微量DNA捕捉ナノワイヤと迅速SNP検出装置を用いた脳腫瘍リキッドバイオプシー

使用捕获微量 DNA 的纳米线和快速 SNP 检测设备进行脑肿瘤液体活检

• 批准号: 20K17927
• 负责人: 栗本 路弘
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Aichi Children’s Health and Medical Center (2022)Nagoya University (2020-2021)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K17927/
• 关键词: 脳腫瘍; ゲノム解析; リキッドバイオプシー; IDH; TERT; SNP; IDH1

遺伝子異常に基づく神経膠腫の病型分類に必要な遺伝子変異を術中に極めて短い時間でまとめて診断する技術を継続開発した。既に IDH1 変異に対して技術を確立したが さらに TERT、EGFR、BRAF、PTCH1などのhot spot 変異をもつ遺伝子変異に対してもプローブ開発を行い、多数の原発性脳腫瘍に対応できる術中オールインワン診断システムを構築し臨床応用を開始した。これらの遺伝子変異の解析をすすめるため、利用可能な細胞株を検索し過剰発現細胞株を作成、強制発現プラスミドベクターを作成した。蛍光プローブであるQプローブを用いて、全自動 SNPs 解析装置 i-densyで解析した。上記解析の対象となった同一腫瘍組織の残検体を用いて、同定された異常があることをアンプリコンシークエンスにて変異を同定し比較対象とし、QIAamp DNAMini Kit (QIAGEN)を使用して腫瘍からDNAを採取、対象遺伝子および各染色体のhetero DNAに対して作成した Not Ⅰ配列付きプライマーを用いたPCRを行い対象領域のアンプリコンを作成、アンプリコンを Not Ⅰにてdigestion した後、T4 ligase にてligation を行うことにより長鎖 DNAを作成し、次世代シークエンサー用のアダプター配列をligationしHiseq 2500でシークエンスを行うことで、1%までの低アレル頻度の変異を高い正確性をもって判断することができた。染色体コピー数異常についてはさらに正確性を高めるため MLPA法を用いて再解析を行った。また髄芽腫および頭蓋内胚細胞腫瘍が疑われる患者に対し、上記で確立した技術を用いて摘出検体に対する遺伝子変異の術中迅速診断を試みた。

It is necessary to classify the abnormality of the patient's body and the disease type of the disease. It is necessary to diagnose the abnormality during the surgery and the short time and diagnosis technology. IDH1 IDH1 TECHNOLOGY ESTABLISHED TERT、EGFR、BRAF、PTCH1などのhot spot Most of the original idiopathic ulcers are caused by the disease. Intraoperative diagnosis and treatment of intraoperative diagnosis and treatment are performed and the clinical application is started. Analyze the difference between the original and the same, and use the possible cell lines. The cell lines are produced through the production of cell lines, and the cell lines are produced by the forced production of cell lines.荍光プローブであるQプローブを use いて, fully automatic SNPs analysis device i-densy analysis した. The above mentioned analysis means that the same tumor tissue is the same as the residual body, and the same tumor tissue is abnormal. QIAamp Not Ⅰ Arrangement of きプライマーを made with いたPCR を行い対向区のアンプリコンを, アンプリコンを Not Ⅰにてdigestion した后、T4 ligase にてligation を行うことにより长 lockDNAを成し、Next generation ligase ligation をligationしHiseq 2500 でシークエンスを行うことで、1% までのlow アレThe frequency of the difference is high and the accuracy is high. The judgment is based on the frequency. Chromosome number abnormality is high and the accuracy is high. The MLPA method is used to reanalyze the problem. The patient is suspected of endodermal cell tumor of the scalp, and the above description has not been established. The technique is to use the technique to remove the body of the 検毾 and to make a rapid diagnosis during the surgery.