日本の結核菌株間の疫学的関連を判別するためのゲノム変異の閾値の解明

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研究では、結核感染経路の結核菌ゲノム情報からの判定を目的とする．そのために，種々の発生規模や発生間隔の結核集団感染事例から分離された結核菌株を全ゲノム比較解析し、日本の結核菌株間の疫学的関連を判別する「ゲノム変異の閾値」を明らかにする．2022年度は昨年度に引き続きゲノム変異の速度を調査するため、患者発生間隔が約2年以上かつVNTR型別で同一感染源由来と判定された集団感染由来結核菌株11群22株・同一患者由来結核菌株4群8株の全ゲノムSNPs解析を実施した。【方法】　保存菌株を再培養してゲノムDNAを精製，イルミナMiSeqにより全ゲノムリードを取得し，解析パイプラインMTBseqにより全ゲノム一塩置換多型（SNV）解析を実施した．【これまでの結果】　昨年度に実施した7群17株のデータも併せると、各群内のSNV数は0個が6群（2～9年）， 1個が7群（2～8年）， 2個が3群（3～6年）、3個が3群（6～9年）、4個が1群（3年）、5個が1群（6年）、6個が1群（10年）であった［（）内は患者発生間隔］。一年間に発生するSNV数は平均0.34個/genomeで海外での報告（結核菌の変異速度0.3-0.5個 /genome/year）と一致していた．海外の標準では疫学的関連のある結核菌株群内のSNV数は5以下とされているが、6個の変異が見られた群があった。この事例は初回発症から10年後に再発した同一患者由来事例で、VNTR型は同一で同一菌株と考えられた事例であった。同一感染源由来あるいは同一菌株でSNV数が5個を超える事例の発生頻度について次年度以降さらに調査する必要がある。