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頚動脈石灰化粥腫安定機構の多角的エピジェネティック制御と分子間クロストークの探究

颈动脉钙化斑块稳定机制的多层面表观遗传调控和分子串扰探索

基本信息

批准号：
21K09107
负责人：
片野広之
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

これまでに明らかにしてきた網羅的検索による血管新生抑制遺伝子のmRNA, タンパク発現増強、ゲノムの配列異常(SNV)、エピゲノムのDNAメチル化異常やmicroRNAによる頚動脈粥腫安定化機構研究を発展させ、本研究では、とくに複雑な影響を及ぼす可能性のあるエピゲノムによる頚動脈粥腫安定化・不安定化の調節、相互作用をさらに多角的に究明するため、ATAC-Seq, ChIP-Seq, Hi-C法を用い、アガツトンカルシウムスコアによる分類を基準としてヒト頚動脈で探求することを計画したが、令和3年度は、ヒト頚動脈粥腫として頚動脈内膜剥離術によって摘出した標本（-80℃凍結）を用い、石灰化含有度の評価は術前MDCTAで計測したカルシウムスコアおよびHE染色組織標本で行い、高石灰化と低石灰化粥腫群に分類した。超音波破砕で細胞を回収後、非イオン性活性剤で核を単離し、得られたクロマチンをTn5トランスポゼースにより、NGSシーケンスアダプタを標識しつつ断片化、ライブラリー調整後、PCRで増幅しNGSで解析し、MACSでpeakcallを検出、annotation付加し、Viewerで可視化後シーケンスリードによりクロマチン・アクセシビリティが高い領域、すなわち遺伝子の転写が活発に行われていると推測されるユークロマチン領域を検出するATAC-Seqを行い、オープンクロマチン領域にみられる塩基配列を網羅的に解析し、クロマチン・アクセシビリティの高・低石灰化粥腫群での差異を明らかにすることを計画し、まずvalidation studyを行った。慎重を期すため、令和4年度には異なる複数の検体で二度に渡ってvalidationを反復した。

Youdaoplaceholder7 れまでに mRNA of 検 cord による angiogenesis inhibitor of ららに <s:1> てたたた. タンパク発 now raised strong, ゲノムの abnormal column (SNV), エピゲノムの DNA メチル mineralization anomaly や mirnas による頚 artery congee is swollen stabilization institutional research を発 exhibition させ, this study では, とくに complex 雑な influence を and ぼす possibility のあるエピゲノムによる頚 artery congee is swollen stabilization, unstable の adjustment, for each other Research on するため, ATAC-Seq, ChIP-Seq using をさらに polygonal に Hi - C method をい, アガツトンカルシウムスコアによる classification を benchmark としてヒト頚 artery で explore することを project したが, make and 3 annual は, ヒト頚 artery congee is swollen として頚 artery intima decollement によって pick the した specimens (freezing - 80 ℃) をい, containing calcification degrees の review 価は preoperative MDCTA で measuring し Youdaoplaceholder0 シウムスコアおよびシウムスコアおよびHE staining of tissue specimens で for た and classification of hyperlipified と and low-lipified porcine groups にたた. Ultrasound broken 砕で cells after を収 back, non イオン sexual activity tonic で nuclear を単 from し, られたクロマチンを Tn5 トランスポゼースにより, NGS シーケンスアダプタを logo しつつ fragment, ライブラリー adjusted, PCR で raised し NGS で analytical し, MACS で peakcall を検, Ann Otation pay plus し, Viewer after で visualization シーケンスリードによりクロマチン · アクセシビリティがい field, high すなわち heritage 伝 son の planning write が live 発に line われていると speculation されるユークロマチン field を検 out する ATAC - Seq をい, オープンクロマチン field にみられる salt base with column を snare に analytical し, クロマチン · アクセシビリティの high, low calcification porridge swollen group での differences を Ming らかにすることを plan し, まず validation study を line った. Careful を period すため, make and 4 year には different なる plural の検 body で second に crossing って validation を repeatedly した.