Functional assay to estimate the significance of variants in CDKN2A gene detected in cancer genome testing

功能分析评估癌症基因组测试中检测到的 CDKN2A 基因变异的重要性

• 批准号: 21K07248
• 负责人: 下平 秀樹
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Tohoku Medical and Pharmaceutical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07248/
• 关键词: CDKN2A; バリアント; CDK4/6阻害薬; がんゲノム医療; p16

本研究はCDKN2A遺伝子のバリアントを作成し、機能評価系を構築しがんゲノム医療における意義不明バリアントの解釈に役立つ情報を集積することにある。健常人のリンパ球からmRNAを抽出し、RT-PCRにより増幅したCDKN2A cDNAをベクターに組み込み、サンガーシークエンスにて、配列を確認するした。増幅した断片をBamHIとNotIにより切断し、ヒト細胞株用のＣMVベクターであるpcDNA3.1に挿入した。サンガーシークエンスは外部委託により行い正常配列であることを確認した。そのフラグメントを, 出芽酵母用のpRS315, ヒト細胞株用のエピソーマルベクターであるpCAGs-MCSに移した。部位特異的バリアント導入は出芽酵母の細胞内で行い、実際の機能評価は細胞株でエピソーマルプラスミドを用いて行う。部位特異的バリアント導入のためには、ギャップベクターが必要であり、インバースPCRのためのプライマーを合成し、5’側、3’側を25bp程度残してcDNAの中心部分ほとんどを欠失したギャップベクターを作成した。ClinVarに登録されているCDKN2A cDNAのミスセンスバリアントは約600種類あったが、乳癌において報告されている15種類を優先して作成することとし、バリアントプライマーを発注し、PCR, メガプライマー精製、セカンドPCR, ギャップリペアー、酵母ミニプレップ、大腸菌ミニプレップ、サンガーシークエンスの手順で部位特異的バリアント導入を進めている。細胞株を用いた機能診断系の構築が最も重要な部分であるがRBのリン酸化状態やE2Fによる転写活性などを指標としたシステムの確立を試みている。

The purpose of this study is to set up a set of information on the basis of the CDKN2A information system, the medical information system, the medical information system, the meaning of the system, the meaning of the system, the meaning, the meaning and the meaning. For normal people, make sure that the ball is pulled out of the mRNA, that the RT-PCR is displayed, that the CDKN2A cDNA is displayed, that the tissue is loaded, and that the confirmation device is assigned. The cuttings were cut off by BamHI NotI, and the cells were cut with CMV cuttings and pcDNA3.1 cells were inserted into the cuttings. Please confirm that the line is normally assigned to an external delegate. The sprouting yeast was used as pRS315, and the cell line was used as raw material. The cell line was transferred by pCAGs-MCS. The specific location of the yeast is imported into the cell line of Saccharomyces cerevisiae, and the cell strain is used by the international machine. The special parts of the body are in the middle of the 25bp, the center of the cDNA, the center part of the cDNA, the parts of the body, the defects of the parts, the defects, the defects. ClinVar registration, CDKN2A cDNA, breast cancer report, breast cancer, breast cancer and breast cancer. This is the first time that the special parts of the handset have been detected, such as yeast, yeast, and so on. The cell line can be cut off by using the machine to cut off the most important part of the cell line. The RB is acidified. The E2F cell is active. It means to make sure that the temperature is affected.

项目成果

Phase II Study of the Reuse of Trastuzumab with Docetaxel beyond Progression after First-Line Treatment in Second-Line Treatment for Unresectable, Metastatic Gastric Cancer (T-CORE1203).

在不可切除的转移性胃癌二线治疗中，在一线治疗后疾病进展后重复使用曲妥珠单抗和多西他赛的 II 期研究 (T-CORE1203)。

• DOI: 10.1620/tjem.254.49
• 发表时间: 2021
• 期刊: Tohoku J Exp Med.
• 作者: Takahashi M;Sakamoto Y;Otsuka K;Kanbe M;Ohori H;Shindo Y;Honda H;Saijo K;Ouchi K;Murakawa Y;Takahashi H;Kawai S;Tanaka Y;Yamaguchi T;Shimodaira H;Yoshioka T;Ishioka C.
• 通讯作者: Ishioka C.

Cisplatin Plus Capecitabine After Adjuvant S-1 in Metastatic Gastric Cancer: A Phase II T-CORE1102 Trial

• DOI: 10.21873/anticanres.15680
• 发表时间: 2022-04-01
• 期刊: ANTICANCER RESEARCH
• 影响因子: 2
• 作者: Yoshioka, Takashi;Takahashi, Masanobu;Ishioka, Chikashi
• 通讯作者: Ishioka, Chikashi

東北医科薬科大学医学部 腫瘍内科学

东北医科药科大学医学院肿瘤内科

Phase II study of trifluridine/tipiracil (TAS-102) therapy in elderly patients with colorectal cancer (T-CORE1401): geriatric assessment tools and plasma drug concentrations as possible predictive biomarkers.

• DOI: 10.1007/s00280-021-04277-3
• 发表时间: 2021-09
• 期刊: Cancer chemotherapy and pharmacology
• 影响因子: 3
• 作者: Takahashi M;Sakamoto Y;Ohori H;Tsuji Y;Kuroki M;Kato S;Otsuka K;Komine K;Takahashi M;Takahashi S;Shirota H;Ouchi K;Takahashi Y;Imai H;Shibata H;Yoshioka T;Tanaka M;Yamaguchi H;Yamaguchi T;Shimodaira H;Ishioka C
• 通讯作者: Ishioka C

遺伝性腫瘍学入門 遺伝性腫瘍の基礎知識 「免疫チェックポイント阻害薬」

遗传肿瘤学概论 遗传肿瘤基础知识《免疫检查点抑制剂》

• 发表时间: 2021
• 作者: 滝口裕一;礒部 威;津端由佳里 （分担執筆）下平秀樹;（分担執筆）下平秀樹
• 通讯作者: （分担執筆）下平秀樹