異数化が関与すると推定される“無性時代”酵母の多様性獲得の仕組みの解明

阐明酵母在“无性时期”获得多样性的机制，推测该时期涉及非整倍性

• 批准号: 20K06801
• 负责人: 高島 昌子
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06801/
• 关键词: Cutaneotrichosporon; C. cavernicola; Trichosporonales目; ハイブリッドゲノム; 酵母; 種内多様性; ドラフトゲノム; 酵母分類; 微生物多様性; ゲノム; 生活環; 種

ドラフトゲノム解析を行った担子菌酵母Cutaneotrichosporon cavernicola（Trichosporonales目、担子菌類ハラタケ亜門）と関連菌株のうち、ゲノムサイズが約20Mbの5株について解析を進めた。本種のタイプであるHIS19とこれとは少し異なることが推定されていたHIS471の2株については追加のゲノム解析を実施し、高品質なゲノムを得た。アセンブリの結果、ほぼ染色体完全長コンティグを得ることができ、また染色体数は7本と推定された。シンテニー解析により、HIS019、HIS002、HIS631、およびHIS641の4株は概ね同様の染色体構造を持っていると推定された。これに対しHIS471は、HIS019等と比較すると20か所以上の転座・逆位などの染色体構造変化が存在していた。一方で、これら5株の菌類簡易同定の指標であるバーコード配列（ITS領域）は一致していた。子嚢菌酵母ではSaccharomyces属の種間やCandida albicansとC. dubliniensisなど極めて近縁な種間では、シンテニーはよく保存されていると報告されている。本結果は、種の境界を推定する際に用いられるバーコード領域の類似度とゲノムシンテニーの関連についての新たな知見につながるものと考えられるため、ハイブリッドゲノム株との関係も含めて、さらに詳細に調べる予定である。本内容を、日本農芸化学会2023年度大会で報告した。また、当初予定していたセルアナライザーを用いた観察を実施できる体制を整えた。現在、解析に向け、培養条件や固定方法等の条件検討を行っている。

我们对基因组大小约为20 Mb的五个菌株进行了分析，在基本酵母菌甲状腺甲烷孢子菌海综合菌（Trichosporonales，basidiomycete subphylum）中，这些菌株已经过草稿基因组分析和相关菌株。对两种HIS471菌株进行了其他基因组分析，估计与该物种的HIS19类型略有不同，以获得高质量的基因组。由于组件的结果，我们获得了几乎全长的染色体重叠群，并且染色体的数量估计为7。同步分析预测，这四种菌株His019，His002，His631和His641通常具有相似的染色体结构。相比之下，与HIS019相比，HIS471具有20多个染色体结构变化，例如易位和反转。另一方面，条形码序列（其区域）是在这五种菌株中简单识别真菌的指标。据报道，在酵母菌酵母中，同步在葡萄糖属的物种中以及高度相关的物种（如白色念珠菌和杜布利梭菌）中得到了很好的保守。人们认为这一结果导致有关用于估计物种边界和基因组同义的条形码区域相似性之间关系的新发现，并将研究进一步的细节，包括与混合基因组菌株的关系。该内容在日本农业化学学会的2023会议上报道。此外，我们已经建立了一个适当的系统，使我们能够使用最初计划的细胞分析仪进行观察。当前，正在研究诸如培养条件和固定方法之类的条件进行分析。

项目成果

ゲノム情報に基づいた担子菌酵母Cutaneotrichosporon cavernicolaの種分化の解析

基于基因组信息的担子菌酵母 Cutaneotrichosporon Cavernicola 的物种形成分析

• 发表时间: 2023
• 作者: 小林裕樹;栢森綺音;青木敬太;志波優;藤田信之;杉田隆;田中尚人;高島昌子
• 通讯作者: 高島昌子

比較ゲノムによる Cutaneotrichosporon cavernicola の交配型遺伝子座の解析

使用比较基因组学分析海绵体皮肤毛孢菌交配型位点

• 发表时间: 2022
• 作者: 栢森綺音;青木敬太;志波優;藤田信之;杉田隆;高島昌子;田中尚人
• 通讯作者: 田中尚人