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制御領域の変異同定と非コードRNA転写・スーパーエンハンサー活性化機構の解明

鉴定调控区突变并阐明非编码 RNA 转录和超级增强子激活机制

基本信息

批准号：
21H02878
负责人：
磯田健志
金额：
$ 11.23万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

【ThymoD転写とゲノムの３次元構造の検討】B細胞系及びＴ細胞系白血病細胞株を用いてThymoD-BCL11B領域のクロマチンの状態をATAC-seq、転写産物をRNA-seq、ChIPseqによるRNAポリメラーゼIIの結合状態及びヒストン修飾、3次元構造を捉えるHi-C法を実施し、正常Ｔ細胞及びすべての白血病細胞株において、ThymoD-BCL11B領域のドメイン構造の構成が異なることを確認した。さらにアクチノマイシンD、BRD4阻害剤、CDK7阻害剤を添加しゲノムの3次元構造に変動を認めるか、時間軸での解析を実施した。【ThymoD転写とメチル化制御機構の解明】スーパーエンハンサー上で生じる非コードRNA ThymoD転写がDNAメチル化に影響するか検討を行った。前述の阻害剤をそれぞれを添加し、ChIP-seqによる時間軸でTET2の結合状態、ヒストン修飾、Hi-C法、ゲノムのメチル化状態についてtarget capture法を用いて実施した。シークエンス結果を得たのちに変動を確認する予定である。【ThymoD転写領域にリクルートされる候補分子の同定】白血病細胞株にdCas9-APEX2システムを用いた標的ゲノム周辺の蛋白質修飾法を用いたプロテオミクス解析の準備を行った。一部の細胞株にdCas9-APEX2の導入に成功し、標的領域に対するsgRNA発現プラスミドのスクリーニングを実施している。【ThymoD転写産物の同定】B細胞系、Ｔ細胞系白血病細胞株、正常T細胞、患者T細胞性白血病細胞を用いたThymoD転写産物の同定も試みている。ロングリードシークエンサーによるIso-seqを完了し、対象コントロールのタンパク質をコードする遺伝子の転写産物と比較し、ThymoDのアイソフォームに違いがあることを確認できている。

[ThymoD] B cell line and T cell line leukemic cell line were used in the field of ThymoD-BCL11B. The cell lines of B cell line and T cell line were analyzed by ATAC-seq, RNA-seq, ChIPseq, RNA-seq, ChIPseq, II, Hi-C, normal T cells, normal T cells and leukemic cells. In the field of ThymoD-BCL11B, it is necessary to make sure that the information is confirmed. In this case, we need to improve the performance of BRD4, CDK7 and CDK7. The three-dimensional model is used to analyze the performance of the system. [ThymoD] the information system of the Imperial Authority] the production of the information system is required. The RNA ThymoD is used to read the DNA information system. The aforementioned method is used to prevent the addition of TET2, the combination of TET2, the modification of TET2, the Hi-C method, and the target capture method. The results show that the monitoring activity confirms that the predetermined information is not available. [ThymoD] Leukemia cell line dCas9-APEX2 cell line, dCas9-APEX2 cell line, leukemic cell line, leukemic cell line, leukem A cell strain dCas9-APEX2 has entered into the field of success and sgRNA. It shows that there is no need to pay attention. B cell line, T cell line leukemia cell line, normal T cell line and patient T cell leukemia cell line were written with ThymoD ThymoD. Please tell me that the Iso-seq is finished, so that you can make sure that you have finished writing something, and that you have to make sure that you have finished writing something. This is not true.

项目成果

期刊论文数量（12）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

非コードRNA転写とスーパーエンハンサー活性化によるゲノムの3次元構造維持機構

通过非编码RNA转录和超级增强子激活维持基因组三维结构的机制

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
4.西村聡;佐々木麻起子;高木正稔;磯田健志
通讯作者：
磯田健志

ロングリードシークエンサーを用いた先天性免疫不全症・白血病発症機構の解明

使用长读长测序仪阐明先天性免疫缺陷和白血病发展的机制

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nozomi Ishihara;Rie Tanaka;William Paul Segars;Ehsan Abadi;Ehsan Samei;荒井秀典;磯田健志
通讯作者：
磯田健志

Identification of Germline Non-coding Deletions in XIAP Gene Causing XIAP Deficiency Reveals a Key Promoter Sequence

鉴定 XIAP 基因中导致 XIAP 缺陷的种系非编码缺失，揭示关键启动子序列

DOI：
10.1007/s10875-021-01188-z
发表时间：
2022
期刊：
Journal of Clinical Immunology
影响因子：
9.1
作者：
Sbihi Zineb;Tanita Kay;Bachelet Camille;Bole Christine;Jabot-Hanin Fabienne;…Isoda Takeshi（24人中20番目）;…;Kanegane Hirokazu;Latour Sylvain
通讯作者：
Latour Sylvain

Novel variants for Glanzmann thrombasthenia manifesting with purpura at birth

出生时表现为紫癜的格兰兹曼血小板无力症的新变异