NanoHPLC-gekoppeltes hochsensitives qToF-Massenspektrometer

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Am Lehrstuhl Bioprozesstechnik wurden gemeinsam mit dem Max-Planck-Institut für Dynamik komplexer technischer Systeme Methoden zur Metaproteomanalyse von Biogasanlagen etabliert. Laufende und geplante Forschungsprojekte fokussieren sich die zunehmend in Richtung Hochdurchsatzanalyse, um mikrobielle Gemeinschaften in biotechnologische Prozessen oder das humane Mikrobiom zu analysieren. Die dafür notwendige Messzeit kann seitens des MPI bei weitem nicht im vollen Umfang bereitgestellt werden. Die höhere Massengenauigkeit der Fragmentspektren des beantragten Systems verbessert die Proteinidentifizierung basierend auf Suchen gegen Sequenzdatenbanken oder durch de-novo Sequenzierung von Peptiden. In Kombination mit einer hochauflösenden HPLC kann auch eine datenunabhängige Fragmentierung aller Precursorionen zur labelfreien Quantifizierung eingesetzt werden. Bei den Forschungsarbeiten der Lehrstühlen Regulationsbiologie und Systembiologie sind die Zielmoleküle häufig schon bekannt und das Gerät kann dann zur gezielten Quantifizierung von Peptiden mittels SRM bzw. MRM sowie zur detaillierten Charakterisierung posttranslationaler Modifikationen eingesetzt werden.