miRNA発現パターンと病理所見に基づく機械学習による冠動脈硬化症のクラスター化

基于 miRNA 表达模式和病理结果的机器学习对冠状动脉粥样硬化进行聚类

• 批准号: 21K10533
• 负责人: 鉄 堅
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nihon University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K10533/
• 关键词: 血漿試料の収集; MicroRNAマーカー; TaqMan Assayの解析; CAD病理学的評価; 相関性の解析; SNP; 遺伝子; 動脈硬化; miRNA

アテローム性動脈硬化症はよく見られる血管疾患であり、冠動脈疾患(CAD)は心臓の血管の疾患です。動脈硬化性CADは年齢とともに増加する傾向があり、一般的で致命的な心血管疾患と考えられています。既知のmiRNAに関するCAD危険因子の中で、Has-miR-143及びHas-miR-146aについて数多く報告されました。最近、これらのmiRNAをコードする遺伝子rs41291957及びrs2910164のGenotypingの種類とCAD発病のリスクと関係することが明らかになりました。しかし、日本人集団に関する報告はほとんどないので、本研究は法医学解剖事例を試料として冠状動脈硬化の状況を観察したうえで血液を採取しmiRNAの発現量を測定するとともにその対応するSNP遺伝子のパターンも解析しました。血漿からRNAを精製し、逆転写によりcDNAを得られTaqMan assay法を用いmiRNAの発現量を測定しました。さらにmiR-143とmiR-146aについてそれぞれ関連する遺伝子rs41291957及びrs2910164をターゲットとしてTaqMan SNPアッセイを使用して2つのSNP遺伝子座のGenotypingを調べました。解剖所見と顕微鏡観察により151人の試料を解析しました。主冠動脈、前下行枝、回旋動脈、および右冠動脈の閉塞の程度を評価するためにImageJソフトウェアを使用して、アテローム硬化性閉鎖が10% 未満 (コントロール) および 10% を超える2つのグループに分かれて分析しました。その結果、後者はコントロールグループよりrs2910164 CC遺伝子型は多く確認されたことで研究集団におけるCADのリスクと関連していたことが示唆されました。ただし、Has-miR-143 rs41291957遺伝子型は、CADリスクとの明確な関連性を示しませんでした。

Coronary artery disease (CAD) is a disease of the blood vessels. Cardiovascular disease tends to increase in severity and is generally fatal. Several miRNA related CAD risk factors, Has-miR-143 and Has-miR-146a, have been reported. Recently, the miRNA genes rs41291957 and rs2910164 have been identified as the most important genes in the genetic typing of CAD. The present study examines the status of coronary artery sclerosis in forensic autopsy samples and determines the amount of miRNA detected in the samples. Plasma RNA purification, reverse transcription, cDNA generation, and miRNA detection using TaqMan assay For miRs-143 and miRs-146a, there is a link between the two SNP loci rs41291957 and rs2910164. Anatomical findings and microscopic observations of 151 samples were analyzed. The main coronary artery, anterior descending artery, circumflex artery, and right coronary artery were evaluated for their degree of redness. ImageJ software was not used, and hardened occlusion was 10% undetected. The results show that the latter is the case with the study group. Has-miR-143 rs41291957 is a genetic variant of the gene, and its association with CAD is clearly indicated.