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Identification of epigenetic regulatory system for phenotypic plasticity of "hot-spring frog"

“温泉蛙”表型可塑性表观遗传调控系统鉴定

基本信息

批准号：
21K06125
负责人：
井川武
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は温度に対して適応的な表現型が誕生するプロセスを解明するため、西南諸島に産するリュウキュウカジカガエルの表現型可塑性について、遺伝子発現のエピジェネティック制御機構とその進化的意義の解明を目指している。本年度は昨年度に引き続き、マイクロCTを利用した形態変化の三次元比較解析及び、ChIP-seqによるヒストン修飾の標的領域の比較解析を計画していた。このうち、マイクロCTを利用した形態変化については染色法を工夫することで、軟骨組織を含む組織を可視化することに成功し、高温下における形態変化を詳細に解析することができた。これによって、リュウキュウカジカガエルの表現型可塑性の部位ごとの実態が明らかになった。RNAseqによる遺伝子発現解析の結果、高温下での発現量が増加した遺伝子にはエピジェネティック制御因子が多く含まれていたため、対象とする因子の絞り込みを行った。一方、エピジェネティック制御機構の解析については、ゲノムの完成度が足りず、また追加のシークエンス予算も限られていることから実施することができなかった。さらに、近年の試薬高騰によって、予定していた追加シークエンスデータの取得が難しくなっている。ChIP-seqあるいは、DNAメチル化部位の検証については、染色体レベルのゲノムデータを利用することが理想的であり、両種においてゲノム精度の向上に有効なロングリードデータを十分量確保することは難しい。そのため、来年度は雑種作成による高精度な染色体地図を作製し、限られた予算内で現在のゲノムデータの連続性を染色体レベルまで向上させることを計画している。

This study aims to clarify the significance of phenotypic plasticity in the development of temperature-dependent phenotypes and the evolution of genetic control mechanisms in the Ryukyu Islands. This year's comparative analysis of the three-dimensional morphological changes and the comparative analysis of the target areas of ChIP-seq The method of morphological analysis is used to visualize cartilage tissue at high temperature. The phenotypic plasticity of the two species was studied. The results of RNAseq gene discovery analysis show that the amount of gene discovery at high temperatures increases, and the number of gene discovery factors increases. The analysis of the control mechanism of a party, a party In recent years, it has been difficult to obtain new products by increasing the number of products. ChIP-seq is the most important part of DNA sequencing. It is very difficult to make use of DNA sequencing to ensure the accuracy of DNA sequencing. In the future, we will create a high-precision chromosome mapping system, limit the number of chromosomes in the calculation, and plan for the future.

项目成果

期刊论文数量（33）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ツメガエルを用いたオオノログ進化メカニズムの研究とNBRP Analysis of mechanisms of ohnolog evolution in Xenopus and National BioResource Project

非洲爪蟾幼体进化机制分析与国家生物资源计划

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
荻野肇;田内幹大;井川武;坂口裕介;鈴木誠;鈴木菜花;越智陽城
通讯作者：
越智陽城

Invention sharing is the mother of developmental biology (Part 2)

发明共享是发育生物学之母（第二部分）

DOI：
10.1111/dgd.12763
发表时间：
2021
期刊：
Development, Growth & Differentiation
影响因子：
0
作者：
Ogino Hajime;Kamei Yasuhiro;Hayashi Toshinori;Sakamoto Joe;Suzuki Makoto;Igawa Takeshi
通讯作者：
Igawa Takeshi

無尾両生類における温度ニッチの多様化に連動した忌避行動と高温受容体の進化

无尾两栖动物热感受器的回避行为和进化与热生态位多样化相关