Characterization of indigenous Agu pigs based on their gut microbiome

基于肠道微生物群的本土阿古猪特征

• 批准号: 21K05636
• 负责人: 和智 仲是
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: University of the Ryukyus
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05636/
• 关键词: 在来家畜; アグー; 腸内細菌叢; メタバーコーディング; メタゲノム

本研究では、宿主特異的な腸内細菌群に着目し、在来家畜の特徴的な性質を説明することを目指す。そのために、日本唯一の在来豚であるアグー豚の「粗食で育つ」という性質に関連する腸内細菌群を探索する。具体的には、複数の環境下のアグー豚の糞中DNAのメタバーコーディング解析をもとに、類似性検索により腸内細菌叢の構成を明らかにする。相対頻度から中心的な役割を担う細菌群を特定するとともに、西洋品種の腸内細菌叢と比較することで、アグー豚に特異的な細菌群を見出す。近縁種のゲノム情報との比較による予測メタゲノム解析もしくは実際のショットガンメタゲノム解析により、見出された細菌群の生理機能を推定する。一連の研究を通して、アグー豚のような地域固有の在来家畜それ自体だけでなく、その腸内細菌も遺伝資源として貴重であることを示唆することを目指す。本年度は、コロナ禍や研究代表者の所属の異動などの理由により、追加試料の収集は断念した。そして、これまで得られた試料のメタバーコーディング解析により得られた結果の解析に取り組んだ。また、昨年度の課題の一つであった、これまでに構築した解析手法についての改善を検討した。具体的には、1) 解析領域の変更(16s rDNAのV3-V4領域からV3領域へ)、2) 人為的にスリッページを起こすことにより、次世代シーケンサーでの読み取り時の塩基多様性を高める、などである。今後、これらの改善した手法で再解析をすべきかどうか検討をする。

This study で す, host-specific な intestinal bacterial flora に indicates the order of な, and the な properties を of the characteristics of native animals を suggest that する する とを とを refers to す. そ の た め に, Japan only の to dolphin で あ る ア グ ー dolphin の "で yukon つ coarse" と い う nature に masato even す る intestinal bacteria group of を explore す る. Specific に は, plural の environment の ア グ ー dolphin の fecal DNA in の メ タ バ ー コ ー デ ィ ン グ parsing を も と に, similarity 検 cable に よ り intestinal bacterial flora の constitute を Ming ら か に す る. The center of the phase frequency seaborne か ら な を "を cut bear う bacteria group specific す る と と も に and western varieties の intestinal bacterial flora と compare す る こ と で, ア グ ー dolphin に specific を see out す な bacteria group. About try species の ゲ ノ ム intelligence と の is に よ る メ to test タ ゲ ノ ム parsing も し く は be interstate の シ ョ ッ ト ガ ン メ タ ゲ ノ ム parsing に よ り, see さ れ た bacteria group of の physiology を presumption す る. For の research を tong し て, ア グ ー dolphin の よ う な inherent の of region to livestock そ れ autologous だ け で な く, そ の traces of intestinal bacteria も 伝 resources と し て precious で あ る こ と を in stopping す る こ と を refers す. The reasons for the changes in the representative research institutions of the や and コロナ disasters of this year are な な. The reasons for the changes in the institutions are によ and the additional test materials are collected. The decision to cut off the thoughts is た. そ し て, こ れ ま で have ら れ た sample の メ タ バ ー コ ー デ ィ ン グ parsing に よ り have ら れ た results の analytic に take り group ん だ. Youdaoplaceholder0, last year 's <s:1> topic <e:1> one であった であった, れまでに れまでに construction of <s:1> た analysis methods に に て て て を検 improvement を検 discussion on た た. Specific に の は, 1) analytic field - more (16 s rDNA の V3 - V4 domain か ら へ V3 field), 2) man-made に ス リ ッ ペ ー ジ を up こ す こ と に よ り, next generation シ ー ケ ン サ ー で の 読 み drawing り の salt Quito others を high め る, な ど で あ る. In the future, をする れら れら れら will improve the <s:1> technique で and then analyze をすべ で う う 検 検 検 to discuss をする.