髄膜炎菌における新規分子疫学的解析法の開発

脑膜炎奈瑟菌分子流行病学分析新方法的建立

• 批准号: 20K10462
• 负责人: 陳内 理生
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kanagawa Prefectural Institute of Public Health
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K10462/
• 关键词: 髄膜炎菌; MLVA; 分子疫学的解析法; Neisseria menigitidis; VNTR; 分子疫学; 薬剤耐性

本研究の目的は小型次世代シークエンサーであるMinION (Oxford Nanopore社)を用いて、データ共有が容易で、従来使用されているMulti locus sequencing typing(MLST)法よりも分解能の高い新規分子疫学的解析法を開発することである。保有菌株のゲノム配列を決定し、 それらを元にMLVAの新規領域を選択する方法と、予備的な手法としてPCRによりMLVA領域を増幅したものについて、MniIONにより配列決定を行う方法の2つの方向で検討していた。予備的な方法としていたPCRの増幅産物からMLVA領域を決定することを先に試み、1年目は既報の髄膜炎菌のゲノム配列を用いて、既報の各variable numbers of tandem repeats(VNTR)領域を取り出し、そのリピー ト数を決定するシェルスクリプトを作成した。2年目にMLVA対象領域のPCR産物について、MinIONを用いてシークエンスを決定することを試みたが、MLVA対象領域は類似性が高く、正確なアセンブルが困難であった。3年目となる今年度に、アセンブル方法の再検討を実施したが正確なアセンブルを得ることができなかった。また、今年度はこれと並行して、髄膜炎菌株ライブラリにおけるコンプリートゲノム配列の取得を目標として、まずショートリード取得用のゲノム抽出法の検討を行った。市販キットとフェノール・クロロホルム・イソアミルアルコール（PCI）抽出法の比較を行い、市販キットでも一定の精製度を得ることができたが、よりPCI抽出法でより高い精製度のDNAを得ることができた。

The purpose of this study is to develop a new molecular epidemiology analysis method for high resolution energy using the Multi locus sequencing typing(MLST) method. The method of selecting the new MLVA domain for the selection of strains, the preparation method, the amplification method for MLVA domain, and the MniION method for the selection of strains are discussed. The method for preparing PCR amplification products from MLVA domain to MLVA domain was first tested and used to determine the distribution of reported inflammatory bacteria from MLVA domain to MLVA domain to MLVA domain. In the past two years, the PCR products of MLVA target areas have been tested and determined. The similarity between MLVA target areas is high and the correct detection is difficult. 3 years ago, we reviewed the method of collecting data and found that it was correct. This year, the study on the extraction method for the acquisition of the target and the target of the acquisition of the target and the target of the acquisition of the target are carried out. Comparison of PCI extraction methods in the market, PCI extraction methods in the market, and PCI extraction methods in the DNA of high-level sperm.