ゲノム・遺伝子変異プロファイル解析を用いた膵癌における新規治療戦略の構築

令和4年度は新型コロナ感染症による行動制限も緩和され、概ね順調に研究を進めることができたものの、緊急事態宣言による初年度の研究開始の遅れが大きく影響し、研究を終えることは困難であった。昨年度の研究過程により、生検検体からのDNA抽出は検体量が極めて少量であるため、ターゲットシークエンスに用いるだけの十分なDNA量を確保することが困難であることが判明した。術前治療前の患者から得られている試料は生検検体と血液のみであるため、血液を用いた解析（liquid biopsy）を優先的に行うことにし、術前治療施行前に採取された血液の血漿中cell-free DNA（cfDNA）の解析を行った。cfDNAの抽出には、NucleoSnap(R)-cfDNAを用いた。膵癌由来のDNA（circulating tumor DNA: ctDNA）の有無については、KRAS遺伝子の変異をベンチマークとし、droplet digital PCRを用いたスクリーニングを行い、ライブラリー調整したのち、ターゲットシークエンスを行った。28症例に対してctDNAの解析を行った結果、術前治療前にいずれかの変異を認めた症例は12例（43%）であり、TP53、KRAS、EGFRの順に多かった。このliquid biopsyのデータを元にtumor informed approachを行ったところ、変異を有した症例は15例（54%）であり、変異数はやはりTP53、KRAS、EGFRの順に多く認められた。次に、同一症例の術前治療後（術前）の血液検体の解析も行った。その結果、変異を認めた症例は7例（25%）のみであり、変異を認めたのはKRAS、TP53、SF3B1のみであった。一方、術前治療後の遺伝子変異解析（ターゲットシークエンス）は概ね順調に解析を進めており、早期再発症例（術後1年未満の再発）および長期生存症例（術後5年以上生存）の解析をそれぞれ10例ずつ追加した。現在、さらなる解析を進めている。

令和4年度は新型コロナ感染症による行動制限も緩和され、概ね順調に研究を進めることができたものの、緊急事態宣言による初年度の研究開始の遅れが大きく影響し、研究を終えることは困難であった。昨年度の研究過程により、生検検体からのDNA抽出は検体量が極めて少量であるため、ターゲットシークエンスに用いるだけの十分なDNA量を確保することが困難であることが判明した。術前治療前の患者から得られている試料は生検検体と血液のみであるため、血液を用いた解析（liquid biopsy）を優先的に行うことにし、術前治療施行前に採取された血液の血漿中cell-free DNA（cfDNA）の解析を行った。cfDNAの抽出には、NucleoSnap(R)-cfDNAを用いた。膵癌由来のDNA（circulating tumor DNA: ctDNA）の有無については、KRAS遺伝子の変異をベンチマークとし、droplet digital PCRを用いたスクリーニングを行い、ライブラリー調整したのち、ターゲットシークエンスを行った。28症例に対してctDNAの解析を行った結果、術前治療前にいずれかの変異を認めた症例は12例（43%）であり、TP53、KRAS、EGFRの順に多かった。このliquid biopsyのデータを元にtumor informed approachを行ったところ、変異を有した症例は15例（54%）であり、変異数はやはりTP53、KRAS、EGFRの順に多く認められた。次に、同一症例の術前治療後（術前）の血液検体の解析も行った。その結果、変異を認めた症例は7例（25%）のみであり、変異を認めたのはKRAS、TP53、SF3B1のみであった。一方、術前治療後の遺伝子変異解析（ターゲットシークエンス）は概ね順調に解析を進めており、早期再発症例（術後1年未満の再発）および長期生存症例（術後5年以上生存）の解析をそれぞれ10例ずつ追加した。現在、さらなる解析を進めている。