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STR型検査におけるPCR副産物の発生量予測モデルの開発

开发模型来预测 STR 类型测试中产生的 PCR 副产物的量

基本信息

批准号：
19K19492
负责人：
深川貴志
金额：
$ 1.66万
依托单位：
National Research Institute of Police Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K19492/
关键词：
スタターフラグメント解析 DNA型鑑定 STR型検査 STR DNA多型マイクロサテライト

项目摘要

STR型検査では、PCRによりSTR領域(アレル)を増幅して型判定解析を行うが、その際、スタターと呼ばれる本来のアレルより1回繰返し回数が少ない副産物が生じる。スタターはPCRにおいてSlippageで生じるとされている。PCRでSlippageが発生する確率、つまりスタター発生率を測定し、スタター比率の予測を試みることが、本研究の目的である。スタターは繰返し回数・繰返し配列の種類・STR領域ではない部分の寄与等のDNA配列の様々な要素及び温度等のPCR条件の要素が複合的に作用していると考えられる。いきなりこれらの複合的な要素を扱うことは非常に難しいので、本研究では、スタター発生に関する要素が最も少ない単純なSTR領域である1種類の繰返し配列からなる人工合成DNAを用いて実験を行った。2019年度にスタター発生率の測定手法の確立したものの、2020年度は新型コロナウイルス感染症対策のため実験が思うように進まず、特にスタター発生率の測定はあまり進まなかった。2021年度も感染症対策の影響があったものの、スタター比率及びスタター発生率の測定はおおよそ終えることができた。2022年度は、スタター比率及びスタター発生率の測定が完了し、データのまとめ及びスタター発生率からスタター比率の分布をシミュレーションするためのパラメータの設定の検討を主に行った。2020年度に判明した「繰返し配列の塩基組成が同じでも塩基の並び順が異なればスタター比率が大きく異なる場合がある」について、2021、2022年度にさらに詳細に検証したところ、従来いわれていた仮説「反復配列のAT含有量が高いほどスタター比率が高くなる」は、4塩基繰返し配列には当てはまらず、塩基の並び順によっては、AT含有率が高くてもスタター比率が低くなることが示唆された。これは新しい知見であり、学術的に価値があるものと考えている。

STR type detection, PCR, STR domain (loss), amplification, type determination, analysis, operation, time, call, original loss, return, number of by-products. She was born in the middle of a PCR. PCR Slippage detection accuracy, detection rate, detection rate. DNA alignment factors and PCR conditions such as temperature are combined. In this study, the elements involved in the development of DNA are the least, the purest and the most complex of STR domains. In 2019, the method for measuring the occurrence rate of female genital mutilation was established, and in 2020, the method for measuring the occurrence rate of female genital mutilation was further developed. 2021 - 2021 - 2020 - 2021 - 2020 - 2020 - 20 - 2020 - 2020 - 20 In 2022, the measurement of the ratio of the population and the rate of population development was completed, and the distribution of the ratio of population development and rate of population development was discussed. In 2020, it was determined that "the base composition of the repeated arrangement is the same, the base composition is different, and the ratio of the repeated arrangement is high." In 2021 and 2022, it was determined that "the AT content of the repeated arrangement is high, and the ratio of the repeated arrangement is high." The ratio of the base and the AT content is high, and the ratio of the base and the AT content is low. The new knowledge and academic knowledge are the key to the success of the project.