キクをモデルとした転写制御情報に基づく高次倍数体の高精度遺伝解析手法の開発

以菊花为模型的基于转录控制信息的高阶多倍体高精度遗传分析方法开发

• 批准号: 21H02189
• 负责人: 白澤 健太
• 金额: $ 9.98万
• 依托单位: Kazusa DNA Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02189/
• 关键词: キク; 高次倍数体; 遺伝解析; ゲノム; トランスクリプトーム

重要花き「キク」は、日本の切り花生産量の4割以上を占める重要な花き園芸作物の一つであるにも関わらず、科学的な知見に基づく効率的な品種の開発が遅れている。同質六倍体というゲノムの複雑さがキクの効率的な育種技術の開発を阻んでいる最大の理由である。高次倍数体のゲノムにおけるアレル特異的な転写を引き起こす機構を明らかにし、表現型値を予測できる遺伝モデルの構築を目指すことを目的として本研究を実施した。昨年度に引き続きキクの連鎖解析集団を栽培し、花や茎などの形質の表現型の年次反復データを取得した。同時に、各個体の花や茎などからRNAを抽出し、その配列分析からトランスクリプトームデータを取得した。リードを、キクの二倍体近縁野生種であるキクタニギクのゲノム配列を参照配列としてマッピングし、遺伝子の転写発現量を定量するとともに相同遺伝子のアレル間の配列変異を明らかにした。さらに発現遺伝子のアレル頻度の歪みの原因を明らかにするために、花や茎などのゲノム修飾の状態を調査するエピゲノム解析のための試料を取得した。同質六倍体であることから遺伝解析が困難であったキクの、品種改良を目指した育種研究や遺伝子の効率的な同定などの遺伝解析の高精度化を図るために、キクのゲノム基盤の整備に着手した。先進ゲノム支援の援助を受けて取得したゲノム配列データに加えて、高精度なロングリード配列データを取得し、同質六倍体であるキクの参照ゲノム配列の構築を行っている。

Important flowers, cut peanuts in Japan, cut peanuts account for more than 4 of the most important crops in the world, and scientific information is available on the basis of scientific knowledge. The breeding technology with the same hexaploid gene replication rate as the largest reason for the failure rate. The writing of high-order multiplicative systems has led to the introduction of the information system of the financial institution, and the table system has been used to indicate that the purpose of this study is to carry out the research. Last year, there was a link analysis set about cultivation, flower and stem, and the shape of the table. At the same time, each individual flower stem does not need to be extracted from the RNA, and the configuration analysis does not make any effort to obtain information. In the wild, the diploid population was close to the wild, and the diploid was close to the wild. The diploid was divided into two groups. The reason for the error is that there is a clear indication that the situation is not correct, and that the stem and stem of the flower are not correct. In the same way as the hexaploid, the same as that of the hexaploid, the same as that of the hexaploid breeders in the study of breedings. in the same way, the rate of breeding was analyzed in the same way as that of the hexaploid and improved breedings. the precision of the equipment was analyzed. Advance, support, assistance, access, high-precision, high-precision.