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Promotion of the pearl millet genomics with fields and genetic resources in India

利用印度的田间和遗传资源推广珍珠粟基因组学

基本信息

批准号：
19KK0155
负责人：
練春蘭
金额：
$ 11.81万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-10-07 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

国際半乾燥熱帯作物研究所 (ICRISAT) から分譲を受けた約110のトウジンビエ品種・系統を用いて圃場試験を行い、約20の形質について、それらの品種・系統の表現型データを取得した。これらの品種・系統の多くは先行研究においてrestriction site-associated DNA sequencing (RAD-Seq) に供されており、このデータを用いて、それらの品種・系統におけるDNA多型を検出した。これらの表現型データとDNA多型のデータを用いてゲノムワイド関連解析を実施し、「地上部基部の着色」と「稈長」に関連するゲノム領域を検出することができた。また、菌根菌の分析を主目的として、それらの中の約100の品種・系統から根をサンプリングし、DNAを抽出した。現在、これを用いて菌根菌の分析を進めている。本研究開始前に先行研究由来のデータを用いて行ったゲノムワイド関連解析により、トウジンビエの開花制御遺伝子の候補として有望なものが2個得られていたが、当該データの再解析により、それらにおける構造多型を検出した。また、これらの内の1個の遺伝子については、PCRとシーケンシングによりその配列を確認することができた。配列解析により、転写因子をコードすると考えられるトウジンビエ遺伝子の大部分を明らかにした。それらの遺伝子がコードするタンパク質の配列を基に、それらを分類すると共に、それらのドメイン・モチーフを同定し、細胞内局在性を予測した。以上の結果を基に、1報の論文を発表し、2件の学会発表を行った。

International Crops Research Institute for Semi-Arid Hot Areas (ICRISAT) About 110 varieties and systems of different varieties and systems are tested in the nursery.い、Approximately 20 のmorphological quality について、それらのspecies・system のphenotype データをobtained した.これらの varieties and systems の多くは pioneer research において restriction site-associated DNA sequencing (RAD-Seq) We provide されており, このデータを Use いて, それらの varieties and systems におけるDNA polytype を検出した.これらのphenotype データとDNA polytype のデータを Use いてゲノムワイド correlation analysis を実时し, "Coloring of the aboveground base" and "culm length" are related to the field of するゲノムを検出することができた.また, analysis of mycorrhizal fungi, main purpose of として, それらの中のabout 100 varieties・system からroot をサンプリングし, DNA extraction した. Now, I will use mycorrhizal bacteria to analyze mycorrhizal bacteria. Before the start of this study, we conducted a preliminary study on the origin of the research, the related analysis of the origin of the いて行ったゲノムワイド, the により, and the トウジンビエの花杝子There are two candidates for the candidate, the なものが, and the られていたが. When the データのanalyzes the により and the それらにおける structure multi-type を検出した.また、これらの内の一の伝子については、PCRとすることができた。 Arrangement analysis により, 転WRITE factor をコードすると考えられるトウジンビエ伝子のmost を明らかにした.それらの缝子がコードするタンパク性の配arrayをbasedに、それらをcategorizationすると公に, それらのドメイン・モチーフを同定し, intracellular locality をpredicted した. The above results are based on the results, 1 paper is written on the paper, and 2 papers are written on the academic paper.