Highly Sensitive Detection for HBV Driver Mutations and Construction of a PRS Model

HBV驱动基因突变的高灵敏检测及PRS模型构建

• 批准号: 21K07997
• 负责人: 西田 奈央
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: National Center for Global Health and Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07997/
• 关键词: 次世代シークエンサー; hepatocellular carcinoma; hepatitis B virus; B型肝炎; NGS; HCC; HBV; 肝がん; ドライバー変異; PRS

研究協力施設である東京大学、九州大学、久留米大学において収集された182症例のB型肝炎を背景とする肝がん患者由来の肝細胞がん組織（がん部、非がん部）を対象として、カスタムキャプチャーパネルを用いたディープシークエンス（SureSelect解析）を実施した。さらに開発済であるがんゲノム解析パイプラインを使用して、SNV、InDel、SV（構造多型）、HBV-DNA挿入の検出を行った。R4年度中に、さらに56症例のB型肝炎を背景とする肝細胞がん組織試料を研究協力施設から収集した。令和3年度にカスタムキャプチャーパネルによるディープシークエンスが完了していた95症例について、核酸アナログによる治療歴や再発の有無といった詳細な臨床情報を収集し、キュレーションを実施した。さらにWGSデータからHLA遺伝子型を決定し、がんゲノム解析パイプラインを用いてHBV-DNA挿入の総数やウイルス変異の有無などを明らかにしてリストにまとめた。HBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値が存在し、特定のウイルス変異がHBV-DNA挿入数に影響を与えることを明らかにした。また、カスタムキャプチャーシークエンスによる高感度検出系の精度評価を目的として、肝細胞がん組織のがん部と非がん部から抽出したDNAを混合することで、低頻度に存在する変異を疑似的に作成し、カスタムキャプチャーシークエンスを実施した。来年度は、低頻度に存在する変異を精度高く検出するために、がんゲノム解析パイプラインの最適なパラメータ選択を行う予定である。

使用自定义捕获面板进行了深入测序（SURESELECT分析），对肝细胞癌组织（癌症系和非癌症部）进行了源自肝癌患者的肝癌患者，并在研究合作伙伴设施，东京大学，京都大学和库鲁姆大学收集了182例病例。此外，使用已经开发的癌症基因组分析管道检测到SNV，INDEL，SV（结构多态性）和HBV-DNA插入。在R4会计年度，从研究合作伙伴设施收集了另外56例具有乙型肝炎背景的肝细胞癌组织样品。收集并策划了95例使用自定义捕获面板进行深度测序的详细临床信息，其中包括使用核酸类似物的治疗史以及是否复发。此外，通过WGS数据确定了HLA基因型，并使用癌症基因组分析管道揭示了HBV-DNA插入的总数以及病毒突变的存在或不存在，并将其编译为列表。有一些临床实验室值会影响HBV-DNA插入的数量，并且发现某些病毒突变会影响HBV-DNA插入的数量。此外，为了使用自定义捕获序列评估高度敏感的检测系统的准确性，我们将癌症区域和从肝细胞癌组织的非癌症区域提取的DNA混合在一起，以在低频中产生突变，并执行自定义捕获序列。明年，我们计划选择癌症基因组分析管道的最佳参数，以便准确检测出低频的突变。

项目成果

2種類のHBワクチンに異なる応答性を示すHLA遺伝子型

HLA 基因型对两种 HB 疫苗表现出不同的反应

• 发表时间: 2022
• 作者: 西田奈央;土浦貴代;石川美由紀;徳永勝士;溝上雅史
• 通讯作者: 溝上雅史

ヘプタバックス‐IIとビームゲンに対する応答性とHLA遺伝子の関連

对 Heptavax-II 和 Beamgen 的反应性与 HLA 基因之间的关系

• 发表时间: 2021
• 作者: 西田奈央;杉山真也;土浦貴代;石川美由紀;徳永勝士;溝上雅史
• 通讯作者: 溝上雅史

HLA型ごとのHBV多様性解析によるB型肝癌の発症リスクの予測精度の向上

通过HLA类型分析HBV多样性提高预测B型肝癌风险的准确性

• 发表时间: 2022
• 作者: Naganori Kamiyama;Thanyakorn Chalalai;Sotaro Ozaka;Shimpei Ariki;Yomei Kagoshima;Nozomi Sachi;Takashi Kobayashi;関口翔平，萬顕，岡崎史佳，山本英一郎，新沼猛，高澤啓，須藤豪太，畠中柚衣，吉戸文乃，北嶋洋志，甲斐正広，小山内誠，廣橋良彦，小島隆，宮崎晃亘，鈴木拓．;杉山真也,西田奈央,溝上雅史
• 通讯作者: 杉山真也,西田奈央,溝上雅史

B型肝炎ワクチン応答性に関わる遺伝因子

与乙型肝炎疫苗反应有关的遗传因素

• 发表时间: 2021

ポリジェニックスコアの基礎

多基因评分的基础知识

• 发表时间: 2023
• 作者: 打田佐和子;小田桐直志;萩原淳司;武藤芳美;小谷晃平;小塚立蔵;元山宏行;川村悦史;藤井英樹;榎本大;田守昭博;河田則文;大橋順
• 通讯作者: 大橋順