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STR型検査におけるPCR副産物の発生量予測モデルの開発

开发模型来预测 STR 类型测试中产生的 PCR 副产物的量

基本信息

批准号：
19K19492
负责人：
深川貴志
金额：
$ 1.66万
依托单位：
National Research Institute of Police Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K19492/
关键词：
スタターフラグメント解析 DNA型鑑定 STR型検査 STR DNA多型マイクロサテライト

项目摘要

STR型検査では、PCRによりSTR領域(アレル)を増幅して型判定解析を行うが、その際、スタターと呼ばれる本来のアレルより1回繰返し回数が少ない副産物が生じる。スタターはPCRにおいてSlippageで生じるとされている。PCRでSlippageが発生する確率、つまりスタター発生率を測定し、スタター比率の予測を試みることが、本研究の目的である。スタターは繰返し回数・繰返し配列の種類・STR領域ではない部分の寄与等のDNA配列の様々な要素及び温度等のPCR条件の要素が複合的に作用していると考えられる。いきなりこれらの複合的な要素を扱うことは非常に難しいので、本研究では、スタター発生に関する要素が最も少ない単純なSTR領域である1種類の繰返し配列からなる人工合成DNAを用いて実験を行った。2019年度にスタター発生率の測定手法の確立したものの、2020年度は新型コロナウイルス感染症対策のため実験が思うように進まず、特にスタター発生率の測定はあまり進まなかった。2021年度も感染症対策の影響があったものの、スタター比率及びスタター発生率の測定はおおよそ終えることができた。2022年度は、スタター比率及びスタター発生率の測定が完了し、データのまとめ及びスタター発生率からスタター比率の分布をシミュレーションするためのパラメータの設定の検討を主に行った。2020年度に判明した「繰返し配列の塩基組成が同じでも塩基の並び順が異なればスタター比率が大きく異なる場合がある」について、2021、2022年度にさらに詳細に検証したところ、従来いわれていた仮説「反復配列のAT含有量が高いほどスタター比率が高くなる」は、4塩基繰返し配列には当てはまらず、塩基の並び順によっては、AT含有率が高くてもスタター比率が低くなることが示唆された。これは新しい知見であり、学術的に価値があるものと考えている。

STR type check, PCR type STR field (アレル), type judgment analysis,その记、スタターと火ばれる originally のアレルより 1回粲粲し重が小ない byproduct が生じる.スタターはPCRにおいてSlippageで生じるとされている. The accuracy of PCR's slippage, the detection rate of PCR, the detection rate of PCR, and the purpose of this study. The number of スタターは缲し・Types of 粲回しarray・STR field ではないPart of the mail and other DNA The combined effects of PCR factors such as PCR conditions and temperature are combined into one.いきなりこれらの compound element をうことはvery difficult しいので、this studyでは、スタター発生に关するelementsがMostもない単PureなSTR fieldである1 speciesの粲回し配arrayからなるArtificially synthesized DNAを用いて実験を行った. The method for measuring the birth rate of the disease in 2019 has been established, and the new test method for the year 2020 has been established Infectious Diseases Prevention and Control Policy, Special Measurement of Infectious Diseases, and Measurement of Infectious Disease Prevention and Control. The impact of infectious disease control measures in 2021 The rate and rate of birth rate are measured by the rate and rate. Measurement of は, スタター ratio and びスタター birth rate in 2022 has been completed し, データのまとめ and びスタター発The distribution of birth rate ratio is the distribution of birth rate. In 2020, it was determined that the ratio of the composition of the base composition and the ratio of the base composition of the base was the same as that of the base.きくdifferent occasionsがある」について、2021、2022 year にさらにDetailsに検证したところ、従来いわれていた仮 said "The AT content of repeated arrangement is high and the ratio of AT content is high" は, 4桩粲 returned to the arrangement of には道てはまらず, 桩基の与びによっては, AT content rate が高くてもスタターratio がくなることが Show 唆された.これは新しい知见であり, academic に価値があるものと考えている.