权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

シングルセル解析による体節形成の多様性を統合する分子基盤の解明

通过单细胞分析阐明整合体节形成多样性的分子基础

基本信息

批准号：
20K06676
负责人：
小田康子
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Osaka Medical and Pharmaceutical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、オオヒメグモ胚を用いてシングルセルRNA-seq解析を行い、体節形成の基盤となる縞パターン形成時の遺伝子発現を単一細胞レベルで理解することを目指している。昨年度までに、遺伝子発現の情報が蓄積している胚盤期の胚を用いて単一細胞および単一核RNA-seqの実験法を確立し、これらの方法が中胚葉への分化過程にある一過的な細胞状態を検出できるほど高感度であることや、胚盤の前後軸に沿った極性を再構成できることを明らかにした。さらに、核を用いた解析は細胞を用いた解析よりも遺伝子発現の検出が高感度に行え、縞パターン形成時に現われる新たな細胞状態を捉えることが可能であることが分かった。今年度は、まず、これらの胚盤期での結果を論文として発表した。続いて、縞パターンが形成される胚帯期の胚を用いた実験を進めた。in situハイブリダイゼーションによる染色結果との比較のために単一細胞RNA-seqによる解析を行うことを考え、実験開始時に困難であった細胞の解離の条件を検討し、タンパク質分解酵素を使用する方法を確立した。しかし、細胞の回収効率などに問題があったため、胚帯期の胚の解析も単一核RNA-seqにより行うこととした。単一核RNA-seqのライブラリーを作製し、データの取得を行い、Seuratによる解析を行った。クラスタリングの結果、この発生段階でも三胚葉が検出でき、さらに中胚葉細胞の体の前後の違いが検出されたことが分かった。外胚葉細胞の集団には前後のパターンとともに、体節の縞パターンも再構築された。この再構築されたパターンの解析を進めている。

In this study, we used RNA-seq RNA-seq analysis to analyze the formation of somites and somites in embryonic embryos. When the base plate was formed, the remaining parts of the cell appeared, and the cells were understood. The accumulation of information about the appearance of the deceased child in the previous year and the use of the embryo in the blastoderm stage One-cell RNA-seq single-core RNA-seq method has been established, and the method has been established The differentiation process of the embryonic leaf and the state of the cells once it passes. The ことや, the anterior and posterior axis of the blastoderm and the ったpolar を are reconstructed into the できることを明らかにした.さらに、Nucleus を Use いた Analysis は Cell を Use いた Analysis よりも缝子発appear の検出がHigh sensitivity に行え、 When the 缟パターン is formed, the state of the new cell is revealed and the state of the cell is broken. This year's は, まず, これらのblastoderm stage での results をpaper として発 table した.続いて、缟パターンがformsされるEmbryo periodのEmbryoを用いた実験を入めた. in situ staining results and comparison of one-cell RNA-seq analysis The conditions for cell dissociation were difficult at the beginning, and the conditions for mass decomposition of enzymes were established using the method.しかし, cell recovery efficiency などに problem があったため, embryonic stage のembryo analysis も単一nuclear RNA-seq により行うこととした. Single-core RNA-seq production, acquisition and analysis of single-core RNA-seq. The result of クラスタリングの、この発生stage でも三Embryonic leaves が検出でき、さらにMesodermal cells' body's front and back のviolation いが検出されたことが分かった. The collection of ectodermal cells is the front and back of the body, and the body segments are restructured.このReconstructionされたパターンのanalyticsを入めている.