Genetic analysis of species-specific haplotype diversification causing rice reproductive isolation.

(研究3) O. meridionalis/ O. nivara交雑後代において、S21ヘテロ接合体でも遺伝性の稔性復帰個体が観察されるため、相互作用遺伝子座S21-interacting gene (SIG)を想定し、後代検定等を進めたが同定には至らなかった。遺伝様式を検討した結果、キメリックにエピジェネティックな表現型復帰(エピ表現型復帰)が起き、その変化は後代に継承される、と推察した。このエピジェネティック制御の仮説を新たに提案し、以後の研究を展開した。(研究1-2) RNA-seq：S21-mer, S21-nivに注力して実験を行った。計画通り遺伝子型に基づき、RNA-seq用の試料は採取した。しかしながら前述のとおりエピジェネティックな表現型復帰がキメリックに起こるため、分げつ/穎花ごとの表現型の運命は花粉発育期では観察者に対して未確定であるため、RNA-seq用に採取した葯の表現型が必ずしも想定したものではない可能性が考えられた。そのため、解読は一時的に見合わせている。分げつごとに花粉稔性と原因遺伝子座周辺のDNAメチル化領域を同定したのち、DNAメチル化程度に基づいてRNA-seqを行う計画とした。そのため、分げつごとにバイサルファイトシーケンスのライブラリー作成を行い、解読に着手した。 (2-2)ORF2のRIP活性の変異: キラー型のO. sativaアレルと、非キラー型のO. merdionalis、O. nivaraアレル由来コンストラクトに関して、大腸菌発現コンストラクトを作成した。リボソーム不活性化活性を有するOsRIP1のHisタグ精製タンパク質を得た。麦芽由来の無細胞翻訳系を用いてOsRIP1を用いたリボソーム不活性化の検出系の実験条件の検討を行っている。遺伝子発現については研究１，タンパク質の活性については研究2にて検討を引き続き行う。

(研究3) O. meridionalis/ O. nivara交雑後代において、S21ヘテロ接合体でも遺伝性の稔性復帰個体が観察されるため、相互作用遺伝子座S21-interacting gene (SIG)を想定し、後代検定等を進めたが同定には至らなかった。遺伝様式を検討した結果、キメリックにエピジェネティックな表現型復帰(エピ表現型復帰)が起き、その変化は後代に継承される、と推察した。このエピジェネティック制御の仮説を新たに提案し、以後の研究を展開した。(研究1-2) RNA-seq：S21-mer, S21-nivに注力して実験を行った。計画通り遺伝子型に基づき、RNA-seq用の試料は採取した。しかしながら前述のとおりエピジェネティックな表現型復帰がキメリックに起こるため、分げつ/穎花ごとの表現型の運命は花粉発育期では観察者に対して未確定であるため、RNA-seq用に採取した葯の表現型が必ずしも想定したものではない可能性が考えられた。そのため、解読は一時的に見合わせている。分げつごとに花粉稔性と原因遺伝子座周辺のDNAメチル化領域を同定したのち、DNAメチル化程度に基づいてRNA-seqを行う計画とした。そのため、分げつごとにバイサルファイトシーケンスのライブラリー作成を行い、解読に着手した。 (2-2)ORF2のRIP活性の変異: キラー型のO. sativaアレルと、非キラー型のO. merdionalis、O. nivaraアレル由来コンストラクトに関して、大腸菌発現コンストラクトを作成した。リボソーム不活性化活性を有するOsRIP1のHisタグ精製タンパク質を得た。麦芽由来の無細胞翻訳系を用いてOsRIP1を用いたリボソーム不活性化の検出系の実験条件の検討を行っている。遺伝子発現については研究１，タンパク質の活性については研究2にて検討を引き続き行う。