リアルタイム真菌種同定方法の開発とクリニカルメタゲノミクスへの応用

实时真菌物种鉴定方法的开发及其在临床宏基因组学中的应用

• 批准号: 21K08505
• 负责人: 元岡 大祐
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K08505/
• 关键词: メタゲノム; 真菌

近年、感染症が疑われる臨床検体からの病原体検出法として、次世代シーケンサーを用いたメタゲノム解析が用いられている。しかし、臨床検体中に含まれる核酸のうち病原体由来のものは少なく、感度向上、低コスト化や解析の高速化が達成できていない。また、メタゲノム解析における病原体同定は、ゲノムデータベースに依存した解析手法であるため、ゲノムデータベースに情報が少ない真菌の正確な同定が難しい。真菌感染症は、皮膚のみならず、免疫低下時の呼吸器感染症などで重篤な疾患を引き起こす。真菌感染の検査は、菌体数はβ-D-グルカンの定量によって推定され、その真菌種の同定は、単離培養後の形態観察や、あらゆる真菌が共通してもつ配列(rRNA)の一部であるITS領域などのシーケンスによって行われている。しかし、これらの手法により同一種であると認識されている真菌の中に病原性が異なる真菌が存在することも知られており、より正確かつ簡便に真菌を同定できる方法が必要である。そこで本研究では、rRNAの全長をターゲットにすることでより高分解能な真菌の種同定方法を構築することを目的とした。具体的には、CRISPR/Cas9システムのゲノムの特定配列を切断する機能を用いて、真菌ゲノムのrRNA領域を切り出し、リアルタイムに長鎖のシーケンスが可能であるNanoporeシーケンサーと組み合わせることで、真菌ゲノム全体を解析することなく、選択的に種同定に必要な配列のみをシーケンスする方法を検討している。本年度は、公共データベースに登録されている真菌由来のゲノム配列を対象に、アセンブリを行い、真菌ゲノムデータベースの構築を行った。

In recent years, infectious diseases have been suspected, clinical models have been identified, and the next generation of infectious diseases has been analyzed. In addition, in clinical samples, nucleic acids are included in the analysis of pathogen origin, sensitivity, and high speed. The identification of pathogens and the identification of pathogens depend on the analysis method. The identification of pathogens and fungi depends on the analysis method. Fungal infections, skin infections, respiratory infections when immunocompromised, and serious diseases arise. Detection of fungal infection, quantitative estimation of cell count, identification of fungal species, morphological observation after isolation, and identification of fungal species in common with rRNA It is necessary to know the existence of fungi with different pathogenicity and to know the method of identifying fungi with the same method. The aim of this study is to construct a method for the identification of highly dissociative fungi based on the length of rRNA. Specifically, CRISPR/Cas9 is used to isolate the specific alignment of the CRISPR/Cas9 species. It is possible to isolate the rRNA domain of the fungus from the genome. It is possible to isolate the genome of the fungus from the genome. It is possible to analyze the entire genome of the CRISPR/Cas9 species. This year, the public registration of the fungus origin and distribution of the fungus, the establishment of the fungus origin and distribution of the fungus.

项目成果

High production of egc2-related staphylococcal enterotoxins caused a food poisoning outbreak

大量产生egc2相关葡萄球菌肠毒素引发食物中毒事件

• DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109366
• 发表时间: 2021
• 期刊: International Journal of Food Microbiology
• 影响因子: 5.4
• 作者: Umeda Kaoru;Ono Hisaya K.;Wada Takayuki;Motooka Daisuke;Nakamura Shota;Nakamura Hiromi;Hu Dong-Liang
• 通讯作者: Hu Dong-Liang

Longitudinal alterations of the gut microbiota and mycobiota on COVID-19 severity

肠道微生物群和真菌群的纵向变化对 COVID-19 严重程度的影响

• 发表时间: 2023
• 作者: 元岡大祐;前田悠一;沖大也;田中健太郎;猪頭英里;平田陽彦;木田博;熊ノ郷淳;中村昇太;竹田潔
• 通讯作者: 竹田潔

腸内細菌叢・真菌叢の変化と健康について

肠道菌群和真菌菌群的变化与健康

• 发表时间: 2022
• 作者: 元岡 大祐