全ゲノム解析による先天性GPI欠損症の新規責任遺伝子探索

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本年度は、全エクソーム解析では原因の特定に至らなかった、先天性グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）欠損症が疑われる症例の全ゲノムシーケンスデータ解析、ターゲットロングリードシーケンス解析および新規症例に対する全エクソーム解析を行った。(1) 2家系から得られた全ゲノムシーケンス（イルミナショートリードシーケンス）のデータ解析を行い、両親に由来しない患者特異的な新規突然変異（de novo）の検出を試みた。アミノ酸置換を伴う塩基変異およびディープイントロン領域において、候補となるバリアントが見出されなかったことから、患者特異的な構造変異を検索し、1症例においてSAT2B遺伝子のエクソン6からエクソン8を含む約28k bpの逆位を検出した。逆位が生じたそれぞれの切断箇所(イントロン6およびイントロン8)にプライマーを設計し、PCRおよびSanger法により構造異常の詳細を検証した。(2) 潜性遺伝形式の既知遺伝子に、候補となる病的バリアントが1アレルのみ検出された3症例に対し、目的遺伝子領域をターゲットとしたAdaptive Sampling(Oxford Nanopore社)を実行した。目的遺伝子の全長とその上流および下流に30k bpのbuffer領域を設定し、ロングリードシーケンスデータを取得した。平均リードdepthは25で、ターゲット領域全体をカバーしていることを確認した。(3) 新規2症例に対し、全エクソームシーケンスによる病的バリアントのスクリーニングを実施した。1症例はMECP2に病的バリアントを検出し、1症例は候補バリアントが検出されなかったため、両親を含むトリオ解析を実行中である。