各種細胞株の放射線照射による生存率曲線と遺伝子発現量の測定

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当初は、放射線治療適用部位のがん細胞をできるだけ多く、ガンマ線照射前後の遺伝子発現データを取得することを目的としていたが、予算の都合とbiological replicateをなるべく増やしたいため、限られた細胞のみデータ取得することにした。過去の文献から放射線耐性のある細胞株2種類と、放射線感受性の高い細胞株2種類を選んだ。現在は、それぞれ1種類ずつ（HepG2とIMR32）において、2Gy照射後5時間のRNAを抽出し、RNA-seqによるデータを取得した。現在遺伝子発現差異の解析をしているところである。また残り2種類（KMRC2とHEC251）についても、同様に照射し、RNA-seqの依頼をした。平行して、コロニーアッセイによるこれらの生存率曲線を取得し、放射線耐性を調べる予定であったが、HepG2とIMR32はコロニーを形成しづらいことが分かり、当該研究室が行っていた手法では生存率曲線の取得が難しいことがわかった。コロニー形成をしない理由については不明だが、あまり薄い濃度で細胞を撒くと生存率が極めて悪いと考えられる。一般に濃度が濃いとコロニー同士が結合し、コロニーのカウントができないため薄く撒く必要がある。そこで、薄い濃度でもコロニーを形成できる下限の濃度を測定し、コロニーがあまり大きくなる前に、アッセイをすることにした。さらに顕微鏡で培養ディッシュ全体を撮影することで、染色等で剥がれる前のコロニー数のカウントを実施することにした。これにより、照射前後での遺伝子発現差異の他に、放射線耐性との関連についても調べることができるようになった。まもなくデータは取得できるので、本年度までに解析を終える予定である。