Highly Sensitive Detection for HBV Driver Mutations and Construction of a PRS Model

研究協力施設である東京大学、九州大学、久留米大学において収集された182症例のB型肝炎を背景とする肝がん患者由来の肝細胞がん組織（がん部、非がん部）を対象として、カスタムキャプチャーパネルを用いたディープシークエンス（SureSelect解析）を実施した。さらに開発済であるがんゲノム解析パイプラインを使用して、SNV、InDel、SV（構造多型）、HBV-DNA挿入の検出を行った。R4年度中に、さらに56症例のB型肝炎を背景とする肝細胞がん組織試料を研究協力施設から収集した。令和3年度にカスタムキャプチャーパネルによるディープシークエンスが完了していた95症例について、核酸アナログによる治療歴や再発の有無といった詳細な臨床情報を収集し、キュレーションを実施した。さらにWGSデータからHLA遺伝子型を決定し、がんゲノム解析パイプラインを用いてHBV-DNA挿入の総数やウイルス変異の有無などを明らかにしてリストにまとめた。HBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値が存在し、特定のウイルス変異がHBV-DNA挿入数に影響を与えることを明らかにした。また、カスタムキャプチャーシークエンスによる高感度検出系の精度評価を目的として、肝細胞がん組織のがん部と非がん部から抽出したDNAを混合することで、低頻度に存在する変異を疑似的に作成し、カスタムキャプチャーシークエンスを実施した。来年度は、低頻度に存在する変異を精度高く検出するために、がんゲノム解析パイプラインの最適なパラメータ選択を行う予定である。

研究協力施設である東京大学、九州大学、久留米大学において収集された182症例のB型肝炎を背景とする肝がん患者由来の肝細胞がん組織（がん部、非がん部）を対象として、カスタムキャプチャーパネルを用いたディープシークエンス（SureSelect解析）を実施した。さらに開発済であるがんゲノム解析パイプラインを使用して、SNV、InDel、SV（構造多型）、HBV-DNA挿入の検出を行った。R4年度中に、さらに56症例のB型肝炎を背景とする肝細胞がん組織試料を研究協力施設から収集した。令和3年度にカスタムキャプチャーパネルによるディープシークエンスが完了していた95症例について、核酸アナログによる治療歴や再発の有無といった詳細な臨床情報を収集し、キュレーションを実施した。さらにWGSデータからHLA遺伝子型を決定し、がんゲノム解析パイプラインを用いてHBV-DNA挿入の総数やウイルス変異の有無などを明らかにしてリストにまとめた。HBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値が存在し、特定のウイルス変異がHBV-DNA挿入数に影響を与えることを明らかにした。また、カスタムキャプチャーシークエンスによる高感度検出系の精度評価を目的として、肝細胞がん組織のがん部と非がん部から抽出したDNAを混合することで、低頻度に存在する変異を疑似的に作成し、カスタムキャプチャーシークエンスを実施した。来年度は、低頻度に存在する変異を精度高く検出するために、がんゲノム解析パイプラインの最適なパラメータ選択を行う予定である。