optimierung and verification der Methoden。Leider m<s:1> ssen die Computer dafr häufig umkonfiguriert werden,在Höchstleistungsrechenzentren unmöglich列表中。模具加工机械trägt机械装配技术。Anstelle einer teuren Maschine mitgut vernetzten spezialknotenwandin Cluster von individuell konfigurierbaren knotenush Standardhardware beantragt, die i.d.r.miteiner GPU ausgestatetsind, zusätzlich in leistungsfähiges parallelspechersystem。
英文摘要
Am Institut für Computerphysik stellen Hoch- und Höchstleistungsrechner bei einer großen Mehrheit der Projekte das Hauptwerkzeug dar. Die zentralen Methoden, sind vor allem Molekulardynamiksimulationen, sowie hybride Simulationen, die mehrere Skalen koppeln, ferner auch quantenmechanische Methoden. Welche Probleme behandelt werden können, hängt wesentlich von der Verfügbarkeit von Rechenzeit ab. Dabei sind die Projekte oft nicht gut geeignet für die Supercomputer in Höchstleistungsrechenzentren. Einerseits sind die simulierten Systeme häufig nicht besonders groß, stattdessen müssen jedoch Tausende von Einzelsimulationen durchgeführt werden. Weiterhin unterstützen viele Algorithmen die Berechnung auf GPUs, was einen deutlichen Leistungsgewinn mit sich bringt. Schließlich beteiligt sich das ICP maßgeblich auch an der Entwicklung, Optimierung und Verifikation der Methoden. Leider müssen die Computer dafür häufig umkonfiguriert werden, was in Höchstleistungsrechenzentren unmöglich ist. Die beantragte Maschine trägt diesem Muster Rechnung. Anstelle einer teuren Maschine mit gut vernetzten Spezialknoten wird ein Cluster von individuell konfigurierbaren Knoten aus Standardhardware beantragt, die i.d.R. mit einer GPU ausgestattet sind, zusätzlich ein leistungsfähiges paralleles Speichersystem.
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DOI:
10.1039/c7cp03717a
发表时间:
2017-07
期刊:
Physical chemistry chemical physics : PCCP
影响因子:
--
作者:
[Takeshi Kobayashi;J. Reid;S. Shimizu;M. Fyta;Jens Smiatek]
通讯作者:
Takeshi Kobayashi;J. Reid;S. Shimizu;M. Fyta;Jens Smiatek
A dsDNA model optimized for electrokinetic applications.
针对电动应用优化的 dsDNA 模型
DOI:
10.1039/c7sm00270j
发表时间:
2017
期刊:
Soft matter
影响因子:
3.4
作者:
[T. Rau, F. Weik, C. Holm]
通讯作者:
C. Holm
DOI:
10.1063/1.5016814
发表时间:
2018-02
期刊:
The Journal of chemical physics
影响因子:
--
作者:
[Alexander Weyman;M. Bier;Christian Holm-;Jens Smiatek]
通讯作者:
Alexander Weyman;M. Bier;Christian Holm-;Jens Smiatek
DOI:
10.1021/acs.jctc.7b00903
发表时间:
2018-01
期刊:
Journal of chemical theory and computation
影响因子:
5.5
作者:
[F. Uhlig;Johannes Zeman;Jens Smiatek;Christian Holm-]
通讯作者:
F. Uhlig;Johannes Zeman;Jens Smiatek;Christian Holm-
A refined polarizable water model for the coarse-grained MARTINI force field with long-range electrostatic interactions.
具有长程静电相互作用的粗粒度 MARTINI 力场的精细极化水模型
DOI:
10.1063/1.4974833
发表时间:
2017
期刊:
The Journal of chemical physics
影响因子:
--
作者:
[J. Michalowsky, L. V. Schäfer, C. Holm, J. Smiatek]
通讯作者:
J. Smiatek
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