核内低分子RNA snRNAU2関連断片の機能解明と肺癌予後マーカーとしての評価

小核RNA snRNAU2相关片段的功能阐明和作为肺癌预后标志物的评估

• 批准号: 20K07791
• 负责人: 相磯 聡子
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Kyorin University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K07791/
• 关键词: miR-1246; RNU2-1; コピー数多型; バイオマーカー; 偽遺伝子; 肺腺癌; snRNA; qPCR; miRNA; microRNA; スプライソソーム

snRNA U2遺伝子（RNU2-1）のコピー数多型解析法の改良：当遺伝子のコピー数多型は数～数十以上と非常に幅があるため、リアルタイムPCR法による比較定量キットでは正確な結果を得ることは困難で、絶対定量を行う必要があった。令和3年度はこの条件設定を行い健常人検体のコピー数解析を行ったが、この方法は煩雑で、誤差が生じやすかった。そのため令和4年度はデジタルPCR法を用いる方向で改めて条件検討を行い、健常者DNAについてデータを得た。リアルタイムPCR法を用いた場合とほぼ同じ結果であったが、得られたデータの信頼性は高くデータ取得に要する時間は大幅に短縮することができた。肺癌患者検体の収集は本学医学部付属病院において行うことを計画していたが、バイオバンクより提供を受けるため新たに倫理審査申請を行った。snRNA断片の定量における交叉反応の可能性の解析：データベース情報によれば、miR-1246（snRNA U2断片）の塩基配列は少なくとも6種のsnRNA U2偽遺伝子に保存されている。本研究で注目しているpseudo U2断片（偽遺伝子RNU2-2Pに由来）の塩基配列については他には相同配列が見られないことが分かった。これは疾患マーカーとして有利な点である。miR-1246 isoformに関する解析：既存の肺癌患者血清を用いた解析により、肺腺癌患者の血中miR-1246レベルの上昇は、miRBase型ではなく5’末端が2塩基短いisoformの上昇によるものであることを明らかにし報告した（Aiso T & Ueda M. Mol Med Rep 27:12979, 2023）。この成果はmiR-1246の標的遺伝子を理解する上で重要な情報を与える。

The improvement of SNRNA U2 gene (RNU2 -1) polymorphism analysis method: when the number of SNRNA U2 gene polymorphism is more than tens, the amplitude is very high, and the quantitative analysis method is relatively accurate. The result is difficult, and the quantitative analysis is necessary. In the third year, the condition is set, and the error is generated. In addition, in the fourth year, the PCR method was used to change the direction of the test, and the DNA of the healthy person was used to obtain the test. The time required for the acquisition of the data is greatly shortened. A collection of lung cancer patients from affiliated hospitals is planned to be submitted for ethical review. Analysis of the possibility of cross-reaction between quantitative snRNA fragments: The sequence information of miR-1246 (snRNA U2 fragment) and its nucleotide alignment were analyzed. Six kinds of snRNA U2 pseudogenes were preserved. In this study, we focus on the base alignment of pseudo-U2 fragments (the origin of pseudo-RNU 2- 2P).これは疾患マーカーとして有利な点である。Analysis of miR-1246 isoform: Analysis of existing serum from lung cancer patients, increase of miR-1246 isoform in blood from lung adenocarcinoma patients, miRBase type, increase of miR-1246 isoform from 5 'end to 2' end (Aiso T & Ueda M. Mol Med Rep 27:12979, 2023）。The results of this study include important information about miR-1246 target genes.

项目成果

5' isomiR is the most abundant sequence of miR-1246, a candidate biomarker of lung cancer, in serum.

5 isomiR 是血清中 miR-1246（肺癌候选生物标志物）最丰富的序列。

• DOI: 10.3892/mmr.2023.12979
• 发表时间: 2023
• 期刊: Molecular Medicine Reports
• 影响因子: 3.4
• 作者: Aiso;T.;& Ueda;M.
• 通讯作者: M.

リアルタイムPCR法を用いた高コピー数多型の解析

使用实时 PCR 方法分析高拷贝数变异

• 发表时间: 2021
• 作者: 相磯聡子;上田真樹子
• 通讯作者: 上田真樹子