日本の結核菌株間の疫学的関連を判別するためのゲノム変異の閾値の解明

阐明用于确定日本结核分枝杆菌菌株之间流行病学关系的基因组变异阈值

• 批准号: 21K10412
• 负责人: 田丸 亜貴
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Osaka Institute of Public Health
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K10412/
• 关键词: 結核菌; 結核感染源調査; 結核菌全ゲノムSNPs解析; ゲノム解析

研究では、結核感染経路の結核菌ゲノム情報からの判定を目的とする．そのために，種々の発生規模や発生間隔の結核集団感染事例から分離された結核菌株を全ゲノム比較解析し、日本の結核菌株間の疫学的関連を判別する「ゲノム変異の閾値」を明らかにする．2022年度は昨年度に引き続きゲノム変異の速度を調査するため、患者発生間隔が約2年以上かつVNTR型別で同一感染源由来と判定された集団感染由来結核菌株11群22株・同一患者由来結核菌株4群8株の全ゲノムSNPs解析を実施した。【方法】　保存菌株を再培養してゲノムDNAを精製，イルミナMiSeqにより全ゲノムリードを取得し，解析パイプラインMTBseqにより全ゲノム一塩置換多型（SNV）解析を実施した．【これまでの結果】　昨年度に実施した7群17株のデータも併せると、各群内のSNV数は0個が6群（2～9年）， 1個が7群（2～8年）， 2個が3群（3～6年）、3個が3群（6～9年）、4個が1群（3年）、5個が1群（6年）、6個が1群（10年）であった［（）内は患者発生間隔］。一年間に発生するSNV数は平均0.34個/genomeで海外での報告（結核菌の変異速度0.3-0.5個 /genome/year）と一致していた．海外の標準では疫学的関連のある結核菌株群内のSNV数は5以下とされているが、6個の変異が見られた群があった。この事例は初回発症から10年後に再発した同一患者由来事例で、VNTR型は同一で同一菌株と考えられた事例であった。同一感染源由来あるいは同一菌株でSNV数が5個を超える事例の発生頻度について次年度以降さらに調査する必要がある。

The purpose of this study is to determine the results of nuclear infection, nuclear infection and nuclear infection. All kinds of animal models were isolated from each other, and infection cases were separated from each other. The analysis of the complete isolation of the nuclear strains, the identification of the Japanese strains in the epidemic of the strains, and the identification of the epidemic of the strains in Japan. The year 2022 was introduced yesterday. The speed of the test is very fast. The patients were separated for more than 2 years, and the same infection source of VNTR type was determined. 11 groups of 22 strains of nuclear strains from the same patient were identified by SNPs analysis. [methods] the strains were preserved by DNA, and the whole SNV was obtained by MiSeq. The results of SNV analysis showed that there were 17 strains in 7 groups, and the number of SNV in each group was 0. 9 years. There were 7 clusters (2 to 8 years), 2 clusters (3 to 6 years), 3 clusters (6 to 9 years), 4 clusters (3 years), 5 clusters (6 years) and 6 clusters (10 years). The average number of SNV in a year was 0.34

项目成果

2017-2021年度に当所に搬入された結核菌株の分子疫学調査

对2017年至2021年带到我们设施的结核分枝杆菌菌株进行分子流行病学调查

• 发表时间: 2022
• 作者: Kishi R;Nakano R;Nakano A;Suzuki Y;Horiuchi S;Saito K;Watanabe M;Morita R;Kawabe T;Yano H;田丸亜貴
• 通讯作者: 田丸亜貴