Identification of CNV of deafness gene and development of simple test method by long read sequencing

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本研究の目的は、ゲノム情報解析の駆使とロングリードシーケンサーによる染色体構造変異同定法の構築、および綿密なgenotype-phenotype関連解析に基づく変異の病的意義の解釈である。令和4年度は、研究室で独自に構築した、Illumina社製ショートリードシーケンサー結果を元にした予測プログラム2種を組み合わた遺伝子コピー数変異(CNV)予測手法を、研究室でいままで収集してきた多数の難聴検体に対して実施し、実際の病的変異同定に応用可能かどうか検討を開始した。対象にはIllumina社製ショートリードシーケンサーを用いた難聴患者検体のシーケンス結果をゲノムにマッピングしたファイル (bamファイル)を用いた。昨年度導入した、CNV予測プログラムpanelcn.MOPS (https://github.com/bioinf-jku/panelcn.mops) およびDECoN (https://github.com/RahmanTeam/) によるコピー数の増減予測を実施する解析パイプラインを実行した。本パイプラインでは、この2種の予測が一致するCNVを抽出している。これまでのところ、一回のCNV予測解析で一定程度の信頼性のあるCNV予測が可能となる検体数をほぼ確定できた。予測されたCNVの一部は実際に定量的PCR法、MLPA法によって確認し、またその遺伝形式を家族検体をもちいて確認した。