一歩踏み込んだSTR検査：近接するSNPとの同時検査法の開発

STR测试更进一步：开发相邻SNP同时测试方法

• 批准号: 21K10515
• 负责人: 大内 司
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K10515/
• 关键词: 個人識別; SNP-STR; Compound marker

本研究では超並列シーケンス（Massively Parallele Sequencing；MPS）法を用いた解析による日本人322名分の試料から得られたDNA多型情報に基づき、キャピラリー電気泳動（capillary Electrophoresis;CE）法を用いた一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism;SNP）とShort Tandem Repeat（STR）の同時解析法の構築を行っている。本来、STRの塩基長の情報しか扱うことができないCE法よりも塩基配列そのものを識別できるMPS法の方が識別力が高いため、MPS法を早急に実務導入すべきであるが、全国の法医学教室や捜査機関においてそれぞれMPS法を導入・運用するにはコスト的に問題がある。そこで、より現実的な手法として既に広く普及しているCE法を利用し、SNPとSTRを組み合わせた反応系を構築することで実務で扱われているSTR検査の識別力を向上させることを本研究の目的としている。標的領域は日本人試料でSNPの存在が判明している9座位（D13S317、D16S539、D1S1656、D2S441、D3S4529、D5S2800、D5S818、D7S820及びvWA）とし、SNPの野生型及び変異型をそれぞれ識別する蛍光標識プライマーを設計し、既知試料を用いてPCR増幅を行った後にCE法によりSNP並びにSTRが正確に型判定できるか確認を行っている。今年度までに9座位中4座位（D13S317、D1S1656、D5S818、vWA）で型判定が可能であることが確認された。一方で残る5座位では野生型または変異型を正確に検出することができなかったため、今後はプライマーを再設計し引き続き検討を行っていく。

This study で で hyperparallel シ ケ ケ ス (Massively Parallele Sequencing; The MPS) method を used the を た た to analyze 322 Japanese samples. Youdaoplaceholder3 ら obtained the られたDNA polymorphism information に basis づ た キャピラリ キャピラリ キャピラリ キャピラリ <s:1> and キャピラリ electrical capillary Electrophoresis. CE) method を construct を rows って る る る using the を た Single Nucleotide Polymorphism (SNP) とShort Tandem Repeat (STR) <s:1> simultaneous resolution method <e:1>. Originally, the STR の salt base long の intelligence し か Cha う こ と が で き な い CE method よ り も salt base with column そ の も の を recognition で き る MPS method の party が discrimination が high い た め, MPS を early urgent に be services import す べ き で あ る が, national の forensic science classroom や search check machine masato に お い て そ れ ぞ れ MPS method を import, use す る に は コ ス ト に Question がある. そ こ で, よ り now be な gimmick と し て both に hiroo く popularization し て い る CE method using を し, SNP と STR を group み close わ せ た anti 応 department を build す る こ と で be service で Cha わ れ て い る STR 検 check の discrimination を upward さ せ る こ と を の purpose this study と し て い る. Target field は Japanese sample で SNP の exist が.at し て い る 9 seats (D13S317, D16S539, D1S1656, D2S441, D3S4529, D5S2800, D5S818, D7S820 and び vWA) と し, SNP の wild type and び - alien を そ れ ぞ れ recognition す る 蛍 light Identify プ ラ イ マ ー を し design, both known with material を い raised line of を っ て PCR た に CE method after に よ り SNPS and び に STR が correct judgement で に き る か confirm line を っ て い る. This year, the で type determination of 4 out of the までに9 seats (D13S317, D1S1656, D5S818, vWA) が may である された とが confirm された. Party で residual る five seats で は wild-type ま た は - alien を right に 検 out す る こ と が で き な か っ た た め, future は プ ラ イ マ ー を redesign し lead き 続 き 検 line for を っ て い く.