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Analysis for composition of Kaposi's sarcoma associated herpesvirus-host hybrid complex and discovery for drug targets

卡波西肉瘤相关疱疹病毒-宿主混合复合物的组成分析及药物靶点的发现

基本信息

批准号：
21K08509
负责人：
渡部匡史
金额：
$ 2.66万
依托单位：
University of the Ryukyus
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

新規近位依存性標識法を用いた宿主性vPIC相互作用因子の同定に向けてvPIC因子であるORF34またはORF66欠損ウイルス産生細胞に対して，近位依存性標識タグ付加ORF34またはORF66発現プラスミドを導入し，定常発現細胞を前年度までに樹立していた．これらの細胞においてウイルス複製が正常に進行しているか，近位依存性標識タグが機能しているかについて確認したものの，因子同定に至ることのできる機能的条件を十分に満たす結果が得られていない．そのため，代替方策を準備・検討している．ウイルス性vPIC因子の機能性領域の同定については，vPICのハブとして機能しうるORF34に着目し解析を進めてきた．具体的にはヘルペスウイルスホモログ間での保存アミノ酸についてアラニン置換体を18種作成し，各種性状解析に供した．得られた実験結果に関してクラスター解析を実施するとともに，Deep-learningによるタンパク質構造予測アルゴリズムAlphaFold2による予測構造モデルとの照合を実施し，分子機能とタンパク質構造との関連性について検討した．いくつかの知見は得られたが，少なくともORF34上に存在する4つのシステイン残基に関しては，ドメイン構造維持を介して分子機能保持に重要な役割を担っている可能性が強く示唆されたと考えている．上記の内容を論文投稿し，さらにプレプリントサーバBioRxiv上で公開している(Watanabe T. et al., bioRxiv., 2023 doi: 10.1101/2023.03.08.531831. Preprint.)．また補助プロジェクトとして進めていたvPIC因子間(ORF18-ORF30)相互作用に関する内容が，原著論文として受理された(Maeda Y., Watanabe T. et al., Int. J. Mol. Sci. 2022)．

The new proximity-dependent tagging method uses host vPIC interaction factors such as co-orientation, vPIC factor, ORF34, ORF66 deficiency, cell growth, proximity-dependent tagging, ORF34-dependent tagging, ORF34-dependent tagging, and proximity-dependent tagging. In the previous year, it was found that the system was in operation in the previous year. In the previous year, the normal operation was performed. The proximity-dependent tag machine was able to verify the failure rate, and the factor was the same as that in the previous year. The conditions for the failure rate were very bad. The results showed that the failure rate was very good. In place of the policy, we are ready to prepare the information system. In the field of mechanism, the vPIC factor is the same as the system, and the vPIC system is capable of analyzing the data in the ORF34. The specific information is required to save the information and save the information of the system. The analysis of each trait is available for analysis. The results showed that the structure of the Deep-learning system was used to make the AlphaFold2 system, and the molecular mechanism was used to determine the relationship between each trait. There is a lot of information on the ORF34. It is necessary to build and maintain a molecular machine that can maintain the possibility of an important service cut. the content of the article is submitted. Watanabe T. et al., bioRxiv., 2023 doi: 10.1101 Universe 2023.03.08.531831 Preprint.). To assist in the evaluation of the interaction between vPIC factors (ORF18-ORF30), the content of the review, and the acceptance of information in the original article (Maeda Y., Watanabe T. et al., Int. J. Mol. Sci. 2022).