遺伝解析の統計的検出力を高めるための緑内障臨床情報クラスタリング手法の開発

开发青光眼临床信息聚类方法以提高遗传分析的统计能力

• 批准号: 20K09779
• 负责人: 森 和彦
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kyoto Prefectural University of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K09779/
• 关键词: 緑内障; 眼遺伝学; 視野進行; クラスター解析; 遺伝子

緑内障は慢性的に進行し失明に至る疾患であり、依然として本邦における中途失明原因の第1位を占めている。近年、ゲノムワイド関連解析により数多くの緑内障関連遺伝領域が報告されており、申請者らも正常眼圧緑内障の有意なバリアントを報告してきた。従来の報告はいずれも疾病発症に関する解析であり、重症化を含めた表現型の違いに対する遺伝的リスク要因を検討した報告は少ない。本研究では、機械学習により緑内障臨床情報を類型化するソフトウェアを開発、既知ゲノム情報とリンクさせたクラスター解析に加えて、PRS手法を取り入れた遺伝解析を行うことで、遺伝解析の統計的検出力を高め、広義原発開放隅角緑内障(POAG)発症ならびに重症化における遺伝的要因と環境的要因の関与を明らかにするとともに、汎用的な臨床情報のクラスター解析法の確立を目指している。これまでの研究において、POAGの進行リスク判定方法として3つの手法を検討した。すなわちハンフリー自動視野のGlaucoma Progression Analysis(GPA)による「進行の可能性」出力をイベントとする生存曲線解析、Aulhorn分類Greve変法のステージ進行をイベントとする解析、臨床的に必要と判断された緑内障手術施行時点をイベントとする解析である。これらの3手法の単独もしくは組合せにより、それぞれの手法別に進行群と非進行群に対し、複数のSNPを用いたPRS手法を応用したゲノム解析を行ない、これまで報告されたことのないいくつかの有意なSNPを得た。また並行してKyoto Glaucoma Registryとして維持管理している40万件を超える緑内障患者の臨床情報において、データ数の増加に伴う問題点が生じてきたためにバックボーンの見直しを行った。その過程で一部データの信頼性に疑義が生じたため、データの見直しに着手し、十分なクリーニングを行った。

Glaucoma は に of chronic し に blindness to る disorders で あ り, still と し て state に お け る midway blindness causes の accounted for 1 bit を め て い る. In recent years, ゲ ノ ム ワ イ ド masato even parsing に よ り more く の glaucoma masato even heritage が 伝 field report さ れ て お り, applicants ら も normal eye 圧 glaucoma の intentionally な バ リ ア ン ト を report し て き た. 従 report to の は い ず れ も 発 disorder disease に masato す る parsing で あ り, severe を containing め た phenotype の violations い に す seaborne る but 伝 リ ス ク by を beg し 検 た report less は な い. This study で は, mechanical learning に よ り glaucoma clinical intelligence を typed す る ソ フ ト ウ ェ ア を 発, both known ゲ ノ ム intelligence と リ ン ク さ せ た ク ラ ス タ ー parsing に plus え て, PRS を take り れ た heritage line analytical を 伝 う こ と で, but 伝 analytic の statistical 検 high output を め, hiroo righteousness 発 open Angle glaucoma (POAG) 発 disease な ら び に intensive turn に お け る but 伝 by と environment by の masato Ming ら を か に す る と と も に clinical information, universal な の ク ラ ス タ ー analytic method の establish を refers し て い る. Youdaoplaceholder6 れまで <s:1> study にお にお て て, POAG て to determine the リス and た methods と て て3 を検 and を検 techniques を検 to deal with た. Youdaoplaceholder0 フリ フリ すなわちハ automatic field of view <s:1> Glaucoma Progression Analysis (GPA) に よ る "の possibility" output を イ ベ ン ト と す る parsing, survival curve Aulhorn classification Greve variations method の ス テ ー ジ for を イ ベ ン ト と す る parsing, clinical に と necessary judgment さ れ た glaucoma operation point を イ ベ ン ト と す る parsing で あ る. こ れ ら の 3 gimmick の 単 alone も し く は combination せ に よ り, そ れ ぞ れ don't に の technique for group と than in group に し seaborne, plural の SNP を with い た PRS gimmick を 応 with し た ゲ ノ ム parsing line を な い, こ れ ま で report さ れ た こ と の な い い く つ か の intentionally な SNP を た. ま た parallel し て said 49-year-old kyoko Glaucoma Registry と し て maintain management し て い る 400000 を super え る の Glaucoma patients clinical intelligence に お い て, デ ー タ Numbers is の raised に with う problem some が raw じ て き た た め に バ ッ ク ボ ー ン の see straight し を line っ た. で そ の process a デ ー タ の letter 頼 sex に doubt が raw じ た た め, デ ー タ の see straight し に to し, very な ク リ ー ニ ン グ を line っ た.