各種細胞株の放射線照射による生存率曲線と遺伝子発現量の測定

各种细胞系放射线照射后的存活率曲线和基因表达水平的测量

• 批准号: 21K07617
• 负责人: 平野 祥之
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07617/
• 关键词: RNA-seq; 遺伝子発現; 放射線耐性; コロニーアッセイ; バイオインフォマティクス; 放射線照射による遺伝子発現; 放射線治療; 遺伝子発現情報; 細胞生存率; 生物線量; 生物学的効果比

当初は、放射線治療適用部位のがん細胞をできるだけ多く、ガンマ線照射前後の遺伝子発現データを取得することを目的としていたが、予算の都合とbiological replicateをなるべく増やしたいため、限られた細胞のみデータ取得することにした。過去の文献から放射線耐性のある細胞株2種類と、放射線感受性の高い細胞株2種類を選んだ。現在は、それぞれ1種類ずつ（HepG2とIMR32）において、2Gy照射後5時間のRNAを抽出し、RNA-seqによるデータを取得した。現在遺伝子発現差異の解析をしているところである。また残り2種類（KMRC2とHEC251）についても、同様に照射し、RNA-seqの依頼をした。平行して、コロニーアッセイによるこれらの生存率曲線を取得し、放射線耐性を調べる予定であったが、HepG2とIMR32はコロニーを形成しづらいことが分かり、当該研究室が行っていた手法では生存率曲線の取得が難しいことがわかった。コロニー形成をしない理由については不明だが、あまり薄い濃度で細胞を撒くと生存率が極めて悪いと考えられる。一般に濃度が濃いとコロニー同士が結合し、コロニーのカウントができないため薄く撒く必要がある。そこで、薄い濃度でもコロニーを形成できる下限の濃度を測定し、コロニーがあまり大きくなる前に、アッセイをすることにした。さらに顕微鏡で培養ディッシュ全体を撮影することで、染色等で剥がれる前のコロニー数のカウントを実施することにした。これにより、照射前後での遺伝子発現差異の他に、放射線耐性との関連についても調べることができるようになった。まもなくデータは取得できるので、本年度までに解析を終える予定である。

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项目成果

Analysis of temporal variations of gene expression after gamma-ray irradiation in HeLa cells by RNA-seq

通过 RNA-seq 分析 HeLa 细胞伽马射线照射后基因表达的时间变化

• 发表时间: 2022
• 作者: Taichi Okino;Tamotsu Kamishima;Satsuki MYOGA Yoshiyuki HIRANO
• 通讯作者: Satsuki MYOGA Yoshiyuki HIRANO