Genomics analysis of immune microenvironmental changes in hepatocarcinogenesis after cure of hepatitis C

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ゲノミクス解析によってC型肝炎治癒後の肝発癌における免疫微小環境変容を解明することを目指して研究を継続した。まず肝細胞癌に対する肝切除手術を行った症例について、切除標本の癌部、非癌部の新鮮凍結標本を採取し, 各症例の凍結組織よりそれぞれゲノムDNA と全RNA を抽出し精製した。また同症例の末梢血液のサンプリングも行った。DNAを用いてメチル化シークエンスを行った。各症例のメチル化異常を網羅的に解析し、免疫微小環境変容とメチル化異常の関連を解析している。またRNA よりmRNAシークエンス(RNAseq)を行った。具体的には逆転写cDNAのアダプター付きライブラリ作製し、DNBSEQ社のG400RS FASTでシークエンシングしトランスクリプト毎の発現解析を行った。現在はシークエンス結果をin silicoにて解析中である。具体的にはRNAseqのデータよりgranzyme(GZMA)とperforin(PRF1)のmRNA 発現値の幾何平均値より免疫応答予測スコア(cytolytic activity値)を算出している。その他の細胞障害性T細胞関連遺伝子(CD3G, CD3E, CD4, TBX21)、免疫抑制(疲弊)関連遺伝子(PD-1, CTLA-4, LAG3, TIM-3, A2aR)の発現データを網羅的にクラスタリング解析し、免疫微小環境と発癌要因の相関を解析している。