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Traveler's acquisition and local spread of "worldwde lineage" drug-resistant bacteria elucidated by next-generation sequencer

下一代测序仪阐明了旅行者对“世界谱系”耐药细菌的获取和本地传播

基本信息

批准号：
20K10426
负责人：
嵯峨知生
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Akita University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

抗菌薬耐性菌の増加は今や深刻な国際的脅威と認識されている。耐性菌は、従来から考えられてきた患者体内での選択ではなく、すでに出来上がった耐性菌が地域を越えて分布する『世界流行系統』耐性菌が存在することが明らかにされつつある。しかし世界流行系統の伝播経路は未解明であった。また、渡航は耐性菌獲得リスクだが、市中の健常者の渡航が医療現場の耐性菌に及ぼす影響は未評価である。耐性菌の伝播実態の解明を通じて伝播遮断による根本的な耐性制御につなげることを狙っている。地方の医療現場にも『世界流行系統』耐性大腸菌ST131-fimH30が存在し、その性質は海外からの報告と共通していたというこれまでの研究成果に立脚し、渡航による耐性菌獲得および渡航者が地域の医療現場の耐性菌に及ぼす影響を直接評価することを目的として、次世代シーケンサを活用した渡航者獲得菌の全ゲノム解析での近縁性評価と耐性菌の系統組成の評価系の構築を行うための準備を進めてきた。今年度は、同時期に当院および世界各国で臨床分離された耐性大腸菌についてin silicoでの系統解析を実施した。NCBI assemblyから得た163,730配列の大腸菌ゲノムアセンブリのうち2017年に分離されたST131-fimH30は583配列見いだされた。これと当院で2017年に臨床分離されたST131-fimH30大腸菌14菌株の情報を、cgMLSTの系統樹を作成した。その結果、当院の14配列は、極めて近縁のペアが3組あったのみで、それ以外の菌株間の系統は互いに離れており、当院よりも海外分離株のほうが近縁である場合が多かった。複数の亜系統の耐性大腸菌の世界的伝播の一端が当院で観察された貴重な知見であると考えている。これに加えて、標準法に準拠した微量液体希釈法による薬剤感受性測定を実施し、耐性大腸菌の多剤耐性の保有の有無を検討した。

The increase in antimicrobial resistance has led to deep international awareness of the threat. The resistant bacteria are selected from the patient's body, and the resistant bacteria are distributed geographically. The resistant bacteria exist in the "world epidemic system." The world's popular system has yet to be solved. In addition, the resistant bacteria in the transit area have been identified and evaluated, and the resistant bacteria in the transit area have been identified and evaluated. The root cause of tolerance control is the understanding of the propagation state of tolerant bacteria. The existence and nature of resistant E. coli ST131-fimH30 in local medical field and overseas reports are common. The results of research on the acquisition and impact of resistant E. coli ST 131-fimH 30 in local medical field are directly evaluated. The next generation of bacteria is used to analyze the whole genome of the resistant bacteria and to prepare for the construction of the system. At the same time, clinical isolation of resistant Escherichia coli in various countries in the world has been carried out in this year. NCBI assembly has been identified as 163,730 collated E. coli strains isolated in 2017 as ST131-fimH30 collated E. coli strains. In 2017, the information of 14 strains of E. coli isolated from clinical isolates and cgMLST was compiled. The results showed that the 14 strains of the current hospital were closely related to each other, and the system of strains other than the current hospital was closely related to each other. The transmission of multiple resistant systems to E. coli in the world is at one end of the spectrum. The standard method is used to determine the susceptibility of Escherichia coli to antibiotics and to determine the presence or absence of multi-antibiotic resistance.