全ゲノム解析による先天性GPI欠損症の新規責任遺伝子探索

通过全基因组分析寻找导致先天性 GPI 缺陷的新基因

• 批准号: 21K07869
• 负责人: 今村 江里子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07869/
• 关键词: 全ゲノムシーケンス解析; 全エクソーム解析; 先天性GPI欠損症; 全ゲノムシーケンス; 全ゲノム解析

本年度は、全エクソーム解析では原因の特定に至らなかった、先天性グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）欠損症が疑われる症例の全ゲノムシーケンスデータ解析、ターゲットロングリードシーケンス解析および新規症例に対する全エクソーム解析を行った。(1) 2家系から得られた全ゲノムシーケンス（イルミナショートリードシーケンス）のデータ解析を行い、両親に由来しない患者特異的な新規突然変異（de novo）の検出を試みた。アミノ酸置換を伴う塩基変異およびディープイントロン領域において、候補となるバリアントが見出されなかったことから、患者特異的な構造変異を検索し、1症例においてSAT2B遺伝子のエクソン6からエクソン8を含む約28k bpの逆位を検出した。逆位が生じたそれぞれの切断箇所(イントロン6およびイントロン8)にプライマーを設計し、PCRおよびSanger法により構造異常の詳細を検証した。(2) 潜性遺伝形式の既知遺伝子に、候補となる病的バリアントが1アレルのみ検出された3症例に対し、目的遺伝子領域をターゲットとしたAdaptive Sampling(Oxford Nanopore社)を実行した。目的遺伝子の全長とその上流および下流に30k bpのbuffer領域を設定し、ロングリードシーケンスデータを取得した。平均リードdepthは25で、ターゲット領域全体をカバーしていることを確認した。(3) 新規2症例に対し、全エクソームシーケンスによる病的バリアントのスクリーニングを実施した。1症例はMECP2に病的バリアントを検出し、1症例は候補バリアントが検出されなかったため、両親を含むトリオ解析を実行中である。

は this year, the whole エ ク ソ ー ム parsing で は cause の に to ら な か っ た, congenital グ リ コ シ ル ホ ス フ ァ チ ジ ル イ ノ シ ト ー ル (GPI) owe loss disease が suspected わ れ る cases の full ゲ ノ ム シ ー ケ ン ス デ ー タ parsing, タ ー ゲ ッ ト ロ ン グ リ ー ド シ ー ケ ン ス parsing お よ び cases new rules に す seaborne る full エ ク ソ ー ム parsing っ を line Youdaoplaceholder0. (1) two か ら have ら れ た full ゲ ノ ム シ ー ケ ン ス (イ ル ミ ナ シ ョ ー ト リ ー ド シ ー ケ ン ス) の デ ー タ parsing を い, struck close に origin し な い patient specific な new rules - vision suddenly (DE novo) の 検 try out を み た. ア ミ ノ acid replacement を with う salt base - different お よ び デ ィ ー プ イ ン ト ロ ン field に お い て, alternate と な る バ リ ア ン ト が shows さ れ な か っ た こ と か ら - different structures, patient specific な を 検 cable し, 1 case に お い て SAT2B heritage 伝 son の エ ク ソ ン 6 か ら エ ク ソ ン 8 を containing the む about 28 k bp の inverse を 検 out し た. Reverse a born が じ た そ れ ぞ れ の by cutting a (イ ン ト ロ ン 6 お よ び イ ン ト ロ ン 8) に プ ラ イ マ ー を し design, PCR お よ び Sanger method に よ り tectonic anomaly の detailed を 検 card し た. (2) the latent legacy 伝 form の is known but 伝 に, alternate と な る disease バ リ ア ン ト が 1 ア レ ル の み 検 out さ れ た 3 cases に し seaborne subareas, purpose but 伝 を タ ー ゲ ッ ト と し た Adaptive from (Oxford Nanopore) を line be し た. Purpose but 伝 son over の と そ の upper お よ び mean bp の に 30 k buffer area を set し, ロ ン グ リ ー ド シ ー ケ ン ス デ ー タ を obtain し た. Average リ ー ド the depth は で, 25 タ ー ゲ ッ ト field all を カ バ ー し て い る こ と を confirm し た. (3) new rules 2 cases に し seaborne, whole エ ク ソ ー ム シ ー ケ ン ス に よ る disease バ リ ア ン ト の ス ク リ ー ニ ン グ を be applied し た. 1 cases は MECP2 に disease バ リ ア ン ト を 検 し, 1 cases は alternate バ リ ア ン ト が 検 out さ れ な か っ た た め, struck close を む ト リ オ parsing を be line で あ る.

项目成果

A case of ALG11-congenital disorders of glycosylation diagnosed by post-mortem whole exome sequencing

尸检全外显子组测序诊断ALG11先天性糖基化障碍一例

• DOI: 10.1016/j.braindev.2022.07.005
• 发表时间: 2022
• 期刊: Brain and Development
• 影响因子: 1.7
• 作者: Arai Yuto;Okanishi Tohru;Kanai Sotaro;Okazaki Tetsuya;Koshimizu Eriko;Miyatake Satoko;Maeoka Yukinori;Fujimoto Ayataka;Matsumoto Naomichi;Maegaki Yoshihiro
• 通讯作者: Maegaki Yoshihiro

Adaptive Samplingを用いたロングリードターゲットシーケンシング解析技術の検討

使用自适应采样检验长读长目标测序分析技术

• 发表时间: 2021
• 作者: Harada Tomoya;Toyoda Hidemi;Tsuboya Naoki;Hanaki Ryo;Amano Keishiro;Hirayama Masahiro;輿水江里子
• 通讯作者: 輿水江里子