動態特徴をフィードバックした細胞追跡と軌跡解析による細胞動画像の時空間解析法
動態特徴をフィードバックした細胞追跡と軌跡解析による細胞動画像の時空間解析法
批准号:
21J12762
负责人:
藤本 健二
金额:
$0.96万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2021-04-28 至 2023-03-31
中文摘要
本研究では,細胞の運動を顕微鏡で観察した動画像に対し,個々の細胞の動態特徴 (「動き方」) を活用することで精緻に追跡するとともに,得られる細胞の移動軌跡群を解析し,生物学的な現象・知識を発見する方法の開発を目指した.細胞の追跡について,令和3年度より引き続き,動態特徴を用いたフレーム補間技術を開発し,追跡に応用した.フレーム補間は,与えられた動画像の連続する2フレームに対し,その中間となる時刻におけるフレーム (中間フレーム) を合成するタスクである.フレーム補間が一般的な物体の追跡の精度向上に有効であることは既に報告されているが,細胞動画像の場合,入力となる動画像自体のフレームレートが低く,フレーム間での細胞の移動が激しい.さらに個々の追跡対象 (細胞) が外観上の特徴に乏しく,それぞれの区別も容易ではない.そのため,単純な補間では中間フレームにおいて密集・交差する細胞群を正確に描画することが困難であった.そこで本研究では,細胞検出の結果から推定された細胞の移動傾向の情報を活用することで,精緻な追跡に資するフレーム補完法を開発した.蛍光標識された遊走する好中球の動画像にこの方法を適用し,密集・重畳する細胞をより長時間にわたって正確に追跡できることを確認した.また,追跡で得られた個々の細胞の移動速度の時系列と平均二乗変位を用い,動態解析をおこなった.この方法を遊走する好中球の追跡結果に適用することで,化学刺激 (サイトカイン) の違いによって生じる移動傾向の差異を抽出できることを確認した.この結果は,刺激や摂動を加えることで生じる生命機能の変化,特に長期にわたる経時変化の解明に資するものと考えられる.
英文摘要
本研究では,細胞の運動を顕微鏡で観察した動画像に対し,個々の細胞の動態特徴 (「動き方」) を活用することで精緻に追跡するとともに,得られる細胞の移動軌跡群を解析し,生物学的な現象・知識を発見する方法の開発を目指した.細胞の追跡について,令和3年度より引き続き,動態特徴を用いたフレーム補間技術を開発し,追跡に応用した.フレーム補間は,与えられた動画像の連続する2フレームに対し,その中間となる時刻におけるフレーム (中間フレーム) を合成するタスクである.フレーム補間が一般的な物体の追跡の精度向上に有効であることは既に報告されているが,細胞動画像の場合,入力となる動画像自体のフレームレートが低く,フレーム間での細胞の移動が激しい.さらに個々の追跡対象 (細胞) が外観上の特徴に乏しく,それぞれの区別も容易ではない.そのため,単純な補間では中間フレームにおいて密集・交差する細胞群を正確に描画することが困難であった.そこで本研究では,細胞検出の結果から推定された細胞の移動傾向の情報を活用することで,精緻な追跡に資するフレーム補完法を開発した.蛍光標識された遊走する好中球の動画像にこの方法を適用し,密集・重畳する細胞をより長時間にわたって正確に追跡できることを確認した.また,追跡で得られた個々の細胞の移動速度の時系列と平均二乗変位を用い,動態解析をおこなった.この方法を遊走する好中球の追跡結果に適用することで,化学刺激 (サイトカイン) の違いによって生じる移動傾向の差異を抽出できることを確認した.この結果は,刺激や摂動を加えることで生じる生命機能の変化,特に長期にわたる経時変化の解明に資するものと考えられる.
期刊论文(8)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
細胞動画像シミュレータを介した強化学習による細胞追跡手法
使用细胞动态图像模拟器的强化学习的细胞追踪方法
DOI:
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发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
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作者:
[長瀬 准平, 本田 あおい, 石渡 哲哉, 長村 徹,瀬尾 茂人,藤本 健二,繁田 浩功,松田 秀雄.]
通讯作者:
長村 徹,瀬尾 茂人,藤本 健二,繁田 浩功,松田 秀雄.
A Cell Tracking Method for Dynamic Analysis of Immune Cells Based on Deep Learning
基于深度学习的免疫细胞动态分析的细胞追踪方法
DOI:
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发表时间:
2023
期刊:
International Journal of Machine Learning
影响因子:
--
作者:
[Aya Watanabe, Kenji Fujimoto, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, and Hideo Matsuda.]
通讯作者:
and Hideo Matsuda.
炎症刺激に対する免疫細胞の動態解析のための深層学習に基づく細胞追跡手法
基于深度学习的细胞追踪方法,用于分析免疫细胞对炎症刺激的反应动态
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[長瀬 准平, 本田 あおい, 石渡 哲哉, 長村 徹,瀬尾 茂人,藤本 健二,繁田 浩功,松田 秀雄., Yuya Kinzuka,Fumiaki Sato,Tetsuto Minami,Shigeki Nakauchi, 渡部 綾,ブライソン ジェームス,藤本 健二,繁田 浩功,瀬尾 茂人,松田 秀雄]
通讯作者:
渡部 綾,ブライソン ジェームス,藤本 健二,繁田 浩功,瀬尾 茂人,松田 秀雄
部分的な教師データを用いた人間参加型深層学習による細胞追跡手法の開発
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批准号:24K20885
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$3.08万
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财政年份:2024
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负责人:藤本 健二
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依托单位:
物体認識データセットに対する画像変換を通じた汎用的な細胞画像認識技術の開発
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批准号:23K19988
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项目类别:Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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资助金额:$1.83万
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财政年份:2023
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负责人:藤本 健二
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依托单位:
メソトレキサート耐性中枢神経原発悪性リンパ腫に対する新規治療標的の探索
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批准号:22K16691
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$2.33万
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财政年份:2022
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负责人:藤本 健二
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依托单位:
海外基金