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Elucidation of de novo gene birth and pseudogenization processes via reconstruction of ancestral transcriptional regulation

通过重建祖先转录调控阐明从头基因诞生和假基因化过程

基本信息

批准号：
21K06132
负责人：
原雄一郎
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

2021年度には、類人猿においてヒトに至る系統で生じた/失われた遺伝子のプロモーター領域を同定し、分子系統解析によりそれらの祖先配列を推定した。2022年度には、超並列レポーターアッセイを用いてプロモーター祖先配列の活性を計測した。対象とする遺伝子から400箇所のプロモーターを選び、その祖先配列をもとにして超並列レポーターアッセイのプロトコルに適合するように約18,000配列のオリゴヌクレオチドプールを設計、合成した。プールされたオリゴヌクレオチドにランダムバーコードを付加し、アッセイ用に設計したバックボーンベクターに挿入してクローニングするとともに、ベクターをシーケンシングしてバーコードとオリゴヌクレオチドの対応関係を計測した。作製したプラスミドベクターをヒトの4種類の培養細胞に導入し、DNA, RNA分子のバーコードをシーケンシングしてプロモーター祖先配列の活性を計測した。加えて、先進ゲノム支援のサポートを受けて、アクティブなプロモーターのヒストンマークであるH3K4me3をターゲットとするHiChIP解析を行った。HiChIPには上記のヒト培養細胞の他にカニクイザルの細胞も用いている。先進ゲノム支援にHiChIPのライブラリ調整とシーケンシングを依頼し、納品された配列データを解析した。その結果、対象とするプロモーターの約半数でコンタクトするゲノム領域が見つかった。これらよりエンハンサーの候補となる領域を絞りこみ、その祖先配列を推定している。

In the year 2021, the ape and ape species have reached the level of homology in the field of birth

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ヒトゲノム事典 12章「12.3 遺伝子変換」, 「12.6 逆位」

人类基因组百科全书第12章“12.3基因转换”、“12.6倒置”

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
原雄一郎; (編) 井ノ上逸朗;今西規;河村正二;斎藤成也;颯田葉子;田嶋敦
通讯作者：
田嶋敦

研究室(東京都医学総合研究所ゲノム医学研究センター) webページ

实验室（东京都医学研究所基因组医学研究中心）网页

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Parallel evolution of trehalose biosynthesis machinery in metazoans.

后生动物海藻糖生物合成机制的平行进化。

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hara Yuichiro;Shibahara Reira;Kondo Koyuki;Abe Wataru;Kunieda Takekazu
通讯作者：
Kunieda Takekazu

FLAT-seq: Full-Length cDNA sequencing with Adaptive sampling of TSS

FLAT-seq：采用 TSS 自适应采样的全长 cDNA 测序

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
原雄一郎;齊藤紗希;和田涼子;川路英哉
通讯作者：
川路英哉

遺伝子の運命を左右するゲノムの場

基因组中决定基因命运的位置

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Liu Shihui;Matsuo Toshihiko;Miyaji Mary;Hosoya Osamu;金子真也;原雄一郎
通讯作者：
原雄一郎

DOI：
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作者：
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通讯作者：
諸田雪江・坪木和久・佐藤晋介・中川勝広・牛尾知雄・菊池博史

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影响因子：
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