パルマ藻を用いて解明するシリカの細胞壁の設計図

利用帕尔马藻揭示二氧化硅细胞壁的蓝图

• 批准号: 20K06725
• 负责人: 吉川 伸哉
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Fukui Prefectural University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06725/
• 关键词: 細胞壁; シリカ重合; バイオミネラリゼーション

パルマ藻 Triparma laevis f. longispina を用いてシリカ重合に関わることが予測される細胞壁に局在するタンパク質を同定するために、パルマ藻細胞からアセトン、SDS 処理により細胞壁画分を得た後に、フッ化水素でシリカを溶解し、細胞壁に含まれている有機成分を得た。有機成分は SDS-PAGE で分離し、主要なバンドをプロテアーゼ処理した後、液体クロマトグラフ質量分析（LC-MS/MS）に供した。LC-MS/MS で得られたペプチド配列とゲノム情報から細胞壁に含まれるタンパク質をコードすると予測される2つの遺伝子（TrLOg5840, g5853）を同定した。遺伝子がコードするタンパク質は、いずれも1次構造では既知のタンパク質との相同性は検出されなかったが、N末端にシグナル配列を持ちシリカ重合に関与するタンパク質の特徴であるpentalysine clusterを複数含んでいた。TrLOg5853 がコードするタンパク質に対するペプチド抗体（anti5853抗体）を作成し、ウエスタンブロッティングと間接蛍光法によりタンパク質の局在を解析した。ウエスタンブロッティングでは、パルマ藻細胞の全タンパク質を含む試料では、目的のタンパク質と思われる約35kDaバンドが確認されたが、細胞壁画分からフッ化水素で抽出されたタンパク質からはanti5853抗体のシグナルが得られなかった。一方、細胞壁画分に対する間接蛍光法では、細胞壁が標識された。加えて、細胞壁のフッ化水素不溶画分がanti5853抗体で標識された。これらの結果から、TrLOg5853 がフッ化水素難溶性の細胞壁構成タンパク質であることが示唆された。

Triarma laevis f. Longispina is used to predict the cell wall structure and the quality of the cell. SDS treatment is used to obtain the cell wall structure and the organic components of the cell wall structure. The organic components were separated by SDS-PAGE, the main components were processed, and the liquid components were analyzed by LC-MS/MS The LC-MS/MS has the same set of information as the cell wall, including the number of samples, and the number of samples (TrLOg5840, g5853). The first order of structure is the identity of the known species, and the second order of structure is the identity of the N-terminal species. TrLOg5853 is a new type of antibody (anti-5853 antibody). The cell wall of the cell wall was separated from the protein of the anti-anti-5853 antibody and the protein of the anti-anti-5853 antibody was extracted from the cell wall. The indirect illumination method for cell wall marking is described in detail below. Add anti-anti-5853 antibody to the cell wall. The results showed that TrLOg5853 was insoluble in water, and the cell wall was composed of two substances.

项目成果

The genome biology of parmales Bolidophyceae), a sister group of diatoms

硅藻的姐妹群 Parmales Bolidophyceae）的基因组生物学

• 发表时间: 2021
• 作者: Hiroki Ban;Shinya Sato;Shinya Yoshikawa;Kazumasa Yamada;Yoji Nakamura;Mutsuo Ichinomiya;Hisashi Endo;Romain Blanc Mathieu;Akira Kuwata;Hiroyuki Ogata
• 通讯作者: Hiroyuki Ogata

新規に分離されたパルマ藻Tetraparma属の分子系統解析

新分离帕尔马藻Tetraparma属的分子系统发育分析

• 发表时间: 2020
• 作者: 上野翔也;吉松友祈野;尼崎響子;馬場彩樺;大野瑠璃;前田瑞生;北沢千里;山中 明;新川裕大・山田和正・吉川伸哉・桑田晃・一宮睦雄・佐藤晋也
• 通讯作者: 新川裕大・山田和正・吉川伸哉・桑田晃・一宮睦雄・佐藤晋也

パルマ藻の細胞壁形成に関わるタンパク質の解析

参与帕尔马藻细胞壁形成的蛋白质分析

• 发表时间: 2023
• 作者: 尼崎響子;馬場彩樺;高橋洋平;北沢千里;山中 明;吉川伸哉 岩城沙弥子 根本理子
• 通讯作者: 吉川伸哉 岩城沙弥子 根本理子

シリカ被殻を持つ真核藻類 : パルマ藻・珪藻の比較ゲノム解析

具有二氧化硅外壳的真核藻类：帕尔马藻和硅藻的比较基因组分析

• 发表时间: 2021
• 作者: 伴 広輝;桑田 晃;中村 洋路;佐藤 晋也;吉川 伸哉;山田 和正;一宮 睦雄;緒方 博之
• 通讯作者: 緒方 博之