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2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査

2020年东京奥运会前后城市微生物组变化调查

基本信息

批准号：
20K10436
负责人：
鈴木治夫
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

微生物による感染症の増加要因には、薬剤耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の密集、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metadesign of Subways & Urban Biomes; metasub.org) では、標準化されたプロトコルを用いて、都市のマイクロバイオーム（微生物群集とその遺伝子の総体）の共通点と相違点を明らかにしてきた。しかし、人の国際的な移動イベント前後に都市マイクロバイオームの変動を調査した研究は前例がない。2020年は、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）パンデミックにより、国外からの来訪者が激減し、「緊急事態宣言」に伴い学校施設などが閉鎖された。そこで、本研究では、COVID-19パンデミック下において、国際イベント（オリンピック・パラリンピック）開催前後の都市マイクロバイオームの変動を明らかにすることを目的とする。2020年度から2021年度にかけて、国内各都市の人工環境（例えば、鉄道の駅など）表面から定期的にサンプルが採取された。この中には、2021年に開催された東京2020オリンピック（7月23日から8月8日）・パラリンピック（8月24日から9月5日）期間中に採取されたものも含まれている。サンプルは米国ニューヨーク市のWeill Cornell Medicine（Mason Lab）へドライアイスで輸送した。バッチ効果を最小限に抑えるために、サンプル処理（DNA抽出、ライブラリ調製、ショットガン・シークエンシング）は、MetaSUB国際コンソーシアムの共通施設で実施されている。

The main causes of the increase in microbial infections, drug resistance, pathogen factors, urbanization, population density, transportation, international mobility, and social factors are related. It is necessary to establish an international cooperation system for the regular monitoring of the status of infectious diseases before their emergence. MetaSUB (Metagenomics & Metadesign of Subways & Urban Biomes; metasub.org) is an international standard for standardization and application. A study of urban mobility before and after international migration has been conducted. In 2020, a new type of COVID-19 infection (COVID-19), a reduction in visitors from abroad, and a "declaration of emergency" accompanied by school facilities were closed. The purpose of this study is to investigate the changes in urban environment before and after the start of COVID-19. 2020 - 2021 Annual Report: The artificial environment of various cities in China (such as railway and railway stations) shall be adopted regularly. This year, 2021, Tokyo 2020, Japan (July 23-August 8), Japan (August 24-September 5), Japan (August 24-September 5), Japan (August 24-September 5). Weill Cornell Medicine (Mason Lab) The implementation of the MetaSub international solution is based on the following common facilities: DNA extraction, color modulation, and processing.