シングルセルゲノムデータに基づく未培養微生物の戦略的資源化プロセスの開発
基于单细胞基因组数据的未培养微生物战略资源利用流程的开发
基本信息
- 批准号:21H01733
- 负责人:
- 金额:$ 10.98万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では、1細胞ゲノミクスとマイクロ流体技術を活用して、環境試料に存在する微生物の素性を明らかにし、最適な培養法を設計する「ゲノムデータに基づく戦略的微生物培養プロセス」を開発する。「単離培養を繰り返し、新規・有用微生物のヒットを期待する」という古典的・労働集約的な方法に対して、我々が提唱する新法では、「新規・有用種の存在・特性を事前に検知し、培養条件を事前に最適化して対象物を釣り上げる」という合理的なアプローチを微生物培養に採用することを目的としている。対象試料中の微生物種の推定と培養法の最適化には、未培養微生物の全ゲノム情報の網羅的取得が求められる。そこで、代表者が開発した網羅的なシングルセルゲノム解析技術(SAG-gel)を基盤技術として用いる(Chijiiwa et al. Microbiome 2020)。第2年度は、シングルセルゲノム解析技術で得られた未培養細菌ゲノムデータからファージ由来遺伝子を探索し、ファージが細菌を特異的に認識する分子を細胞標識や分離に活用する技術開発を進め、査読付き論文が受理された。実際に、本手法で口腔内細菌から連鎖球菌を単離し、培養できることを確認した。この方法は、従来濃縮や単離が難しかった微生物を対象とした分離・培養の実行が期待できる。また、細菌に対応したシングルセルトランスクリプトーム解析技術も予定通りに開発を進め論文を投稿した。最終年度は、これまで開発してきた技術を活用し、様々な微生物の特異的分離や多様な細菌集団中の遺伝子発現解析などを進める。
In this study, we developed a method for the identification and optimization of microbial properties in the presence of environmental samples and the design of an optimal culture method for microbial culture based on cell culture and fluid technology. "Simple culture, new regulations, expectations of useful microorganisms","classical, intensive methods, new regulations, knowledge of the existence of useful species, characteristics, culture conditions, optimization of target microorganisms","reasonable, accurate, and adoption of microbial culture","purpose". Optimization of the estimation and culture methods for microbial species in sample samples and acquisition of complete information on uncultured microorganisms A representative of the development of a wide range of analytical techniques (SAG-gel) and substrate techniques (Chijiiwa et al. Microbiome 2020). In the second year, the development of molecular identification, isolation and utilization of uncultured bacteria was carried out, and papers were accepted. At present, this method is used to isolate and culture bacteria in the oral cavity. This method is to concentrate, isolate, and culture microorganisms. The paper was submitted to the Ministry of Science and Technology for the analysis of bacteria and bacteria. The final year will be devoted to the development of technologies for the isolation and identification of specific microorganisms and for the analysis of gene expression in diverse bacterial populations.
项目成果
期刊论文数量(37)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Microfluidic droplet-based single-cell genome sequencing reveals biological diversities of environmental microbiome in the surrounding area of the Red Sea
基于微流控液滴的单细胞基因组测序揭示了红海周边地区环境微生物组的生物多样性
- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Yohei Nishikawa;Masato Kogawa;Masahito Hosokawa;Kai Takahashi;Keigo Ide;Kei Yura;Hayedeh Behzad;Takashi Gojobori; Haruko Takeyama
- 通讯作者:Haruko Takeyama
Single-cell Genomics of River Water Microbiomes for Revealing the Distribution of Mobile Genetic Elements
河水微生物组的单细胞基因组学揭示移动遗传元件的分布
- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Yohei Nishikawa;Yuko Tsukada;Ryota Wagatsuma;Keigo Ide;Masato Kogawa;Masahito Hosokawa;Haruko Takeyama
