权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

シングルセル解析による体節形成の多様性を統合する分子基盤の解明

通过单细胞分析阐明整合体节形成多样性的分子基础

基本信息

批准号：
20K06676
负责人：
小田康子
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Osaka Medical and Pharmaceutical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、オオヒメグモ胚を用いてシングルセルRNA-seq解析を行い、体節形成の基盤となる縞パターン形成時の遺伝子発現を単一細胞レベルで理解することを目指している。昨年度までに、遺伝子発現の情報が蓄積している胚盤期の胚を用いて単一細胞および単一核RNA-seqの実験法を確立し、これらの方法が中胚葉への分化過程にある一過的な細胞状態を検出できるほど高感度であることや、胚盤の前後軸に沿った極性を再構成できることを明らかにした。さらに、核を用いた解析は細胞を用いた解析よりも遺伝子発現の検出が高感度に行え、縞パターン形成時に現われる新たな細胞状態を捉えることが可能であることが分かった。今年度は、まず、これらの胚盤期での結果を論文として発表した。続いて、縞パターンが形成される胚帯期の胚を用いた実験を進めた。in situハイブリダイゼーションによる染色結果との比較のために単一細胞RNA-seqによる解析を行うことを考え、実験開始時に困難であった細胞の解離の条件を検討し、タンパク質分解酵素を使用する方法を確立した。しかし、細胞の回収効率などに問題があったため、胚帯期の胚の解析も単一核RNA-seqにより行うこととした。単一核RNA-seqのライブラリーを作製し、データの取得を行い、Seuratによる解析を行った。クラスタリングの結果、この発生段階でも三胚葉が検出でき、さらに中胚葉細胞の体の前後の違いが検出されたことが分かった。外胚葉細胞の集団には前後のパターンとともに、体節の縞パターンも再構築された。この再構築されたパターンの解析を進めている。

The purpose of this study is to use the RNA-seq to analyze the formation and development of the system. In this study, the mother mother and the mother mother were used to analyze the data by using the computer RNA-seq. During the whole year of the year, it was found that the embryos in the early stage of the embryo were stored in the embryo stage. The embryo was established by the method of cell cycle and nuclear RNA-seq, and the differentiation process of the embryo was confirmed by the method of cell differentiation. The cells of the embryo were highly sensitive to the disease, and the pre-and post-embryos were re-established along the cell cycle. In this case, you can see that a high sensitivity line can be detected in a cell with a high sensitivity, and a new cell shape may be detected when a new cell is formed. The results of this year's first, second and third trimester of the year, and the results of this year's final report. The formation of the embryo in the stage of the embryo is in the form of the embryo. The results of in situ microarray staining were compared with those of single cell RNA-seq assay. At the beginning of the experiment, the conditions for isolation were determined, and the enzyme decomposition method was used to confirm the isolation conditions. The rate of cell return is different from that of the embryo. The analysis of the embryo at the embryo stage and the nuclear RNA-seq is used to solve the problem. In one core, RNA-seq, Seurat, and parse the row data. The results of the experiment, the results of the three embryos of the embryo, the body of the mesoderm, the body of the mesoderm and the body of the mesoderm. The ectoderm cells are divided into two groups: the first and the second, the second and the second. Please do not know how to analyze and analyze the situation.