STR型検査におけるPCR副産物の発生量予測モデルの開発
开发模型来预测 STR 类型测试中产生的 PCR 副产物的量
基本信息
- 批准号:19K19492
- 负责人:
- 金额:$ 1.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- 财政年份:2019
- 资助国家:日本
- 起止时间:2019-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
STR型検査では、PCRによりSTR領域(アレル)を増幅して型判定解析を行うが、その際、スタターと呼ばれる本来のアレルより1回繰返し回数が少ない副産物が生じる。スタターはPCRにおいてSlippageで生じるとされている。PCRでSlippageが発生する確率、つまりスタター発生率を測定し、スタター比率の予測を試みることが、本研究の目的である。スタターは繰返し回数・繰返し配列の種類・STR領域ではない部分の寄与等のDNA配列の様々な要素及び温度等のPCR条件の要素が複合的に作用していると考えられる。いきなりこれらの複合的な要素を扱うことは非常に難しいので、本研究では、スタター発生に関する要素が最も少ない単純なSTR領域である1種類の繰返し配列からなる人工合成DNAを用いて実験を行った。2019年度にスタター発生率の測定手法の確立したものの、2020年度は新型コロナウイルス感染症対策のため実験が思うように進まず、特にスタター発生率の測定はあまり進まなかった。2021年度も感染症対策の影響があったものの、スタター比率及びスタター発生率の測定はおおよそ終えることができた。2022年度は、スタター比率及びスタター発生率の測定が完了し、データのまとめ及びスタター発生率からスタター比率の分布をシミュレーションするためのパラメータの設定の検討を主に行った。2020年度に判明した「繰返し配列の塩基組成が同じでも塩基の並び順が異なればスタター比率が大きく異なる場合がある」について、2021、2022年度にさらに詳細に検証したところ、従来いわれていた仮説「反復配列のAT含有量が高いほどスタター比率が高くなる」は、4塩基繰返し配列には当てはまらず、塩基の並び順によっては、AT含有率が高くてもスタター比率が低くなることが示唆された。これは新しい知見であり、学術的に価値があるものと考えている。
STR type check, PCR type STR field (アレル), type judgment analysis,その记、スタターと火ばれる originally のアレルより 1回粲粲し重 が小ない byproduct が生じる.スタターはPCRにおいてSlippageで生じるとされている. The accuracy of PCR's slippage, the detection rate of PCR, the detection rate of PCR, and the purpose of this study. The number of スタターは缲し・Types of 粲回しarray・STR field ではないPart of the mail and other DNA The combined effects of PCR factors such as PCR conditions and temperature are combined into one.いきなりこれらの compound element をうことはvery difficult しいので、this studyでは、スタター発生に关するelementsがMostもない単PureなSTR fieldである1 speciesの粲回し配arrayからなるArtificially synthesized DNAを用いて実験を行った. The method for measuring the birth rate of the disease in 2019 has been established, and the new test method for the year 2020 has been established Infectious Diseases Prevention and Control Policy, Special Measurement of Infectious Diseases, and Measurement of Infectious Disease Prevention and Control. The impact of infectious disease control measures in 2021 The rate and rate of birth rate are measured by the rate and rate. Measurement of は, スタター ratio and びスタター birth rate in 2022 has been completed し, データのまとめ and びスタター発The distribution of birth rate ratio is the distribution of birth rate. In 2020, it was determined that the ratio of the composition of the base composition and the ratio of the base composition of the base was the same as that of the base.きくdifferent occasionsがある」について、2021、2022 year にさらにDetailsに検证したところ、従来いわれていた仮 said "The AT content of repeated arrangement is high and the ratio of AT content is high" は, 4桩粲 returned to the arrangement of には道てはまらず, 桩基の与びによっては, AT content rate が高 くてもスタターratio が くなることが Show 唆された.これは新しい知见であり, academic に価値があるものと考えている.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
反復配列の塩基構成とスタター比率に関する検討(第2報)
重复序列的碱基组成和定子比例研究(第二次报告)
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:深川 貴志;綿引 晴彦;三田 裕介;北山 哲史;藤井 宏治;水野 なつ子
- 通讯作者:水野 なつ子
反復配列の塩基構成とスタター比率に関する検討
重复序列的碱基组成和定子比例研究
- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:深川 貴志;綿引 晴彦;三田 裕介;北山 哲史;藤井 宏治;水野 なつ子
- 通讯作者:水野 なつ子
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深川 貴志其他文献
桿体・錐体視細胞外節に発現している蛋白質の比較解析の試み
尝试比较分析视杆细胞和视锥细胞光感受器外节表达的蛋白质
- DOI:
- 发表时间:
2015 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
深川 貴志;橘木 修志;河村 悟 - 通讯作者:
河村 悟
ジェンダーや好意的性差別が働く女性の健康とキャリア選択に与える影響
性别和仁慈的性别歧视对职业女性健康和职业选择的影响
- DOI:
- 发表时间:
2023 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
深川 貴志;綿引 晴彦;三田 裕介;北山 哲史;藤井 宏治;水野 なつ子;津野香奈美 - 通讯作者:
津野香奈美
神聖な森と動物の将来-在来知と科学知の対話に向けて. 山越言・目黒紀夫・佐藤哲 編『自然は誰のものか: 住民参加型保全の逆説を乗り越える』(アフリカ潜在力シリーズ 太田至 総編集 第5巻)
神圣森林和动物的未来:土著知识与科学知识之间的对话,山越寿、目黑纪男、佐藤聪主编,《自然属于谁?:克服参与性保护的悖论(非洲潜力)》系列第5卷编辑。太田Itaru)
- DOI:
- 发表时间:
2016 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
深川 貴志;橘木 修志;河村 悟;山越言 - 通讯作者:
山越言
深川 貴志的其他文献
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