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ゼニゴケゲノムDBの拡張開発と仮想化技術を応用した高可搬性ゲノムDBの開発

利用虚拟化技术扩展地草基因组数据库并开发高度可移植的基因组数据库

基本信息

批准号：
20K15783
负责人：
谷澤靖洋
金额：
$ 2.75万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K15783/
关键词：
ゼニゴケゲノムデータベース

项目摘要

本研究では、植物の発生進化生物学分野におけるモデル生物として広く研究されているゼニゴケの正確かつ充実したゲノムおよびその遺伝子アノテーション情報を研究コミュニティに提供するためのゲノムデータベースMarpolBase (https://marchantia.info) の開発を行っている。また、その主要機能の一部をベースとしコンテナ仮想化技術等を応用することで、コンピュータのプラットフォームや実行環境によらず汎用的なゲノムデータベースを簡便に構築できる「高可搬型ゲノムデータベース」の開発を行っている。令和4年度は、これまで京都大学と共同で開発を行なってきた発現量データベース MarpolBase Expression について Plant and Cell Physiology 誌において論文発表した (DOI: 10.1093/pcp/pcac129)。The Plant Cell 誌 (DOI: 10.1093/plcell/koac219) およびアグリバイオ誌 (2023年3月号) にそれぞれ掲載された総説の執筆に参画しゼニゴケゲノムに関わる最新の状況とデータベースの諸機能についての概説を行った。また、汎用的なゲノムデータベースの開発事例としていくつかのゲノムデータベースの構築を行なっている。令和４年度では散在していた5件のメダカゲノムの情報を統合したデータベース MedakaBaseを構築し公開を行った。同じくイエネコゲノムデータベースCats’ Iについては現在までにデータベースの開発は完了し、ゲノム解析を行った成果を査読付き論文誌へ投稿準備中となっている。

The purpose of this study is to make sure that the results of this study are correct in the field of plant evolutionary biology. in this study, the field of plant evolutionary biology is divided into two parts: the field of biochemistry, the field of biological evolution, the field of biological evolution, the field of biochemistry, the department of biology, the The main machinery of the vehicle is capable of providing a vehicle for the use of equipment, equipment, and technology, such as the use of equipment, equipment and equipment. In 2004, Kyoto University and Beijing jointly launched a joint program for the development of financial information and financial information. This is a comprehensive review of the literature table (DOI: 10.1093/pcp/pcac129) on the basis of MarpolBase Expression information on Plant and Cell Physiology. The Plant Cell Log (DOI: 10.1093/plcell/koac219) Log Log (March 2023). You can use the latest situation when you participate in the drawing. The latest situation is that the computer is able to access the Internet. This is the first time that a case has been opened. This is not the case. There is a bad situation. Ling and 4 years ago, there were 5 pieces of information scattered around the world. They were in harmony with each other. They were in harmony with each other. They were in the MedakaBase market. In the same way, we need to know that we have finished the Cats' and analyzed the results of the bank. We are in the process of preparing contributions.