難読性ゲノムDNAを有する巨大ファージの解析と応用

难以读取基因组DNA的巨噬菌体的分析与应用

基本信息

  • 批准号:
    21K06019
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2021
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2021-04-01 至 2022-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

近年、巨大ファージの単離法が確立され、前世紀にはほとんど報告されていなかった巨大ファージの単離報告が続いている。またメタゲノム解析からも超巨大ファージの遺伝情報が報告されている。これらの中には従来のファージでは考えられなかった遺伝子が含まれており、ウイルス学上の興味だけでなく、新たな遺伝情報資源としても期待されている。ところが一般的なシークエンシング法では塩基配列を解析できない特殊なゲノムDNAを 有する巨大ファージを6株発見した。これらファージは植物病原菌ファージと腸内細菌ファ ージであり系統的にも大きく異なるにも関わらずそのゲノムDNAは様々な解析において類似の挙動を示した。このことから環境中には難読性ゲノムを持つ巨大ファージが予想よりも高頻度で存在すると考えられた。予備実験として青枯病菌ファージRP13についてRNAseqを行い、得られた部分配列を元にプライマーを設計し、DNAを増幅可能な処理方法を検討した。この方法を用い、同じく青枯病菌ファージであるRP7と大腸菌ファージであるE4Uについて塩基配列の解読を行なった。RP7についてはRP13と高い相同性を確認した一方でE4Uは類似ファージが存在しない完全に新奇ファージであることが判明した。tail tube等の構造領域遺伝子数個についてのみ既知ファージとの類似性を示す遺伝子が存在したがゲノムのほとんどの領域において類似遺伝子は確認されなかった。これら難読性ファージゲノムはDNase(特に制限酵素)に強い耐性を示すことから、環境DNAサンプルをDNaseで分解し、その後今回の方法塩基配列解析を行うことで、既存のメタゲノム解析でも見逃されてきた新たな遺伝情報が所得できると期待される。
In recent years, the law of separation has been established, and in the past century, the law of separation has been established. This is the first time that we've had a chance to talk to each other. This is the first time that we've had a chance to learn something new and interesting. The DNA sequence analysis of the six strains was carried out by the general method. This is the first time that a plant pathogen has been identified. This is a very difficult situation to deal with. To prepare for the bacterial wilt disease, RP13 was used to detect RNAseq, and the partial sequence was designed to detect DNA amplification. This method is used in the same way as bacterial wilt. RP7 is used in Escherichia coli. E4U is used in the same way as bacterial wilt. RP7 is the same as RP13 and E4 is the same as RP 13 and E4 is the same as RP 13. The structural domain of tail tube, etc., contains several elements that are known to be similar to each other, indicating that the elements exist in the structural domain, such as tail tube, etc., and that similar elements are confirmed in the structural domain. This is the first time that we have been able to analyze the DNA sequence of DNA fragments in the environment.

项目成果

期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
The complete genomic sequence of the novel myovirus RP13 infecting Ralstonia solanacearum, the causative agent of bacterial wilt.
感染青枯菌(青枯病病原体)的新型肌病毒 RP13 的完整基因组序列。
  • DOI:
    10.1007/s00705-020-04893-z
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kawasaki T;Endo H;Ogata H;Chatchawankanphanich O;Yamada T.
  • 通讯作者:
    Yamada T.
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
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  • 通讯作者:
    内野 修
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  • 发表时间:
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  • 期刊:
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
    川崎 健

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    $ 2.66万
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