神経線維腫症2型(NF2)における遺伝子診断法の確立

神経線維腫症2型(Neurofibromatosis type 2:NF2)はNF2 germline mutationにより脳腫瘍が多発し、根治治療法が無い遺伝性疾患である。実臨床ではNF2と臨床 診断されるが、NF2 germline mutationが検出されない患者が5割存在することが知られている。現在の診断基準は臨床診断であり、遺伝子診断は確立されていな い。本研究の目的はNF2患者におけるNF2遺伝子変異を正確に検出する方法を明らかにし、NF2の遺伝子診断法を確立することである。Discovery study: Intron variantの検出:施行期間: 2020年4月~2021月9月対象:これまでの解析でNF2と診断されるにも関わらずNF2 germline mutationが検出されず、かつ体細胞モザイクでもない患者の末梢血DNA計10検体を当初予定していた。しかし疾患責任遺伝子及びvariantだけでなく、修飾因子の存在も示唆される報告があったため、対象をNF2患者72例とした。 またシークエンスに関しては当初whole genome sequenceを行う予定であったが、intron variantやnon-coding lesionを対象としたsequenceが必要であること、また過去の報告ではNF2遺伝子及びschwannomatosisに関わるLZTR1, SMARCB1遺伝子以外に疾患発生に関わる遺伝子は発見されていないことから、この3遺伝子の全ゲノム領域に対するPac Bio sequel/sequel2を用いたlong read sequenceを行う方針となった。現在24検体分までのシークエンスが終了、残りの４８検体はprobe captureを行なっている段階である。

神経線維腫症2型(Neurofibromatosis type 2:NF2)はNF2 germline mutationにより脳腫瘍が多発し、根治治療法が無い遺伝性疾患である。実臨床ではNF2と臨床 診断されるが、NF2 germline mutationが検出されない患者が5割存在することが知られている。現在の診断基準は臨床診断であり、遺伝子診断は確立されていな い。本研究の目的はNF2患者におけるNF2遺伝子変異を正確に検出する方法を明らかにし、NF2の遺伝子診断法を確立することである。Discovery study: Intron variantの検出:施行期間: 2020年4月~2021月9月対象:これまでの解析でNF2と診断されるにも関わらずNF2 germline mutationが検出されず、かつ体細胞モザイクでもない患者の末梢血DNA計10検体を当初予定していた。しかし疾患責任遺伝子及びvariantだけでなく、修飾因子の存在も示唆される報告があったため、対象をNF2患者72例とした。 またシークエンスに関しては当初whole genome sequenceを行う予定であったが、intron variantやnon-coding lesionを対象としたsequenceが必要であること、また過去の報告ではNF2遺伝子及びschwannomatosisに関わるLZTR1, SMARCB1遺伝子以外に疾患発生に関わる遺伝子は発見されていないことから、この3遺伝子の全ゲノム領域に対するPac Bio sequel/sequel2を用いたlong read sequenceを行う方針となった。現在24検体分までのシークエンスが終了、残りの４８検体はprobe captureを行なっている段階である。