Identification and functional analysis of novel type 1 diabetogenic genes in the Japanese population by next-generation sequencing

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１型糖尿病は多因子疾患であり、一般的には複数の効果量の小さい疾患感受性遺伝子が集積した個体に環境因子が働き発症に至るCommon diseeaseにされる。しかし本邦における１型糖尿病は欧米に比し有病率が低く、また家族内集積率は高い傾向がある。本研究は有病率が高い欧米と本邦における疫学的特徴の差異に着目し、Common diseaseの発症に関わる高頻度、かつ効果量の小さい疾患感受性遺伝子とは別に、頻度は低いが効果量の大きい新規Rare varinatを見いだすことにより、我が国特有の体質を分子レベルで解明することを目的としている。Common variantの同定には大規模サンプルを集積して全ゲノム関連解析が適していると考えられるが本邦における有病率の低さが１型糖尿病症例の大規模サンプルの集積の障害となり、統計的パワーの不足から効果量の低いcommon variantの同定を困難なものとしていた。一家系に複数の１型糖尿病発症者を有する家系の集積についても母集団が限られているため決して容易ではないが、大きな効果量と浸透率をもつrare variantを同定できる可能性がある。我々はこれまで着実に濃厚発症家系の集積を進め、現在15家系54名（罹患者35名、非罹患者19名）について、既に全エクソームシーケンス作業を完了している。初年度に独立基盤形成支援にともなう交付決定後増額を得たことにより各家系の発端者に対してさらに全ゲノムシーケンス（WGS）を実施することができ、全エクソームシーケンス（WES）だけでは検出し得ない、染色体上の大きな構造変異の探索やミスアライメントの検証など変異解析の精度を飛躍的に向上させることができた。現在、次世代シーケンス解析によって同定された遺伝子変異が偽陽性である可能性を除外するため、サンガー法を用いたDirect sequencing、またはTaqman法を用いて遺伝子型を決定する作業をおこなっている。