Molecular Dynamics of Intracellular Transport of Lipid Nanoparticles: Molecular mechanism of endosomal escape of nucleic acids
Molecular Dynamics of Intracellular Transport of Lipid Nanoparticles: Molecular mechanism of endosomal escape of nucleic acids
批准号:
21H01880
负责人:
篠田 渉
金额:
$11.15万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2021-04-01 至 2025-03-31
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英文摘要
脂質ナノ粒子(LNP)はカチオン性脂質を含む複数の脂質分子とコレステロールが核酸分子と作るコンプレックス構造を持つナノ粒子であり、核酸デリバリーのキャリアとして使用されている。カチオン性脂質はpKa~6.4程度に設計され、LNPがエンドサイトーシスによって取り込まれた後、エンドソーム内のpH低下に伴いそのイオン化状態を変える。これによりエンドソーム膜とLNPの相互作用が変化して、核酸分子をエンドソーム外、すなわち細胞質に放出する過程をエンドソーム脱出とよび、この分子機構を分子シミュレーションによって調べる。これまでに1,2-dilinoleyloxy-3-dimethylaminopropane (MC3)をpH応答性脂質として採用したLNPを構築し分子動力学(MD)計算を行い、その基本構造を解析した。LNPの最外膜は二重層膜構造を持つが完全に閉じた膜ではなく、LNPは球対称構造を持たず異方性を示した。エンドソーム膜をモデリングし、LNPとエンドソーム膜の間の膜融合過程を調べた。pH~5の条件でカチオン性脂質とエンドソーム内のアニオン性脂質が相互作用し、LNPとエンドソーム膜に引力が働くことを確認した。融合中間体であるストーク構造の自発形成には長時間が必要なため、接触面の脱水和を人工的に誘起させてストーク構造を生成し、その後の構造緩和を観測した。12マイクロ秒経過後、融合ポア形成が起こり、LNP内部と細胞質側の水溶液部分がつながった。これによりLNP内部のpHが細胞質と同じ中性となり、pH応答性脂質のイオン化状態を考慮すると、融合プロセスが大きく加速され一気に内包の核酸が細胞質側に放出されることがわかった。一方、このプロセスで細胞質側に放出されない核酸も存在し、また、LNPの最初のエンドソーム膜との接触面に依存して融合ポア生成が起こるレートが大きく異なることも分かってきた。
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環境依存の構造変化を取り入れた粗視化タンパク質モデルの開発
开发结合环境依赖性结构变化的粗粒蛋白质模型
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[山田 哲平, 篠田 渉]
通讯作者:
篠田 渉
環境依存の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデルの開発と脂質膜吸着現象への応用
开发包含环境依赖性结构变化的粗粒蛋白质模型及其在脂质膜吸附现象中的应用
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[山田 哲平, 篠田 渉]
通讯作者:
篠田 渉
エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構
乙醇混合引起的囊泡结构转变:多层形成机制
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[柴田果奈, 真栄城正寿, 渡慶次学, 篠田渉]
通讯作者:
篠田渉
Exploring the Mechanism of Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles: A Coarse-Grained Molecular Dynamics Study
探索脂质纳米粒子的内体逃逸机制:粗粒度分子动力学研究
DOI:
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发表时间:
2023
期刊:
影响因子:
--
作者:
[大竹秀明,大関崇, Wataru Shinoda]
通讯作者:
Wataru Shinoda
分子動力学法を用いた脂質ナノ粒子のエンドソーム脱出機構の解明
利用分子动力学方法阐明脂质纳米粒的内体逃逸机制
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[柴田 果奈, Pratap Singh Akhil, 宮崎 裕介, 篠田 渉]
通讯作者:
篠田 渉
共 19 条
脂質ナノ粒子の細胞内輸送の分子動力学:核酸エンドソーム脱出の分子機構
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批准号:23K21096
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$1.41万
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财政年份:2024
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负责人:篠田 渉
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依托单位:
海外基金