- 通讯作者:Haruko Takeyama
Single-cell genomics for uncultured animal gut microbes
未培养动物肠道微生物的单细胞基因组学
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Takashima Yusuke;Komoto Yuki;Ohshiro Takahito;Nakatani Kazuhiko;Taniguchi Masateru;細川 正人
- 通讯作者:細川 正人
1細胞ゲノム情報から設計する細菌種特異的標識ツールの開発
开发根据单细胞基因组信息设计的细菌物种特异性标记工具
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:岩井 直哉;竹山 春子;細川 正人
- 通讯作者:細川 正人
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
細川 正人其他文献
ブラックチタニアを用いた光触媒的な水素生成反応
利用黑色二氧化钛的光催化制氢反应
- DOI:
- 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
細川 正人;犬塚寛人,影島洋介,錦織広昌 - 通讯作者:
犬塚寛人,影島洋介,錦織広昌
シングルセルゲノミクスによる新しい微生物機能探索アプローチ
利用单细胞基因组学探索微生物功能的新方法
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
細川 正人;西川 洋平;小川 雅人;千々岩 樹佳;井手 圭吾;有川 浩司;竹山 春子;細川正人;細川正人;Masahito Hosokawa;Masahito Hosokawa;Masahito Hosokawa;Masahito Hosokawa;細川正人 - 通讯作者:
細川正人
月刊バイオインダストリー 2017年6月号: 微生物のシングルセルゲノム解析に向けた技術基盤
生物工业月刊2017年6月号:微生物单细胞基因组分析技术平台
- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
細川 正人;丸山 徹;西川 洋平;竹山 春子 - 通讯作者:
竹山 春子
微小液滴を用いた1細胞単位での遺伝子変異解析法の開発
开发使用微滴分析单细胞基因突变的方法
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
高橋 海;細川 正人;西川 洋平;小川 雅人;竹山 春子 - 通讯作者:
竹山 春子
微小液滴を用いた単一細胞からの超並列ゲノム解析技術の開発
使用微滴开发单细胞大规模并行基因组分析技术
- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
西川 洋平;細川 正人;小川 雅人;竹山 春子 - 通讯作者:
竹山 春子
細川 正人的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('細川 正人', 18)}}的其他基金
1細胞解像度で紐解く不均質な細菌群集からの亜集団発生
在单细胞分辨率下从异质细菌群落中开发亚群
- 批准号:
23K17852 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
セルクロマトグラフィーによる循環腫瘍細胞の量的・質的評価法の開発
利用细胞色谱法开发循环肿瘤细胞的定量和定性评价方法
- 批准号:
11J11150 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
多孔質担体集積基板を利用した単一細胞の網羅的な遺伝子発現解析法の開発
利用多孔载体集成基质开发单细胞综合基因表达分析方法
- 批准号:
09J08042 - 财政年份:2009
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
相似海外基金
側壁駆動によるマイクロ流体デバイス流体制御システムの統合
微流控装置流体控制系统与侧壁驱动的集成
- 批准号:
23K21860 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
マイクロ流体デバイスを応用した新規非侵襲的着床前診断法の構築
利用微流控装置构建新型非侵入性植入前诊断方法
- 批准号:
24K12602 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
マイクロ流体デバイスを用いた記憶維持の分子メカニズムの再構成
利用微流控装置重建记忆维持的分子机制
- 批准号:
23K14289 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
マイクロ流体デバイスを用いた敗血症性DICの病態解明
使用微流体装置阐明脓毒症 DIC 的病理学
- 批准号:
23K15635 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
血液試験用マイクロ流体デバイス素材を指向した血液適合性プラスチック材料の開発
开发用于血液检测的微流体装置材料的血液相容性塑料材料
- 批准号:
23K13562 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
マイクロ流体デバイスによる高速EV計測・解析技術の開発
使用微流体装置开发高速EV测量和分析技术
- 批准号:
22KJ2781 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
マイクロ流体デバイス内でのシナプス記憶の再構成
微流体装置内突触记忆的重建
- 批准号:
22K19361 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
側壁駆動によるマイクロ流体デバイス流体制御システムの統合
微流控装置流体控制系统与侧壁驱动的集成
- 批准号:
21H03837 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
マイクロ流体デバイスを用いた腸肝循環を再現可能なin vitro毒性試験法の開発
开发可使用微流体装置再现肠肝循环的体外毒性测试方法
- 批准号:
20J14354 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
ヒトiPS細胞とマイクロ流体デバイスを用いた小腸成熟化機構の解明
使用人类 iPS 细胞和微流体装置阐明小肠成熟机制
- 批准号:
19J40262 - 财政年份:2019
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows