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タンパク質の動きが連携して機能発現するバイオナノマシンの構築

构建生物纳米机器，其中蛋白质运动合作表达功能

基本信息

批准号：
21K04850
负责人：
山中優
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

令和4年度は、グーグル傘下のDeepMind社の構造計算ツールAlphaFold2を組み込んだ構造領域シャッフリングによるタンパク質超分子のデザインシステムの構築を進め、同一タンパク質分子において構造領域シャッフリングを施した、ホモ分子種間でのドメインスワッピングタンパク質超分子のモデル分子をデザインした。現在、デザインした分子が実際にデザイン通りの構造を形成するか大腸菌による発現、発現した場合はその構造特性・物性について、紫外可視吸（UV-vis）、円二色性（CD）、サイズ排除クロマトグラフィー（SEC）、多角度光散乱（MALS）により検討している。また、これまでに構築できているビルディングブロックタンパク質BBP-l9にCOのセンシングにより2量体から単量体に解離するシトクロムc′の動きを組み込んだ人工タンパク質超分子ABAについて、その会合状態やリガンドに応答した構造変化挙動をSEC-MALS、原子間力顕微鏡（AFM）などで解析を進め、ABAのCOセンシングサイトであるヘムが、還元状態でのCOの結合だけでなく、酸化状態でのイミダゾールの結合によってもABAの超分子状態の解離が起きることが明らかになった。さらに令和3年度に構築したBBP-l9を3分子を連結した新たなビルディングコアCPC3についてもSEC、AFM、およびX線小角散乱（SAXS）で構造解析を進め、CPC3がN末端とC末端が閉じた環状構造をとり得ることを明らかにした。

In 2010 and 2014, DeepMind Society's structural calculation under the umbrella of AlphaFold2 was carried out in the structural domain, and the construction of the structural domain of the same molecular species was carried out in the structural domain. At present, the molecular structure is formed in the presence of Escherichia coli, and the structural characteristics, physical properties, ultraviolet visible absorption (UV-vis), dichroism (CD), color exclusion (SEC), and multi-angle light scattering (MALS) are discussed. In addition, the structure and structure of the system can be divided into two parts: the first part is the structure of the system, the second part is the structure of the system, the third part is the structure of the system, the fourth part is the structure, the fourth part is the structure, the structure is the structure, the SEC-MALS, the atomic force microscope (AFM), the fourth part is the structure, the structure is the structure CO binding in the reductive state, ABA supramolecular dissociation in the acidified state In 2003, the BBP-l9 3 molecule was linked to the CPC3 molecule and the SEC, AFM, X-ray small angle scattering (SAXS) was analyzed. The CPC3 molecule was N-terminal and C-terminal.