全ゲノム解析による先天性GPI欠損症の新規責任遺伝子探索

通过全基因组分析寻找导致先天性 GPI 缺陷的新基因

• 批准号: 21K07869
• 负责人: 今村 江里子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07869/
• 关键词: 全ゲノムシーケンス解析; 全エクソーム解析; 先天性GPI欠損症; 全ゲノムシーケンス; 全ゲノム解析

本年度は、全エクソーム解析では原因の特定に至らなかった、先天性グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）欠損症が疑われる症例の全ゲノムシーケンスデータ解析、ターゲットロングリードシーケンス解析および新規症例に対する全エクソーム解析を行った。(1) 2家系から得られた全ゲノムシーケンス（イルミナショートリードシーケンス）のデータ解析を行い、両親に由来しない患者特異的な新規突然変異（de novo）の検出を試みた。アミノ酸置換を伴う塩基変異およびディープイントロン領域において、候補となるバリアントが見出されなかったことから、患者特異的な構造変異を検索し、1症例においてSAT2B遺伝子のエクソン6からエクソン8を含む約28k bpの逆位を検出した。逆位が生じたそれぞれの切断箇所(イントロン6およびイントロン8)にプライマーを設計し、PCRおよびSanger法により構造異常の詳細を検証した。(2) 潜性遺伝形式の既知遺伝子に、候補となる病的バリアントが1アレルのみ検出された3症例に対し、目的遺伝子領域をターゲットとしたAdaptive Sampling(Oxford Nanopore社)を実行した。目的遺伝子の全長とその上流および下流に30k bpのbuffer領域を設定し、ロングリードシーケンスデータを取得した。平均リードdepthは25で、ターゲット領域全体をカバーしていることを確認した。(3) 新規2症例に対し、全エクソームシーケンスによる病的バリアントのスクリーニングを実施した。1症例はMECP2に病的バリアントを検出し、1症例は候補バリアントが検出されなかったため、両親を含むトリオ解析を実行中である。

This year, we conducted comprehensive solution analysis on specific causes, congenital disease, and suspected cases of GPI deficiency. (1)2. The family has a complete set of rules and regulations, and the family has a patient-specific set of rules and regulations, and the family has a unique set of rules and regulations. In case 1, SAT2B gene mutation was detected, and in case 2, SAT2B gene mutation was detected, and in case 3, SAT2B gene mutation was detected. A detailed identification of structural anomalies by PCR and Sanger methods. (2)Latent genetic patterns and known genetic patterns, candidate genetic patterns and disease patterns, and Adaptive Sampling(Oxford Nanopore) are implemented. The length of the target vector is determined by the buffer field of 30 kbp upstream and downstream. The average depth is 25, and all fields are confirmed. (3)The new regulation 2 applies to all cases of disease. Case 1: MECP, Case 2: MECP, Case 1: MECP, Case 1: MECP, Case 2: MECP, Case 1: MECP, Case 1: MECP, Case 2: MECP, Case 1: MEC

项目成果

A case of ALG11-congenital disorders of glycosylation diagnosed by post-mortem whole exome sequencing

尸检全外显子组测序诊断ALG11先天性糖基化障碍一例

• DOI: 10.1016/j.braindev.2022.07.005
• 发表时间: 2022
• 期刊: Brain and Development
• 影响因子: 1.7
• 作者: Arai Yuto;Okanishi Tohru;Kanai Sotaro;Okazaki Tetsuya;Koshimizu Eriko;Miyatake Satoko;Maeoka Yukinori;Fujimoto Ayataka;Matsumoto Naomichi;Maegaki Yoshihiro
• 通讯作者: Maegaki Yoshihiro

Adaptive Samplingを用いたロングリードターゲットシーケンシング解析技術の検討

使用自适应采样检验长读长目标测序分析技术

• 发表时间: 2021
• 作者: Harada Tomoya;Toyoda Hidemi;Tsuboya Naoki;Hanaki Ryo;Amano Keishiro;Hirayama Masahiro;輿水江里子
• 通讯作者: 輿水江里子