Identification of CNV of deafness gene and development of simple test method by long read sequencing

长读长测序鉴定耳聋基因CNV并开发简易检测方法

• 批准号: 21K09644
• 负责人: 松永 達雄
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: 独立行政法人国立病院機構(東京医療センター臨床研究センター)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K09644/
• 关键词: 難聴; 遺伝子解析; コピー数変異; ロングリードシーケンス; Copy Number Variant; 難聴遺伝子

本研究の目的は、ゲノム情報解析の駆使とロングリードシーケンサーによる染色体構造変異同定法の構築、および綿密なgenotype-phenotype関連解析に基づく変異の病的意義の解釈である。令和4年度は、研究室で独自に構築した、Illumina社製ショートリードシーケンサー結果を元にした予測プログラム2種を組み合わた遺伝子コピー数変異(CNV)予測手法を、研究室でいままで収集してきた多数の難聴検体に対して実施し、実際の病的変異同定に応用可能かどうか検討を開始した。対象にはIllumina社製ショートリードシーケンサーを用いた難聴患者検体のシーケンス結果をゲノムにマッピングしたファイル (bamファイル)を用いた。昨年度導入した、CNV予測プログラムpanelcn.MOPS (https://github.com/bioinf-jku/panelcn.mops) およびDECoN (https://github.com/RahmanTeam/) によるコピー数の増減予測を実施する解析パイプラインを実行した。本パイプラインでは、この2種の予測が一致するCNVを抽出している。これまでのところ、一回のCNV予測解析で一定程度の信頼性のあるCNV予測が可能となる検体数をほぼ確定できた。予測されたCNVの一部は実際に定量的PCR法、MLPA法によって確認し、またその遺伝形式を家族検体をもちいて確認した。

The purpose of this study is to explore the significance of genetic variation in chromosome information analysis, construction of chromosome structure variation determination method, and analysis of close genotype-phenotype association. In 2010 and 2014, the research laboratory independently constructed the Illumina system, and the results of the two kinds of combination of the CNV prediction methods, and the research laboratory collected most of the difficult models, and the differences and similarities of the actual diseases were determined. For Illumina, please click here. Last year's introduction, CNV forecast, panelcn.MOPS (https://github.com/bioinf-jku/panelcn.mops) and DECoN (https://github.com/RahmanTeam/) were implemented. The CNV is extracted from the two kinds of predictions. The CNV prediction analysis has a certain degree of reliability, and the CNV prediction is possible. Some of the predicted CNVs were confirmed by PCR and MLPA methods, and some of them were confirmed by family analysis.

项目成果

遺伝学的検査の基本と最新情報

基因检测的基础知识和最新信息

• 发表时间: 2022
• 期刊: 耳鼻咽喉科・頭頸部外科
• 作者: Nakamura Ryosuke;Katsuno Tatsuya;Tsuji Takuya;Oyagi Seiji;Kishimoto Yo;Suehiro Atsushi;Tateya Ichiro;Omori Koichi;松永達雄
• 通讯作者: 松永達雄

Whole exome analysis of patients in Japan with hearing loss reveals high heterogeneity among responsible and novel candidate genes.

• DOI: 10.1186/s13023-022-02262-4
• 发表时间: 2022-03-05
• 期刊: Orphanet journal of rare diseases
• 影响因子: 3.7
• 作者: Mutai H;Momozawa Y;Kamatani Y;Nakano A;Sakamoto H;Takiguchi T;Nara K;Kubo M;Matsunaga T
• 通讯作者: Matsunaga T

当院を受診した難聴者に対する遺伝子診断と遺伝カウンセリングの現況

我院就诊听力障碍患者的基因诊断及遗传咨询现状

• 发表时间: 2021
• 作者: 井上 沙聡;奈良 清光;務台 英樹;南 修司郎;加我 君孝;和佐野 浩一郎;松永 達雄
• 通讯作者: 松永 達雄