ゲノム情報による黒毛和種の産肉性に関する非相加的遺伝様式の解明と育種改良への応用

利用基因组信息阐明日本黑色品种肉类生产的非加性遗传模式及其在育种改良中的应用

• 批准号: 21K05905
• 负责人: 廣岡 博之
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05905/
• 关键词: 黒毛和種; 染色体; 脂肪交雑; ゲノム育種価; ゲノムインプリンティング効果; ゲノム情報; 非相加的遺伝; 育種

本研究では肥育牛とその父と母が完備したゲノム（SNP:一塩基多型マーカー）情報を用いて、父と母からの遺伝伝達様式を明らかにする理論を構築し、全ゲノム関連解析を実施して、新しい遺伝様式を示す遺伝子を特定することを目的とした。昨年度と同様に鳥取県畜産試験場および家畜改良センターから黒毛和種種雄牛240頭、母牛1,563頭、肥育牛2,006頭について34,481個のSNPデータを収集した。本年度は、特に染色体レベルでの分析を実施した。黒毛和種や褐毛和種の遺伝的特徴として脂肪交雑と皮下脂肪の間に弱い負の遺伝相関があり、このことは脂肪交雑による選抜が皮下脂肪の増加をもたらさないという意味で望ましい関係であることが知られている。そこでゲノム情報を用いることでこれらの形質間の遺伝的関係性を染色体レベルで検討した。鳥取県および家畜改良センターで肥育された黒毛和種肥育牛1,908頭の脂肪交雑(BMSナンバー)と皮下脂肪厚の枝肉成績とSNP情報から染色体別にゲノム関係行列を構築し、ベイズ推定を実施して、染色体ごとのゲノム遺伝分散とゲノム育種価を推定した。ゲノム遺伝分散はBMSナンバーでは第２、７、12染色体で大きく、皮下脂肪厚では第３染色体で大きかったが、極端に大きな値を示す染色体は存在せず、これらの形質は主にポリジーンによって支配されていることが示唆された。これら２形質のゲノム育種価間の相関係数はゲノム全体では-0.118であったが、第21と28染色体で高い正の相関があり（0.579と0.512）、第６と９染色体で高い負の相関が認められた(-0.487と-0.470)。このことから、これらの染色体上の遺伝子はこれら２形質に対して強い多面作用のあることが示唆された。

This study で は fattening cattle と そ の father と mother が complete し た ゲ ノ ム (SNPS: a salt Quito マ ー カ ー) intelligence を with い て, mother father と か ら の heritage 伝 伝 of others type を Ming ら か に す を build し る theory, whole ゲ ノ ム masato even parsing を be applied し て, new し い heritage 伝 others type を shown す heritage 伝 son を specific す る こ と を purpose と し た. Yesterday with others in the annual と に birds take 県 livestock production test field お よ び livestock improvement セ ン タ ー か ら black hair, and male cattle, 240 heads, 1563 cows, fattening cattle, 2006 heads に つ い て 34481 の SNP デ ー タ を 収 set し た. Analysis of <s:1> and special に chromosomes レベ レベ で で <s:1> in this year を practical application of <s:1> た. Black hair and や, brown hair and kinds of の but 伝 徴 と し て fat pay 雑 と between subcutaneous fat の に weak い negative の heritage 伝 phase masato が あ り, こ の こ と は fat pay 雑 に よ る optional sorting が subcutaneous fat の raised plus を も た ら さ な い と い う means looking で ま し い masato is で あ る こ と が know ら れ て い る. そ こ で ゲ ノ ム intelligence を with い る こ と で こ れ ら の character between の heritage 伝 を masato is sex chromosomes レ ベ ル で beg し 検 た. Birds take 県 お よ び livestock improvement セ ン タ ー で fattening さ れ た black hair and a kind of fattening cattle 1908 head の fat pay 雑 (BMS ナ ン バ ー) と hypodermic and adipose thick meat performance の branches と SNP intelligence か ら chromosome don't に ゲ ノ ム masato ranks を build し, ベ イ ズ presumption を be applied し て, chromosome ご と の ゲ ノ ム heritage 伝 scattered と ゲ ノ ム breeding 価 を presumption し た. ゲ ノ ム heritage 伝 scattered は BMS ナ ン バ ー で は で big 2, 7, 12 chromosomes き く, subcutaneous fat thickness で は chromosome 3 big で き か っ た が, extreme に き な numerical を す chromosome は exist in せ ず, こ れ ら の character は main に ポ リ ジ ー ン に よ っ て dominate さ れ て い る こ と が in stopping さ れ た. こ れ ら 2 character の ゲ ノ ム の phase masato coefficient between breeding 価 は ゲ ノ ム all で は 0.118 で あ っ た が, high で と 28 chromosome 21 い is の phase masato が あ り と (0.579 0.512), high と 6 9 chromosome で い negative の phase masato が recognize め ら れ た と (0.487-0.470). こ の こ と か ら, こ れ ら の chromosome の posthumous son 伝 は こ れ ら 2 character に し seaborne て strong い polyhedral function の あ る こ と が in stopping さ れ た.

项目成果

黒毛和種の染色体レベルでの脂肪交雑と皮下脂肪厚の遺伝的関係性

日本黑毛品种大理石花纹与皮下脂肪厚度在染色体水平上的遗传关系

• 发表时间: 2022
• 作者: 広岡博之;井上慶一;西尾元秀;竹田将悠規;井上喜信
• 通讯作者: 井上喜信

Investigation on inheritance transmission modes using breeding values estimated from genomic or pedigree information

使用从基因组或谱系信息估计的育种值研究遗传传播模式

• DOI: 10.3920/978-90-8686-940-4_653
• 发表时间: 2022
• 期刊: Proceedings of 12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP)
• 作者: Hirooka H;Nishio M;Inoue K;Takeda M;Inoue Y.
• 通讯作者: Inoue Y.

黒毛和種の枝肉重量に関与する主働遺伝子の遺伝的効果

日本黑牛胴体重主要基因的遗传效应

• 发表时间: 2021
• 作者: Kohei Murata;Takahiro Nii;Yukinori Yoshimura;Kazutoshi Ueno;Naoki Isobe;広岡博之・井上慶一・西尾元秀・竹田将悠規・井上喜信
• 通讯作者: 広岡博之・井上慶一・西尾元秀・竹田将悠規・井上喜信

黒毛和種の枝肉形質における非相加的遺伝効果の推定

日本黑牛胴体性状非加性遗传效应的估计

• 发表时间: 2021
• 作者: Yusaku Tsugami;Yuki Ishiba;Naoki Suzuki;Takahiro Nii;Yukinori Yoshimura;Ken Kobayashi;and Naoki Isobe;井上慶一・西尾元秀・井上喜信・竹田将悠規・内山勝雄・広岡博之
• 通讯作者: 井上慶一・西尾元秀・井上喜信・竹田将悠規・内山勝雄・広岡博之