Genomics analysis of immune microenvironmental changes in hepatocarcinogenesis after cure of hepatitis C

丙型肝炎治愈后肝癌发生过程中免疫微环境变化的基因组学分析

• 批准号: 21K08745
• 负责人: 杉町 圭史
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Hospital Organization, Kyushu Cancer Center
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K08745/
• 关键词: 肝細胞癌; メチル化シークエンス; mRNAシークエンス; ウイルス学的著効; 免疫微小環境; ゲノミクス; 肝がん; C型肝炎

ゲノミクス解析によってC型肝炎治癒後の肝発癌における免疫微小環境変容を解明することを目指して研究を継続した。まず肝細胞癌に対する肝切除手術を行った症例について、切除標本の癌部、非癌部の新鮮凍結標本を採取し, 各症例の凍結組織よりそれぞれゲノムDNA と全RNA を抽出し精製した。また同症例の末梢血液のサンプリングも行った。DNAを用いてメチル化シークエンスを行った。各症例のメチル化異常を網羅的に解析し、免疫微小環境変容とメチル化異常の関連を解析している。またRNA よりmRNAシークエンス(RNAseq)を行った。具体的には逆転写cDNAのアダプター付きライブラリ作製し、DNBSEQ社のG400RS FASTでシークエンシングしトランスクリプト毎の発現解析を行った。現在はシークエンス結果をin silicoにて解析中である。具体的にはRNAseqのデータよりgranzyme(GZMA)とperforin(PRF1)のmRNA 発現値の幾何平均値より免疫応答予測スコア(cytolytic activity値)を算出している。その他の細胞障害性T細胞関連遺伝子(CD3G, CD3E, CD4, TBX21)、免疫抑制(疲弊)関連遺伝子(PD-1, CTLA-4, LAG3, TIM-3, A2aR)の発現データを網羅的にクラスタリング解析し、免疫微小環境と発癌要因の相関を解析している。

ゲ ノ ミ ク ス parsing に よ っ て hepatitis C の 発 liver cancer after curing に お け る immune tiny environment - let を interpret す る こ と を refers し て research を 継 続 し た. ま ず hepatocellular carcinoma に す seaborne る liver resection surgery を っ た cases に つ い て, resection specimens の cancer, the cancer の fresh frozen specimen を し, all cases の frozen tissue よ り そ れ ぞ れ ゲ ノ ム DNA と all RNA を drew し refined し た. Youdaoplaceholder0 in the same case, there is peripheral blood in the <s:1> サ プリ プリ グ グ グ った. DNAを is repursed by を てメチ てメチ エ to った, エ エ スを スを to った. The に analysis of the を network of abnormal メチ transformation of each symptom case, the <s:1> connection of abnormal とメチ transformation of immune microenvironment <s:1>, the を analysis of <s:1> て る る. Youdaoplaceholder0 RNA よ よ mRNAシ エ エ ス ス(RNAseq)を lines った. Specific に は inverse planning to write a cDNA の ア ダ プ タ ー pay き ラ イ ブ ラ リ cropping し, DNBSEQ の G400RS FAST で シ ー ク エ ン シ ン グ し ト ラ ン ス ク リ プ ト their の 発 now line analytical を っ た. Now シ シ シ エ エ ス ス ス result をin silicoにて in the analysis である. Specific に は RNAseq の デ ー タ よ り granzyme (GZMA) と perforin (PRF1) の mRNA 発 numerical の now on geometric average numerical よ り immune 応 answer be ス コ ア (cytolytic activity nt) を calculate し て い る. Youdaoplaceholder0 そ his <s:1> cell hindrance t-cell associated legacies 伝 (CD3G, CD3E, CD4, TBX21) and immunosuppressive (fatigue) associated legacies 伝 (PD-1, CTLA-4, LAG3, TIM-3) A2aR) の 発 now デ ー タ を snare of に ク ラ ス タ リ ン グ parsing し, immune tiny environment と 発 carcinoma by masato の phase analytical し を て い る.

项目成果

全ゲノム的メチローム・トランスクリプトーム解析によるSVR後肝発癌関連転写因子の同定

通过全基因组甲基化组/转录组分析鉴定与 SVR 后肝癌发生相关的转录因子

• 发表时间: 2022
• 作者: 杉町圭史;間野洋平;島垣智成;大西惠美;増田隆明;藤本禎明;上原英雄;中島雄一郎;杉山雅彦;山本学;森田勝;三森功士;藤也寸志
• 通讯作者: 藤也寸志

Sustained epigenetic carcinogenic alteration in hepatocellular carcinoma arising on the liver after viral eradication

病毒根除后肝脏出现持续的表观遗传致癌改变

• 发表时间: 2023
• 作者: Keishi Sugimachi;Tomonari Shimagaki;Yohei Mano;Emi Onishi;Masaru Morita;Yasushi Toh;Koshi Mimori
• 通讯作者: Koshi Mimori