差次的発現遺伝子の解析による急速な花弁老化プロセスの解明

通过分析差异表达基因阐明花瓣快速衰老过程

• 批准号: 21K05576
• 负责人: 小杉 祐介
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kagawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05576/
• 关键词: 花器官の老化

園芸産物の老化プロセスの解明は鮮度保持技術の向上に不可欠である．本研究では，花き園芸産物の中でも花器官が急速に老化する特徴を持つキキョウ（Platycodon grandiflorus）に着目し，花器官で老化時に発現差が生じる遺伝子群を探索し，その発現が花器官の老化進行に伴いどのように調節されるのかを解明することを目的としている．令和4年度には，前年度にRNA-Seqライブラリ（開花時（老化ステージ２）と老化直前（老化ステージ４）の花の花弁から構築）から収集した塩基配列データについてde novo transcriptome解析を行った．塩基配列データ（リード）をアセンブルすることにより合計約31万個の転写物配列が構築された．構築された配列の平均鎖長は約0.9 kbであった．老化ステージ２と４の花の花弁におけるリードをこれらの配列にマッピングすることにより，相当する遺伝子の転写物レベルを定量した．有効な定量レベルを示した転写物配列数は約22万個であった．これらの配列からアミノ酸配列を推定して既知データベースを検索することで相同性遺伝子の情報を得た．約2万個の転写物配列にアノテーションが付与された．マッピングのカウント値を老化ステージ2と4の間で比較したところ，約1千個の転写物配列で有意差が認められた．また，このうち約半数において転写物レベルが老化ステージ2に対し老化ステージ4で高い値を示した．発現差の認められた遺伝子の花器官老化過程における発現様式にならびにエチレンに対する応答性をリアルタイムRT-PCRにより検討するため，上記の解析と並行し，各老化ステージに達した花器官ならびにエチレン作用阻害剤であるチオ硫酸銀を処理した花器官のサンプリングとtotal RNAの抽出に着手した．

The <s:1> aging of the products of the garden and the プロセス explanation of the <s:1> freshness maintenance technology <e:1> should be upward に and not lacking である. This study で は, flower garden non-success き product in の で も flower organ が に rapidly aging す る, 徴 を hold つ キ キ ョ ウ (Platycodon grandiflorus) に mesh し, flower organ で age に 発 now born poor が じ る heritage 伝 subgroup を explore し, そ の 発 が flower organ の aging conducted on に with い ど の よ う に adjust さ れ る の か を interpret す る こ と を purpose と し て い る. Make and 4 year に は, former annual に RNA - Seq ラ イ ブ ラ リ (flowering (aging ス テ ー ジ 2) と aging ahead (aging ス テ ー ジ 4) の flowers chemical の か ら constructs) か ら 収 set し た salt base with column デ ー タ に つ い analytical line を っ て DE novo transcriptome た. Salt base with column デ ー タ (リ ー ド) を ア セ ン ブ ル す る こ と に よ り total about 310000 の planning written content with column が build さ れ た. Construct a された configuration with an <s:1> average lock length <e:1> of approximately 0.9 kbであった. Aging ス テ ー ジ 2 と 4 の flowers chemical の に お け る リ ー ド を こ れ ら の match column に マ ッ ピ ン グ す る こ と に よ り, quite す る heritage 伝 son の planning about レ ベ ル を quantitative し た. There is a な quantitative レベ を を を indicating that the number of た転 writing sequences is approximately 220,000 であった. こ れ ら の match column か ら ア ミ ノ acid with column を presumption し て already know デ ー タ ベ ー ス を 検 cable す る こ と で identity heritage 伝 son の intelligence を た. About 20,000 <s:1> 転 writings are assigned にアノテ ショ ショ が が to された. マ ッ ピ ン グ の カ ウ ン ト numerical を aging ス テ ー ジ で comparison between 2 と 4 の し た と こ ろ, about 1000 の planning written content with column で deliberately bad が recognize め ら れ た. ま た, こ の う ち about half に お い て planning about レ ベ ル が aging ス テ ー ジ 2 に し seaborne aging ス テ ー ジ 4 high で い numerical を shown し た. Poor 発 is の recognize め ら れ た heritage 伝 son の flower organ aging process に お け る 発 presently others type に な ら び に エ チ レ ン に す seaborne る 応 answer sex を リ ア ル タ イ ム rt-pcr に よ り beg す 検 る た め, written の parsing と parallel し, The aging ス テ ー ジ に da し た flower organ な ら び に エ チ レ ン effect resistance against tonic で あ る チ オ silver sulfate を 処 Richard し た flower organ の サ ン プ リ ン グ と total RNA の spare に to し た.