Identification and functional analysis of circular RNA derived from bovine trophoblast cells

牛滋养层细胞环状RNA的鉴定及功能分析

• 批准号: 21K05933
• 负责人: 木崎 景一郎
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Iwate University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05933/
• 关键词: 環状RNA; 胎盤

今年度は、昨年度に得られたcircRNAシーケンス（circRNA-seq）の結果から抽出した胎盤に発現するcircRNAの同定を試みた。ウシ胎盤節・絨毛叢に高発現するbta-circ_9746について、circRNA を特異的に検出するdivergent primerを用いてRT-PCRを行った。divergent primerは、host geneの直鎖状mRNA （host gene mRNA）では認められないback splicing junctionを含む領域を増幅するプライマーである。その結果、予想された193 bp付近に増副産物が検出されたが、500 bp付近にも増幅産物が認められた。これら2つの増幅産物について、DNAシークエンスにより塩基配列を調べたところ、193 bp付近の増副産物はback splicing junctionを1つ有するhost gene mRNA由来の配列であることがわかった。一方、500 bp付近の増副産物は2つのback splicing junctionを有していた。環状構造を有するRNAであるか否かを検証するために、RNase R処理、あるいは未処理のRNAを鋳型としてcDNAを調製した。RNase Rは直鎖状mRNAのみを分解し、環状RNAには作用しないRNA分解酵素である。RNase R処理及び未処理cDNAを用いたRT-qPCRによる定量の結果、RNase R処理cDNAではhost gene mRNAは検出されないが、bta_circ_9746は検出された。さらにRNase R処未理cDNAではhost gene mRNA及びbta_circ_9746はともに検出されたことから、bta_circ_9746は環状構造のRNA由来であることが明らかになった。

The results of circRNA seq (circRNA-seq) were obtained this year and last year, and the placenta was extracted and the circRNA was determined and tested.ウシ placental segment・villi cluster に高発appear するbta-circ_9746 について, circRNA をspecific に検出 するdivergent primer を いてRT-PCR を行った. divergent primerは, host geneのstraight lock-like mRNA (host gene mRNA)ではcognitionめられないback splicing junctionをcontainingむfieldを Increase widthするプライマーである.そのRESULTS, 193 bp of close and by-products of 193 bp of close and widening products, 500 bp of close and widening products of 193 bp. Back splicing Junctionを1つ有するhost genemRNA originの配arrayであることがわかった. One side, 500 bp pay close to the by-product は2つのback splicing junction を有していた. The ring structure is the same as the RNA, the RNA is not certified, the RNase R is processed, the RNA is not processed, the RNA is modified, and the cDNA is modulated. RNase R is an enzyme that decomposes linear RNA and decomposes circular RNA. RNase R-treated and untreated cDNA was quantitatively determined using RT-qPCR. RNase R-treated cDNA was used to determine host gene mRNA. bta_circ_9746 was analyzed.さらにRNase R-treated cDNAではhost gene mRNA and bta_circ_9746はともに検出されたことから, bta_circ_9746はcyclic structureのRNA originであることが明らかになった.