ゼニゴケゲノムDBの拡張開発と仮想化技術を応用した高可搬性ゲノムDBの開発

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本研究では、植物の発生進化生物学分野におけるモデル生物として広く研究されているゼニゴケの正確かつ充実したゲノムおよびその遺伝子アノテーション情報を研究コミュニティに提供するためのゲノムデータベースMarpolBase (https://marchantia.info) の開発を行っている。また、その主要機能の一部をベースとしコンテナ仮想化技術等を応用することで、コンピュータのプラットフォームや実行環境によらず汎用的なゲノムデータベースを簡便に構築できる「高可搬型ゲノムデータベース」の開発を行っている。令和4年度は、これまで京都大学と共同で開発を行なってきた発現量データベース MarpolBase Expression について Plant and Cell Physiology 誌において論文発表した (DOI: 10.1093/pcp/pcac129)。The Plant Cell 誌 (DOI: 10.1093/plcell/koac219) およびアグリバイオ誌 (2023年3月号) にそれぞれ掲載された総説の執筆に参画しゼニゴケゲノムに関わる最新の状況とデータベースの諸機能についての概説を行った。また、汎用的なゲノムデータベースの開発事例としていくつかのゲノムデータベースの構築を行なっている。令和４年度では散在していた5件のメダカゲノムの情報を統合したデータベース MedakaBaseを構築し公開を行った。同じくイエネコゲノムデータベースCats’ Iについては現在までにデータベースの開発は完了し、ゲノム解析を行った成果を査読付き論文誌へ投稿準備中となっている。