Characterization of indigenous Agu pigs based on their gut microbiome

基于肠道微生物群的本土阿古猪特征

• 批准号: 21K05636
• 负责人: 和智 仲是
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: University of the Ryukyus
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05636/
• 关键词: 在来家畜; アグー; 腸内細菌叢; メタバーコーディング; メタゲノム

本研究では、宿主特異的な腸内細菌群に着目し、在来家畜の特徴的な性質を説明することを目指す。そのために、日本唯一の在来豚であるアグー豚の「粗食で育つ」という性質に関連する腸内細菌群を探索する。具体的には、複数の環境下のアグー豚の糞中DNAのメタバーコーディング解析をもとに、類似性検索により腸内細菌叢の構成を明らかにする。相対頻度から中心的な役割を担う細菌群を特定するとともに、西洋品種の腸内細菌叢と比較することで、アグー豚に特異的な細菌群を見出す。近縁種のゲノム情報との比較による予測メタゲノム解析もしくは実際のショットガンメタゲノム解析により、見出された細菌群の生理機能を推定する。一連の研究を通して、アグー豚のような地域固有の在来家畜それ自体だけでなく、その腸内細菌も遺伝資源として貴重であることを示唆することを目指す。本年度は、コロナ禍や研究代表者の所属の異動などの理由により、追加試料の収集は断念した。そして、これまで得られた試料のメタバーコーディング解析により得られた結果の解析に取り組んだ。また、昨年度の課題の一つであった、これまでに構築した解析手法についての改善を検討した。具体的には、1) 解析領域の変更(16s rDNAのV3-V4領域からV3領域へ)、2) 人為的にスリッページを起こすことにより、次世代シーケンサーでの読み取り時の塩基多様性を高める、などである。今後、これらの改善した手法で再解析をすべきかどうか検討をする。

这项研究的重点是宿主特异性肠道细菌，旨在解释天然牲畜的独特特性。为此，我们将探索与日本唯一的本地猪Agu猪的“在粗饮食上生长”的肠道细菌。具体而言，基于在多种环境下的Agu猪粪便中DNA的元法码分析，通过相似性搜索揭示了肠道菌群的结构。通过鉴定基于相对频率起着核心作用的细菌基团，并将其与西方品种的肠菌群进行比较，我们发现了一个针对Agu猪的细菌基团。通过与相关物种的基因组信息或实际shot弹枪igagenomic分析进行比较，通过预测元基因组分析来估算发现的细菌基团的生理功能。通过一系列研究，我们的目的是建议，不仅诸如Agu猪本身，而且肠道细菌等本地本地牲畜，也是遗传资源的价值。今年，由于19号大流行和调查员的隶属关系，我们已经放弃了收集其他样本。然后，我们致力于分析迄今为止获得的样品的metabar编码分析获得的结果。我们还考虑了迄今为止我们已经建立的分析方法的改进，这是去年的挑战之一。具体而言，1）更改分析区域（从16S rDNA的V3-V4区域到V3区域），以及2）在阅读下一代序列仪时，人工滑落以增加基本多样性。我们将考虑将来是否应该重新分析这些改进的方法。